More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2952 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2952  nucleotidyl transferase  100 
 
 		 505 aa  1046    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1693  nucleotidyl transferase  56.62 
 
 		 481 aa  570  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1423  nucleotidyl transferase  41.16 
 
 		 475 aa  388  1e-106  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2004  nucleotidyl transferase  39.02 
 
 		 497 aa  354  2e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.130422 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1439  hypothetical protein  28.23 
 
 		 487 aa  155  1e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0371695  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0788  Nucleotidyl transferase  20.8 
 
 		 830 aa  82  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.233183  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1016  nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase  22.55 
 
 		 458 aa  79.3  0.0000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175531  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_470  nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase  22.94 
 
 		 400 aa  79  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1450  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  36.91 
 
 		 376 aa  78.2  0.0000000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0285  Nucleotidyl transferase  23.17 
 
 		 385 aa  77.8  0.0000000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3254  phosphoglucomutase/phosphomannomutase family protein  21.01 
 
 		 836 aa  75.1  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.450864  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2860  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  24.63 
 
 		 355 aa  75.1  0.000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1040  nucleotidyl transferase  21.15 
 
 		 818 aa  74.3  0.000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.189081  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0529  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  21.3 
 
 		 400 aa  72.4  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0028  nucleotidyl transferase  22.47 
 
 		 835 aa  70.5  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4287  nucleotidyl transferase family protein  19.6 
 
 		 784 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.268164 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0855  nucleotidyl transferase  20.23 
 
 		 835 aa  68.9  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1436  nucleotidyl transferase  21.04 
 
 		 833 aa  68.9  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.510504  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1828  nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase  22.02 
 
 		 460 aa  69.3  0.0000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.248972  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4007  nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase  19.6 
 
 		 784 aa  68.2  0.0000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4169  nucleotidyl transferase family protein  19.6 
 
 		 784 aa  68.2  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4017  nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase  19.6 
 
 		 784 aa  68.2  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.688327  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0505  nucleotidyl transferase  22.83 
 
 		 400 aa  68.2  0.0000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4491  nucleotidyl transferase family protein  19.6 
 
 		 784 aa  68.2  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2229  nucleotidyl transferase  22.63 
 
 		 399 aa  67.8  0.0000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4120  nucleotidyl transferase  18.86 
 
 		 784 aa  67.4  0.0000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4400  nucleotidyl transferase family protein  19.35 
 
 		 784 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4347  nucleotidyl transferase family protein  19.35 
 
 		 784 aa  66.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.114462  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3723  Nucleotidyl transferase  27.69 
 
 		 240 aa  66.2  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0440  nucleotidyl transferase  33.03 
 
 		 223 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.792142  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0406  nucleotidyl transferase  33.03 
 
 		 223 aa  65.9  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0713  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  30 
 
 		 358 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.974379 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0437  nucleotidyl transferase  33.03 
 
 		 223 aa  65.1  0.000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0747  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  24.78 
 
 		 359 aa  64.3  0.000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0666  hypothetical protein  22.09 
 
 		 399 aa  64.3  0.000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2143  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  36.71 
 
 		 357 aa  64.3  0.000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.591307  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5901  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  37.66 
 
 		 356 aa  63.9  0.000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0511  putative mannose-1-phosphate guanyltransferase-related protein  33.62 
 
 		 241 aa  63.9  0.000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.560778  normal  0.0591515 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5787  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  29.01 
 
 		 358 aa  63.9  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0407  Nucleotidyl transferase  19.83 
 
 		 835 aa  63.5  0.000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0359  Nucleotidyl transferase  24.59 
 
 		 347 aa  63.5  0.000000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1837  nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase  21.5 
 
 		 440 aa  63.2  0.00000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.727944  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1817  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  27.01 
 
 		 355 aa  63.2  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1337  nucleotidyl transferase  32.77 
 
 		 228 aa  62.8  0.00000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.0683407  normal  0.343314 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2754  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  29.77 
 
 		 355 aa  63.2  0.00000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0314  Nucleotidyl transferase  30.36 
 
 		 400 aa  62.8  0.00000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.42611 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6491  dTDP-glucose pyrophosphorylase-like protein  28.19 
 
 		 355 aa  62.4  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0631  dTDP-glucose pyrophosphorylase-like protein  33.03 
 
 		 355 aa  62.4  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1214  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  34.18 
 
 		 357 aa  62.8  0.00000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0205  nucleotidyl transferase  38.96 
 
 		 262 aa  62.4  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2585  nucleotidyl transferase  29.06 
 
 		 367 aa  62  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000196984 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4297  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  33.33 
 
 		 357 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0969  nucleotidyl transferase  30.37 
 
 		 229 aa  61.6  0.00000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0165491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0498  mannose-1-phosphate guanyltransferase  20.88 
 
 		 837 aa  61.2  0.00000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.149757 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0853  nucleotidyl transferase family protein  18.7 
 
 		 784 aa  60.8  0.00000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3356  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase, short form  28.79 
 
 		 358 aa  60.8  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.971675  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2995  nucleotidyl transferase  18.9 
 
 		 785 aa  61.2  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1488  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  35.44 
 
 		 357 aa  60.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000150762 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4381  nucleotidyl transferase family protein  26.23 
 
 		 784 aa  60.8  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3113  nucleotidyl transferase  27.87 
 
 		 349 aa  60.5  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.409116  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1080  Nucleotidyl transferase  32.47 
 
 		 391 aa  60.5  0.00000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.380619 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0920  Nucleotidyl transferase  25.89 
 
 		 391 aa  60.5  0.00000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0348  Nucleotidyl transferase  22.5 
 
 		 810 aa  60.5  0.00000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_471  nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase  29.32 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1123  nucleotidyl transferase  19.78 
 
 		 854 aa  60.5  0.00000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5130  nucleotidyl transferase  31.19 
 
 		 223 aa  60.5  0.00000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02245  nucleotidyl transferase  30.66 
 
 		 236 aa  60.1  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.9499  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15980  phosphoglucomutase  20.28 
 
 		 820 aa  60.1  0.00000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4796  nucleotidyl transferase  31.19 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.814441  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0530  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  29.32 
 
 		 393 aa  59.3  0.0000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.911327  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0480  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  20.94 
 
 		 357 aa  59.7  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2883  nucleotidyl transferase  31.58 
 
 		 239 aa  59.7  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000245528  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1584  nucleotidyl transferase  29.03 
 
 		 238 aa  59.7  0.0000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0493  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  20.94 
 
 		 357 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.79936  normal  0.265363 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4397  nucleotidyl transferase  26.45 
 
 		 832 aa  60.1  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1537  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  35.56 
 
 		 364 aa  59.7  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.307864 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0541  nucleotidyl transferase  31.13 
 
 		 238 aa  59.3  0.0000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4088  nucleotidyl transferase  25.83 
 
 		 351 aa  59.3  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0233  Nucleotidyl transferase  17.71 
 
 		 712 aa  58.9  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.779995  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0197  nucleotidyl transferase  29.73 
 
 		 223 aa  58.9  0.0000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0927184  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3661  nucleotidyl transferase  30 
 
 		 223 aa  58.5  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0370  nucleotidyl transferase  26.85 
 
 		 227 aa  58.5  0.0000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.357076 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0065  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  35 
 
 		 355 aa  58.5  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2034  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  27.48 
 
 		 357 aa  58.5  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0065  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  35 
 
 		 355 aa  58.5  0.0000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0497  Nucleotidyl transferase  23.98 
 
 		 232 aa  58.5  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.756206  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0740  nucleotidyl transferase  26.45 
 
 		 832 aa  58.5  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.2195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0506  nucleotidyl transferase  27.07 
 
 		 393 aa  58.5  0.0000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2020  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  20.85 
 
 		 397 aa  57.8  0.0000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.611525 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0867  nucleotidyl transferase  32.11 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0335423  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3178  phosphoglucomutase/phosphomannomutase family protein  19.78 
 
 		 836 aa  57.8  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.335265 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0915  nucleotidyl transferase  32.11 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.177826  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1681  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  34.26 
 
 		 292 aa  57.8  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.180776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0413  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  27.06 
 
 		 355 aa  57.8  0.0000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0183855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0493  nucleotidyl transferase  32.46 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.427783  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0402  Nucleotidyl transferase  31.3 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.707685 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2073  mannose-1-phosphate guanyltransferase  29.55 
 
 		 219 aa  57.4  0.0000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.403503  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1961  nucleotidyl transferase  17.75 
 
 		 816 aa  57.4  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.333619  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2808  nucleotidyl transferase  20.91 
 
 		 346 aa  57.4  0.0000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0975  Nucleotidyl transferase  29.09 
 
 		 236 aa  57.4  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.395928  normal  0.0477553 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>