More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0713 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0713  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  100 
 
 
358 aa  707    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.974379 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5901  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  89.61 
 
 
356 aa  634    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0413  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  75.14 
 
 
355 aa  540  9.999999999999999e-153  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0183855  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6491  dTDP-glucose pyrophosphorylase-like protein  66.29 
 
 
355 aa  465  9.999999999999999e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0631  dTDP-glucose pyrophosphorylase-like protein  65.35 
 
 
355 aa  459  9.999999999999999e-129  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1817  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  62.71 
 
 
355 aa  446  1.0000000000000001e-124  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4128  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  59.6 
 
 
355 aa  424  1e-118  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0631243  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1214  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  59.6 
 
 
355 aa  424  1e-117  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.383113  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5787  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  59.72 
 
 
358 aa  422  1e-117  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4165  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  58.76 
 
 
355 aa  415  9.999999999999999e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.387622  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0733  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  55.62 
 
 
355 aa  382  1e-105  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1488  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  50.98 
 
 
357 aa  368  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000150762 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0480  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  52.53 
 
 
357 aa  359  3e-98  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0493  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  52.25 
 
 
357 aa  359  5e-98  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.79936  normal  0.265363 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1537  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  49.86 
 
 
364 aa  358  6e-98  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.307864 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2860  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  51.27 
 
 
355 aa  358  9.999999999999999e-98  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3356  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase, short form  50.14 
 
 
358 aa  356  2.9999999999999997e-97  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.971675  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0954  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  51.99 
 
 
354 aa  354  1e-96  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.526326  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4297  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  48.88 
 
 
357 aa  349  4e-95  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1800  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  45.79 
 
 
357 aa  347  1e-94  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1450  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  48.19 
 
 
376 aa  346  3e-94  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2754  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  51.26 
 
 
355 aa  339  5e-92  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2034  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  51.54 
 
 
357 aa  337  1.9999999999999998e-91  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1687  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  50.56 
 
 
356 aa  335  5.999999999999999e-91  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1214  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  48.46 
 
 
357 aa  334  1e-90  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0065  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  47.18 
 
 
355 aa  334  1e-90  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0258  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  49.16 
 
 
356 aa  332  8e-90  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0065  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  46.61 
 
 
355 aa  331  1e-89  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1383  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  46.2 
 
 
355 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0747  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  43.85 
 
 
359 aa  318  1e-85  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2096  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  47.61 
 
 
353 aa  315  9.999999999999999e-85  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00805861 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2143  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  46.78 
 
 
357 aa  311  1e-83  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.591307  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1845  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  45.94 
 
 
349 aa  303  3.0000000000000004e-81  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0548966  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0628  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  46.24 
 
 
358 aa  297  2e-79  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.437993  normal  0.532658 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2794  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  46.5 
 
 
354 aa  295  1e-78  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.181075 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2508  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  47.03 
 
 
344 aa  293  3e-78  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0340  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  45.51 
 
 
355 aa  284  1.0000000000000001e-75  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.830656  normal  0.0393179 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2643  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  43.59 
 
 
354 aa  272  6e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0124  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  38.03 
 
 
351 aa  262  6.999999999999999e-69  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    unclonable  0.00000000000000322504 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2020  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  36.45 
 
 
397 aa  194  1e-48  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.611525 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2341  nucleotidyl transferase  35.35 
 
 
396 aa  193  4e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00221584  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1475  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  33.8 
 
 
353 aa  191  2e-47  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  decreased coverage  0.0000811226  normal  0.134994 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0192  nucleotidyl transferase  33.52 
 
 
365 aa  187  2e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.415123 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_470  nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase  36.9 
 
 
400 aa  187  3e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0505  nucleotidyl transferase  35.42 
 
 
400 aa  182  7e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0479  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  40.59 
 
 
320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00000000331909  decreased coverage  0.00000000439199 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1583  nucleotidyl transferase  32.84 
 
 
411 aa  170  3e-41  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.605878  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2059  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  41.53 
 
 
302 aa  169  6e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.384582 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0329  nucleotidyl transferase  32.84 
 
 
411 aa  169  7e-41  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.175272  hitchhiker  0.000673657 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5509  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  42.24 
 
 
296 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0513  nucleotidyl transferase  32.84 
 
 
411 aa  168  1e-40  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0529  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  34.33 
 
 
400 aa  167  2e-40  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1135  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.57 
 
 
245 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0399  nucleotidyl transferase  32.47 
 
 
414 aa  167  2e-40  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0305  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.33 
 
 
294 aa  167  2e-40  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.132763  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1228  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.57 
 
 
245 aa  168  2e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1296  putative glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.57 
 
 
245 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00103191 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1335  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase, putative  38.57 
 
 
245 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.161343  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03667  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.6 
 
 
293 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4187  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.6 
 
 
293 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03616  hypothetical protein  40.6 
 
 
293 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4300  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.6 
 
 
293 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.671584  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4006  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.6 
 
 
293 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4132  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.6 
 
 
293 aa  166  6.9999999999999995e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4214  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.6 
 
 
293 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4153  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.6 
 
 
293 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2395  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  41.81 
 
 
296 aa  166  8e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.737045 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3841  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.56 
 
 
290 aa  166  9e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2672  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  41.38 
 
 
296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00250825  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1109  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.12 
 
 
245 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4255  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  42.24 
 
 
296 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5222  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.6 
 
 
293 aa  165  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.350144  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4001  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  41.38 
 
 
294 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3693  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  41.38 
 
 
289 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.701903  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2354  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  42.24 
 
 
296 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4074  putative glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  36.64 
 
 
245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.859637  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1267  putative glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  36.64 
 
 
245 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2230  nucleotidyl transferase  39.57 
 
 
235 aa  164  3e-39  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2693  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.56 
 
 
291 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.468388  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1423  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  37.55 
 
 
291 aa  163  5.0000000000000005e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4134  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.17 
 
 
293 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.886764  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4130  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.32 
 
 
294 aa  162  7e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000069205 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0752  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.39 
 
 
297 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1122  nucleotidyl transferase  38.12 
 
 
245 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.236297  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0303  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  35.97 
 
 
298 aa  162  9e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2131  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.59 
 
 
297 aa  162  9e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1494  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.4 
 
 
287 aa  162  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1011  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.09 
 
 
292 aa  162  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1373  putative glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.39 
 
 
245 aa  162  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0666  hypothetical protein  31.21 
 
 
399 aa  161  1e-38  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1115  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  37.67 
 
 
245 aa  161  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0879  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.66 
 
 
297 aa  160  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2377  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.74 
 
 
299 aa  161  2e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217402  hitchhiker  0.000893073 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1983  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.4 
 
 
287 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.967411  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3970  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.48 
 
 
297 aa  160  3e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00629806  normal  0.592005 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0714  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  40.6 
 
 
295 aa  159  5e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1798  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  36.36 
 
 
287 aa  160  5e-38  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0434  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.74 
 
 
287 aa  159  6e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.824963 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1277  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  38.98 
 
 
296 aa  159  6e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2733  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  39.91 
 
 
292 aa  159  8e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>