More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0238 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0238  transcriptional regulator-like protein  100 
 
 		 332 aa  690    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3970  LysR family transcriptional regulator  50.62 
 
 		 317 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0237  LysR family transcriptional regulator  51.84 
 
 		 323 aa  332  5e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2899  transcriptional regulator-like protein  36.31 
 
 		 327 aa  224  1e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3566  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 332 aa  220  3e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3153  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0512  transcriptional regulator-like protein  29.39 
 
 		 314 aa  145  7.0000000000000006e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0311  LysR family transcriptional regulator  25.7 
 
 		 322 aa  104  2e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3969  LysR family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 321 aa  98.2  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3766  LysR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 322 aa  96.7  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3964  LysR family transcriptional regulator  23.74 
 
 		 322 aa  96.3  6e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3839  LysR family transcriptional regulator  23.35 
 
 		 322 aa  96.3  7e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1381  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 324 aa  94  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4287  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 322 aa  93.6  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128947 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0179  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 322 aa  92.8  7e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0180  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 322 aa  92.8  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0238  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2919  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0520  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 321 aa  91.3  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0239  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 321 aa  90.5  4e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2786  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 337 aa  90.1  4e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.989304  hitchhiker  0.00367325 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1479  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000211446  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1510  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.000904227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2873  transcriptional regulator, LysR family  30.26 
 
 		 324 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000342278  hitchhiker  0.00000105997 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1474  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000979777  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2679  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 350 aa  87  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.245615  hitchhiker  0.000486304 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2612  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 350 aa  85.9  8e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.13871  hitchhiker  0.00000334013 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1661  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 328 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0997  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 321 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2227  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 330 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000157838  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3589  transcriptional regulator-like protein  23.08 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.36 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2900  hypothetical protein  27.73 
 
 		 324 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0912  transcriptional regulator, LysR family protein  28.18 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000235744  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3565  LysR family transcriptional regulator  25.12 
 
 		 326 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3666  LysR family transcriptional regulator  24.81 
 
 		 326 aa  75.9  0.0000000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0496532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3154  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 324 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3572  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 325 aa  73.6  0.000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0917  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 321 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0292456  normal  0.707414 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 318 aa  70.9  0.00000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 310 aa  70.1  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 300 aa  68.6  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3571  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 316 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0617  transcriptional regulator, LysR family protein  23.74 
 
 		 319 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.468918  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3981  LysR family transcriptional regulator  20.78 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 326 aa  67  0.0000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  23.05 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  26.82 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  26.63 
 
 		 326 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  27.18 
 
 		 304 aa  64.3  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1894  LysR family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.534737  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3205  LysR family regulatory protein  23.48 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3150  LysR family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0882  LysR family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.493693  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3189  transcriptional regulator  23.48 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.576069  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2577  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 347 aa  63.9  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2716  LysR family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 315 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2032  LysR family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 315 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.412764  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1416  LysR family transcriptional regulator  23.25 
 
 		 315 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  22.86 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  22.93 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 321 aa  62.8  0.000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3590  transcriptional regulator-like protein  21.59 
 
 		 316 aa  62.8  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  22.93 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 313 aa  62.4  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3428  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 303 aa  62.4  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000186024  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 313 aa  62  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 332 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3033  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 432 aa  61.6  0.00000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  23.98 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 316 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 307 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 317 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  23.33 
 
 		 308 aa  61.2  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.3 
 
 		 296 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 342 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 313 aa  60.8  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3734  LysR family transcriptional regulator  22.29 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.457361 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3805  LysR family transcriptional regulator  21.97 
 
 		 311 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.829403  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2987  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 347 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.217571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000892  transcriptional regulators LysR family  25.5 
 
 		 304 aa  60.8  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 308 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  29.02 
 
 		 316 aa  60.5  0.00000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2748  transcription regulator protein  25 
 
 		 347 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 309 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  23.08 
 
 		 321 aa  60.1  0.00000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>