219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_2404 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_2404  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 160 aa  322  1e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1050  LuxR family transcriptional regulator  98.68 
 
 		 163 aa  301  2.0000000000000002e-81  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0346047 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2879  LuxR family transcriptional regulator  57.82 
 
 		 199 aa  159  1e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0213  LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 250 aa  90.9  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00305368 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  44.59 
 
 		 208 aa  58.5  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0319702  normal  0.0827208 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2255  putative transcriptional regulator  43.55 
 
 		 212 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0808718  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26570  putative transcriptional regulator  41.94 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.604718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  49.21 
 
 		 210 aa  53.5  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6653  two component LuxR family transcriptional regulator  51.85 
 
 		 238 aa  52.8  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879715  hitchhiker  0.00000102566 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2158  two component LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 210 aa  52  0.000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0301144 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17330  Two-component response regulator, LuxR family  45.16 
 
 		 211 aa  50.8  0.000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3417  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 232 aa  50.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.901274  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3071  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 232 aa  50.4  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3104  LuxR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 163 aa  50.1  0.00001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.218126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2674  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 210 aa  49.3  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0879  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.888299  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1797  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1403  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.846273  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0473  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1618  DNA-binding response regulator  42.86 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1640  capsular synthesis regulator component B  42.86 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841891  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0685  capsular synthesis regulator component B  42.86 
 
 		 210 aa  48.9  0.00003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.394747  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3752  two component LuxR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 215 aa  48.9  0.00003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2902  two component LuxR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 212 aa  48.1  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.255362  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0524  DNA-binding transcriptional activator BglJ  37.33 
 
 		 211 aa  48.5  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.441884  decreased coverage  0.00182445 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5845  LuxR response regulator receiver  38.33 
 
 		 214 aa  48.1  0.00005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2153  two component LuxR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 213 aa  48.1  0.00005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.848776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2357  transcriptional regulator RcsB  40.62 
 
 		 228 aa  47.4  0.00009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000398144  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0721  transcriptional regulator RcsB  40.62 
 
 		 228 aa  47.4  0.00009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000245188  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04243  DNA-binding transcriptional activator  39.66 
 
 		 207 aa  47  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0432345  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  40.62 
 
 		 216 aa  47  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000259515  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3631  transcriptional regulator, LuxR family  39.66 
 
 		 225 aa  47  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00452114  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5879  DNA-binding transcriptional activator BglJ  39.66 
 
 		 225 aa  47  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0356322  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3078  response regulator transcription regulator protein  40.26 
 
 		 222 aa  47  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0498276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3267  transcriptional regulator RcsB  38.81 
 
 		 216 aa  47  0.0001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00059602  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04209  hypothetical protein  39.66 
 
 		 207 aa  47  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0565957  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3357  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.86 
 
 		 222 aa  47  0.0001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 210 aa  47  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3689  DNA-binding transcriptional activator BglJ  39.66 
 
 		 207 aa  47  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.256974  decreased coverage  0.00000689885 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2366  transcriptional regulator RcsB  40.62 
 
 		 216 aa  47  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000282288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2510  transcriptional regulator RcsB  40.62 
 
 		 216 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.731723  normal  0.0675268 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2517  transcriptional regulator RcsB  40.62 
 
 		 216 aa  47  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000600529  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4599  DNA-binding transcriptional activator BglJ  39.66 
 
 		 225 aa  47  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000141662  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2614  transcriptional regulator RcsB  40.62 
 
 		 216 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.588596 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0385  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.21 
 
 		 224 aa  46.6  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3081  two component LuxR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 217 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450994  normal  0.856151 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4692  two component LuxR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 223 aa  47  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00363591  hitchhiker  0.0000170982 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1194  two component transcriptional regulator, LuxR family  39.44 
 
 		 217 aa  47  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.272513  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11120  putative response regulator  39.66 
 
 		 214 aa  47  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4108  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.5 
 
 		 210 aa  47  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.755468  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2496  transcriptional regulator RcsB  40.62 
 
 		 216 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.424983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3357  transcriptional regulator RcsB  40.62 
 
 		 216 aa  47  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000561339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2406  transcriptional regulator RcsB  40.62 
 
 		 216 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000625449  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4912  DNA-binding transcriptional activator BglJ  39.66 
 
 		 225 aa  47  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000035455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0354  two component LuxR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 217 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3017  transcriptional regulator RcsB  40.62 
 
 		 216 aa  47  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1107  transcriptional regulator RcsB  40 
 
 		 216 aa  46.6  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4960  DNA-binding transcriptional activator BglJ  39.66 
 
 		 225 aa  47  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000013279  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1433  transcriptional regulator RcsB  40.62 
 
 		 216 aa  47  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0102563  hitchhiker  0.00285537 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2455  transcriptional regulator RcsB  40.62 
 
 		 216 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0427332  normal  0.0831575 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0881  two component LuxR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 210 aa  46.2  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464883  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0966  transcriptional regulator, LuxR family  37.8 
 
 		 134 aa  45.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159258  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1041  transcriptional regulator RcsB  40.62 
 
 		 218 aa  46.6  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.140172  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3209  transcriptional regulator RcsB  40 
 
 		 216 aa  45.4  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3862  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 210 aa  45.4  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.734244  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4869  DNA-binding transcriptional activator BglJ  39.66 
 
 		 224 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0232651  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4962  DNA-binding transcriptional activator BglJ  39.66 
 
 		 224 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.793457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4904  DNA-binding transcriptional activator BglJ  39.66 
 
 		 224 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.53459  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2832  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.28 
 
 		 210 aa  45.1  0.0004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.988429  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2764  transcriptional regulator RcsB  41.51 
 
 		 217 aa  45.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.408225  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4956  DNA-binding transcriptional activator BglJ  39.66 
 
 		 224 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4801  DNA-binding transcriptional activator BglJ  39.66 
 
 		 224 aa  45.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.564373  normal  0.609809 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0922  two component LuxR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 210 aa  45.1  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.114328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1307  transcriptional regulator RcsB  41.51 
 
 		 217 aa  45.1  0.0004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0162714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2843  transcriptional regulator RcsB  41.51 
 
 		 217 aa  45.1  0.0004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2797  transcriptional regulator RcsB  40 
 
 		 216 aa  45.1  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000283918  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  41.27 
 
 		 204 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.27 
 
 		 204 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7764  two component LuxR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 210 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.527093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  41.27 
 
 		 204 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3010  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.07 
 
 		 222 aa  45.1  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  41.27 
 
 		 204 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1809  two component LuxR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 210 aa  45.1  0.0005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  41.27 
 
 		 204 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0441797 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2656  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.18 
 
 		 210 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.520546 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  41.27 
 
 		 204 aa  45.1  0.0005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  41.27 
 
 		 204 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3509  two component LuxR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 239 aa  44.7  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.325902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  41.27 
 
 		 204 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 216 aa  44.7  0.0005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  41.27 
 
 		 204 aa  44.7  0.0005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1984  two component LuxR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 220 aa  44.7  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.178457  normal  0.123783 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1607  two component transcriptional regulator, LuxR family  47.27 
 
 		 236 aa  44.7  0.0006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4067  two component LuxR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 233 aa  44.7  0.0006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.836498  normal  0.141664 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1621  two component LuxR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 201 aa  44.7  0.0006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1484  DNA-binding response regulator, LuxR family  45.45 
 
 		 208 aa  44.3  0.0007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3074  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 218 aa  44.3  0.0007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3262  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 222 aa  44.3  0.0007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.764026 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1342  response regulator FixJ  39.13 
 
 		 205 aa  44.3  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.400465  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2441  two component LuxR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 218 aa  44.3  0.0007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>