80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_0213 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_0213  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 250 aa  511  1e-144  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00305368 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2879  LuxR family transcriptional regulator  46.56 
 
 		 199 aa  99  6e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2404  LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 160 aa  75.5  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1050  LuxR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 163 aa  75.1  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0346047 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4444  capsular synthesis regulator component B, putative  32.85 
 
 		 212 aa  51.6  0.00001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2153  two component LuxR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 213 aa  50.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.848776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26570  putative transcriptional regulator  40.26 
 
 		 212 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.604718  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0289  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.43 
 
 		 212 aa  50.1  0.00004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2255  putative transcriptional regulator  40.26 
 
 		 212 aa  49.3  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0808718  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2832  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.45 
 
 		 210 aa  48.5  0.00009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.988429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3509  two component LuxR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 239 aa  48.5  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.325902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0032  two component LuxR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 210 aa  47.8  0.0001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.245451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4959  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 241 aa  47  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000140548  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4598  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 241 aa  47  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000019366  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04242  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36 
 
 		 241 aa  47  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00962372  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4911  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 241 aa  47  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000448955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3690  LuxR family transcriptional regulator  36 
 
 		 241 aa  47  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0223527  decreased coverage  0.00000764296 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3632  transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 241 aa  47  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000755622  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04208  hypothetical protein  36 
 
 		 241 aa  47  0.0003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0122864  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5878  transcriptional regulator, LuxR family  36 
 
 		 241 aa  47  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0180524  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3071  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.21 
 
 		 232 aa  46.6  0.0004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3938  two component LuxR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 218 aa  45.8  0.0006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.189042  normal  0.262256 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2085  DNA-binding response regulator  36.51 
 
 		 264 aa  45.8  0.0006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.844485  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2151  DNA-binding response regulator  36.51 
 
 		 214 aa  45.8  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.639034  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0560  DNA-binding response regulator  36.51 
 
 		 223 aa  45.8  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0224831  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0766  DNA-binding response regulator  36.51 
 
 		 214 aa  45.8  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.261512  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2062  LuxR family DNA-binding response regulator  36.51 
 
 		 214 aa  45.8  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0947149  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  34.33 
 
 		 217 aa  45.4  0.0007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1518.1  DNA-binding response regulator  36.51 
 
 		 223 aa  45.8  0.0007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.000399536  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  40 
 
 		 208 aa  45.4  0.0007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0319702  normal  0.0827208 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0523  response regulator receiver protein  33.75 
 
 		 240 aa  44.7  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.335975  decreased coverage  0.00189861 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0272  two component transcriptional regulator, LuxR family  38.27 
 
 		 244 aa  44.7  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.264008  normal  0.348846 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4907  transcriptional regulator, LuxR family  34.67 
 
 		 244 aa  45.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000001744  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0851  DNA-binding response regulator  34.92 
 
 		 223 aa  44.3  0.002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0464733  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4955  LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 241 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1809  two component LuxR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 210 aa  43.5  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3417  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.17 
 
 		 232 aa  43.9  0.003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.901274  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4868  transcriptional regulator, LuxR family  34.29 
 
 		 140 aa  43.9  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.221718  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3862  two component LuxR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 210 aa  43.9  0.003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.734244  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4903  LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 241 aa  43.5  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.650668  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2835  two component LuxR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 226 aa  43.9  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.803464  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4224  two component LuxR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 231 aa  43.1  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322534  normal  0.434129 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1041  transcriptional regulator RcsB  40.82 
 
 		 218 aa  43.5  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.140172  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1909  response regulator receiver protein  37.68 
 
 		 220 aa  43.1  0.004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.631594  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3209  transcriptional regulator RcsB  40.82 
 
 		 216 aa  43.1  0.004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30580  LuxR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 268 aa  43.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.706127 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2797  transcriptional regulator RcsB  32.41 
 
 		 216 aa  43.1  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000283918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1433  transcriptional regulator RcsB  32.41 
 
 		 216 aa  42.7  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0102563  hitchhiker  0.00285537 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.41 
 
 		 216 aa  42.7  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000259515  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2674  DNA-binding response regulator  38.89 
 
 		 210 aa  42.7  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3193  LuxR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 895 aa  42.7  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3357  transcriptional regulator RcsB  32.41 
 
 		 216 aa  42.7  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000561339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2614  transcriptional regulator RcsB  32.41 
 
 		 216 aa  42.7  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.588596 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2406  transcriptional regulator RcsB  32.41 
 
 		 216 aa  42.7  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000625449  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2496  transcriptional regulator RcsB  32.41 
 
 		 216 aa  42.7  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.424983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2510  transcriptional regulator RcsB  32.41 
 
 		 216 aa  42.7  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.731723  normal  0.0675268 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2455  transcriptional regulator RcsB  32.41 
 
 		 216 aa  42.7  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0427332  normal  0.0831575 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2357  transcriptional regulator RcsB  32.41 
 
 		 228 aa  42.7  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000398144  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2366  transcriptional regulator RcsB  32.41 
 
 		 216 aa  42.7  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000282288  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0721  transcriptional regulator RcsB  32.41 
 
 		 228 aa  42.7  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000245188  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0354  two component LuxR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 217 aa  42.7  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2517  transcriptional regulator RcsB  32.41 
 
 		 216 aa  42.7  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000600529  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1605  two component transcriptional regulator, LuxR family  22.29 
 
 		 216 aa  42.4  0.006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1107  transcriptional regulator RcsB  40.82 
 
 		 216 aa  42.7  0.006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1572  two component LuxR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 218 aa  42.7  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.972408 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4235  two component LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 215 aa  42.7  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4229  two component LuxR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 215 aa  42.7  0.006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00851836  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1580  two component transcriptional regulator, LuxR family  22.29 
 
 		 216 aa  42.4  0.006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4290  two component LuxR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 218 aa  42.4  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3267  transcriptional regulator RcsB  40.82 
 
 		 216 aa  42.4  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00059602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3619  LuxR response regulator receiver  30.3 
 
 		 219 aa  42.4  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3017  transcriptional regulator RcsB  40.82 
 
 		 216 aa  42.4  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1168  LuxR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 216 aa  42.4  0.008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0828  response regulator  35.94 
 
 		 216 aa  42  0.008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0183204  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3273  LuxR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 185 aa  42.4  0.008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0629  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.82 
 
 		 230 aa  42.4  0.008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452847  normal  0.285643 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46850  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 230 aa  42.4  0.008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000531033 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.04 
 
 		 210 aa  42  0.009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4071  two component LuxR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 221 aa  42  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0612  LuxR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 252 aa  42  0.01  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>