More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_2153 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_2153  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 		 213 aa  431  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.848776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3071  two component transcriptional regulator, LuxR family  42.27 
 
 		 232 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3417  two component transcriptional regulator, LuxR family  41.82 
 
 		 232 aa  174  8e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.901274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6653  two component LuxR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 238 aa  159  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.879715  hitchhiker  0.00000102566 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0143  transcription regulator  40.55 
 
 		 265 aa  151  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0190  transcription regulator  39.63 
 
 		 234 aa  150  1e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2835  two component LuxR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 226 aa  143  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.803464  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1634  DNA-binding response regulator  36.36 
 
 		 230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.723228  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0170  capsular synthesis regulator component B  36.36 
 
 		 230 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.443347  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0258  LuxR response regulator receiver  34.93 
 
 		 230 aa  122  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.752946  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2764  transcriptional regulator RcsB  34.48 
 
 		 217 aa  118  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.408225  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1307  transcriptional regulator RcsB  34.48 
 
 		 217 aa  118  6e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0162714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2843  transcriptional regulator RcsB  34.48 
 
 		 217 aa  118  6e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3267  transcriptional regulator RcsB  33.5 
 
 		 216 aa  116  1.9999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00059602  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0198  DNA-binding response regulator  33.49 
 
 		 230 aa  116  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.292201  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 214 aa  116  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3939  two component transcriptional regulator  31.05 
 
 		 300 aa  115  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.555587 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1041  transcriptional regulator RcsB  32.51 
 
 		 218 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.140172  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3619  LuxR response regulator receiver  31.46 
 
 		 219 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3017  transcriptional regulator RcsB  33 
 
 		 216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3209  transcriptional regulator RcsB  32.51 
 
 		 216 aa  113  2.0000000000000002e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2797  transcriptional regulator RcsB  33 
 
 		 216 aa  113  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000283918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1167  two component LuxR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 213 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1026  response regulator protein  30.58 
 
 		 217 aa  112  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3287  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.404787 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1107  transcriptional regulator RcsB  32.51 
 
 		 216 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0272  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.16 
 
 		 244 aa  112  5e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.264008  normal  0.348846 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2496  transcriptional regulator RcsB  32.51 
 
 		 216 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.424983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2510  transcriptional regulator RcsB  32.51 
 
 		 216 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.731723  normal  0.0675268 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2455  transcriptional regulator RcsB  32.51 
 
 		 216 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0427332  normal  0.0831575 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2614  transcriptional regulator RcsB  32.51 
 
 		 216 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.588596 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2406  transcriptional regulator RcsB  32.51 
 
 		 216 aa  112  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000625449  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1441  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.51 
 
 		 216 aa  111  7.000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000259515  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2366  transcriptional regulator RcsB  32.51 
 
 		 216 aa  111  7.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000282288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3357  transcriptional regulator RcsB  32.51 
 
 		 216 aa  111  7.000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000561339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1433  transcriptional regulator RcsB  32.51 
 
 		 216 aa  111  7.000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0102563  hitchhiker  0.00285537 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2517  transcriptional regulator RcsB  32.51 
 
 		 216 aa  111  7.000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000600529  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0721  transcriptional regulator RcsB  32.51 
 
 		 228 aa  111  9e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000245188  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2357  transcriptional regulator RcsB  32.51 
 
 		 228 aa  111  9e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000398144  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 212 aa  109  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4296  two component LuxR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 214 aa  109  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.891496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39510  response regulator containing a CheY-like receiver domain protein and an HTH DNA-binding domain protein  32.39 
 
 		 216 aa  109  4.0000000000000004e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.657091 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4551  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.7 
 
 		 208 aa  108  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.000124934  normal  0.0275678 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1034  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.38 
 
 		 213 aa  108  6e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2629  two component LuxR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 232 aa  108  6e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.312922  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5152  two component LuxR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 219 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.535465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5409  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.85 
 
 		 223 aa  107  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00220575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3081  two component LuxR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 217 aa  107  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450994  normal  0.856151 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6235  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.33 
 
 		 210 aa  106  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.612124 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0901  two component LuxR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 235 aa  106  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0451  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.67 
 
 		 216 aa  106  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3752  two component LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 215 aa  106  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4444  capsular synthesis regulator component B, putative  32.23 
 
 		 212 aa  106  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2880  two component LuxR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 224 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.345086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1664  two component LuxR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 218 aa  106  3e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.49018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1949  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.25 
 
 		 208 aa  105  5e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0319702  normal  0.0827208 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0187  LuxR response regulator receiver  30.29 
 
 		 220 aa  105  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5217  two component LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 224 aa  105  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0467  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.67 
 
 		 216 aa  105  7e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000507383 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0289  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.65 
 
 		 212 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1782  two component LuxR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 214 aa  103  1e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000360675 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4965  two component LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 214 aa  104  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.122556 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6558  two component LuxR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 210 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.458284 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0700  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.46 
 
 		 218 aa  103  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00980919  normal  0.316207 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0155  two component transcriptional regulator, LuxR family  30.19 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 213 aa  103  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0670  two component LuxR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 216 aa  103  2e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.267154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3668  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.2 
 
 		 213 aa  103  3e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5451  two component LuxR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 223 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.761649  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2674  two component LuxR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 215 aa  102  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.721789  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  29.25 
 
 		 220 aa  102  4e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1630  DNA-binding response regulator  31.73 
 
 		 220 aa  102  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0322132  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  32.52 
 
 		 210 aa  102  6e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2674  DNA-binding response regulator  30.29 
 
 		 210 aa  101  6e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4224  two component LuxR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 231 aa  101  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.322534  normal  0.434129 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0161  LuxR family DNA-binding response regulator  31.73 
 
 		 220 aa  101  7e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0790  two component LuxR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 214 aa  101  8e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.870503  normal  0.997505 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3041  two component LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 215 aa  101  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000032992  normal  0.146168 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8027  two component transcriptional regulator, LuxR family  31.92 
 
 		 211 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.982767  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3393  two component LuxR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 224 aa  100  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0944476 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0023  two component LuxR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 221 aa  100  1e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.273145  hitchhiker  0.00000136124 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0142  DNA-binding response regulator  30.77 
 
 		 220 aa  101  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0876  two component LuxR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 233 aa  100  1e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.481499  normal  0.345787 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2911  two component transcriptional regulator, LuxR family  29.52 
 
 		 209 aa  100  1e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1122  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.18 
 
 		 234 aa  100  2e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.752968  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1640  capsular synthesis regulator component B  31.25 
 
 		 210 aa  99.8  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841891  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0879  DNA-binding response regulator  31.25 
 
 		 210 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.888299  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1403  DNA-binding response regulator  31.25 
 
 		 210 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.846273  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2055  two component transcriptional regulator, LuxR family  27.85 
 
 		 220 aa  100  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1797  DNA-binding response regulator  31.25 
 
 		 210 aa  99.8  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1618  DNA-binding response regulator  31.25 
 
 		 210 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0473  DNA-binding response regulator  31.25 
 
 		 210 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0685  capsular synthesis regulator component B  31.25 
 
 		 210 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.394747  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1547  response regulator  30 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000288339  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1614  response regulator  30 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000746753  normal  0.505035 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1608  response regulator  30 
 
 		 214 aa  100  2e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000660452  normal  0.150334 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0254  LuxR family DNA-binding response regulator  29.33 
 
 		 215 aa  99.8  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1639  response regulator  30 
 
 		 226 aa  99.8  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00137195  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2343  two component LuxR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 211 aa  99.8  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.999882  normal  0.0841394 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4715  Two component LuxR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 264 aa  99.4  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>