More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_6318 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  591  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  43.49 
 
 		 292 aa  273  3e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 305 aa  270  2e-71  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  42.32 
 
 		 301 aa  263  3e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  42.32 
 
 		 301 aa  263  3e-69  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  42.32 
 
 		 301 aa  263  3e-69  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 301 aa  263  3e-69  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 301 aa  263  3e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  42.32 
 
 		 301 aa  263  3e-69  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  42.32 
 
 		 301 aa  263  4e-69  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 299 aa  262  4.999999999999999e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  42.32 
 
 		 299 aa  262  4.999999999999999e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 302 aa  262  6e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 298 aa  257  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 295 aa  248  6e-65  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0474  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 293 aa  243  3e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.316429  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 296 aa  238  9e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  49.05 
 
 		 296 aa  236  4e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  48.67 
 
 		 296 aa  234  2.0000000000000002e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 323 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  44.33 
 
 		 308 aa  232  5e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 328 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1181  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  42.19 
 
 		 331 aa  230  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 328 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 301 aa  229  3e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 304 aa  228  6e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1021  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  41.69 
 
 		 337 aa  228  7e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.127351  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  42.61 
 
 		 301 aa  228  9e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1028  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  41.45 
 
 		 331 aa  225  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0833  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 304 aa  224  1e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 304 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  42.28 
 
 		 320 aa  223  2e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 300 aa  222  7e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  42.07 
 
 		 300 aa  222  7e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 298 aa  221  9e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  41.84 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  41.84 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  41.84 
 
 		 315 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  41.84 
 
 		 329 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 296 aa  219  5e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0395  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 299 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 300 aa  218  7e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5111  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 297 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.34 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 300 aa  217  1e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  41.2 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  41.2 
 
 		 300 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  40.85 
 
 		 300 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 296 aa  216  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 308 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 308 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0421  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.52 
 
 		 296 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 289 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3091  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 304 aa  212  7e-54  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.339744  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 303 aa  212  7e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5071  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 299 aa  211  9e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.112048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1832  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 300 aa  211  9e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4944  LysR family transcriptional regulator  43.13 
 
 		 299 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1922  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 322 aa  210  2e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  42.75 
 
 		 299 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  39.52 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 301 aa  207  2e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 300 aa  206  4e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 328 aa  206  6e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 306 aa  205  6e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 321 aa  205  8e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  40.41 
 
 		 302 aa  205  9e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 297 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 323 aa  204  2e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  38.76 
 
 		 316 aa  203  2e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  37.59 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03773  transcriptional regulator LysR family  44.87 
 
 		 295 aa  203  4e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 308 aa  202  5e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  36.75 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  36.75 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  40.81 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 317 aa  200  1.9999999999999998e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0578  LysR family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 298 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 299 aa  199  5e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0380  transcriptional regulator LysR family  39.4 
 
 		 309 aa  199  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 318 aa  199  6e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3509  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 319 aa  198  7e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.633276 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 317 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 297 aa  198  9e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4988  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 290 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 296 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3379  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 290 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.311743  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 305 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>