More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5554 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5554  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 336 aa  684    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0347599 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3372  transcriptional regulator, LacI family  56.02 
 
 		 339 aa  363  2e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.125996 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3000  transcriptional regulator, LacI family  28.61 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0114429  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  32.36 
 
 		 339 aa  128  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3252  transcriptional regulator, LacI family  31.71 
 
 		 351 aa  122  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0513601 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  28.05 
 
 		 353 aa  120  3.9999999999999996e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23440  transcriptional regulator, LacI family  32.56 
 
 		 350 aa  119  9e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.769589  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  27.89 
 
 		 341 aa  118  1.9999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0274  alanine racemase  30.12 
 
 		 340 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3367  transcriptional regulator, LacI family  26.9 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1461  transcriptional regulator, LacI family  27.86 
 
 		 333 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2210  transcriptional regulator, LacI family  30.75 
 
 		 342 aa  115  7.999999999999999e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  29.08 
 
 		 347 aa  115  8.999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2046  LacI family transcription regulator  30.14 
 
 		 344 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2505  LacI family transcription regulator  26.33 
 
 		 342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0285  alanine racemase  28.57 
 
 		 337 aa  114  2.0000000000000002e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3625  LacI family transcription regulator  30.84 
 
 		 351 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0480447  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  27.03 
 
 		 336 aa  113  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  27.62 
 
 		 344 aa  112  7.000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0197  LacI family transcription regulator  29.82 
 
 		 340 aa  112  8.000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3033  LacI family transcription regulator  30.27 
 
 		 351 aa  112  9e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  26.21 
 
 		 333 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.21 
 
 		 333 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2999  transcriptional regulator, LacI family  26.48 
 
 		 336 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000104253  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1662  LacI family transcription regulator  27.35 
 
 		 337 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4336  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 339 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.563264  hitchhiker  0.000141472 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.47 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1340  LacI family transcription regulator  27.78 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000460933  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3470  transcriptional regulator, LacI family  32.41 
 
 		 331 aa  110  5e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1547  LacI family transcription regulator  27.78 
 
 		 337 aa  110  5e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0111532  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  27.93 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.45 
 
 		 339 aa  108  1e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  28.91 
 
 		 333 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  27.6 
 
 		 336 aa  108  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  30.24 
 
 		 333 aa  108  2e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0091  LacI family transcription regulator  30.29 
 
 		 346 aa  107  2e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  29.39 
 
 		 355 aa  107  2e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2079  transcriptional regulator, LacI family  28.28 
 
 		 341 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.275805  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0941  alanine racemase  28.74 
 
 		 328 aa  107  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00393533  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  29.75 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.51 
 
 		 335 aa  107  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1620  LacI family transcription regulator  30.32 
 
 		 337 aa  107  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0663  transcriptional regulator, LacI family  26.33 
 
 		 338 aa  107  4e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  26.88 
 
 		 352 aa  107  4e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  28.34 
 
 		 336 aa  106  5e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.34 
 
 		 336 aa  106  6e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  25.08 
 
 		 333 aa  106  6e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8123  transcriptional regulator, LacI family  30.68 
 
 		 358 aa  105  8e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0592322  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  25.74 
 
 		 338 aa  105  8e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  27.3 
 
 		 348 aa  105  9e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  26.79 
 
 		 358 aa  105  9e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  27.79 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  27.14 
 
 		 368 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0647  transcriptional regulator, LacI family  30.35 
 
 		 357 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4877  transcriptional regulator, LacI family  30.15 
 
 		 346 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00304627  normal  0.857214 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0802  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.46 
 
 		 333 aa  104  2e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.889959 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  27.59 
 
 		 334 aa  104  3e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3338  transcriptional regulator, LacI family  30.12 
 
 		 341 aa  103  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.680798  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  27.65 
 
 		 342 aa  103  3e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0499  LacI family transcription regulator  25.84 
 
 		 330 aa  104  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  27.3 
 
 		 334 aa  103  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1755  LacI family transcription regulator  27.91 
 
 		 360 aa  104  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.998653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0892  LacI family transcription regulator  28.48 
 
 		 346 aa  103  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00803151  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4007  transcriptional regulator, LacI family  30.65 
 
 		 343 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0870  alanine racemase  29.74 
 
 		 351 aa  103  5e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03849  sal operon transcriptional repressor  31.12 
 
 		 336 aa  103  6e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0382  transcriptional regulator, LacI family  27.14 
 
 		 360 aa  103  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  27.51 
 
 		 337 aa  102  7e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1601  alanine racemase  26.35 
 
 		 337 aa  102  7e-21  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.520299  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  28.83 
 
 		 333 aa  102  9e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  30.29 
 
 		 352 aa  102  1e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4339  LacI family transcription regulator  26.84 
 
 		 373 aa  102  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3537  transcriptional regulator, LacI family  27.53 
 
 		 354 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.234016 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1971  LacI family transcription regulator  30.86 
 
 		 352 aa  102  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.137395  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1883  transcriptional regulator, LacI family  29.48 
 
 		 350 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275447 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0069  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 342 aa  102  1e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  23.5 
 
 		 341 aa  101  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1019  LacI family transcription regulator  27.96 
 
 		 340 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4642  LacI family transcription regulator  30.47 
 
 		 331 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2373  LacI family transcription regulator  27.65 
 
 		 346 aa  101  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1774  transcriptional regulator, LacI family  28.97 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.472871  normal  0.0293451 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0074  LacI family transcription regulator  29.3 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.840414  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0371  transcriptional regulator, LacI family  31.47 
 
 		 339 aa  101  2e-20  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.802173 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0539  transcriptional regulator, LacI family  28.83 
 
 		 340 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1442  LacI family transcription regulator  30.35 
 
 		 341 aa  101  2e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  25.96 
 
 		 341 aa  101  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1824  transcriptional regulator, LacI family  29.57 
 
 		 347 aa  101  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.021809  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  27.43 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0436  LacI family transcription regulator  30.82 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0321494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.14 
 
 		 330 aa  100  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  27.33 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2475  transcriptional regulator, LacI family  30.6 
 
 		 340 aa  100  3e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  unclonable  0.0000000000232076  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6720  transcriptional regulator, LacI family  30.45 
 
 		 374 aa  100  3e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.396206  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  25.51 
 
 		 340 aa  100  4e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 346 aa  100  4e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2353  LacI family transcription regulator  26.44 
 
 		 330 aa  100  4e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000399478  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  26.35 
 
 		 336 aa  100  5e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3482  Alanine racemase  32.36 
 
 		 359 aa  100  5e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0777863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4741  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.53 
 
 		 350 aa  99.8  6e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00115423 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  28.08 
 
 		 335 aa  99.8  6e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>