51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2067 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2067  RpiR family transcriptional regulator  100 
 
 		 133 aa  270  5.000000000000001e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.02544 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1136  transcriptional regulator, RpiR family  46.15 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.902832 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0983  transcriptional regulator, RpiR family  46.15 
 
 		 291 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.723673  normal  0.847459 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3957  RpiR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 115 aa  66.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3563  RpiR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 284 aa  60.1  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.123663 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3546  RpiR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 280 aa  56.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5296  putative transcriptional regulator, RpiR family  34.52 
 
 		 108 aa  56.2  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1589  RpiR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 286 aa  52.8  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4854  putative transcriptional regulator, RpiR family  37.18 
 
 		 108 aa  51.6  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.184524  normal  0.0902185 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4698  transcriptional regulator, RpiR family  31.58 
 
 		 277 aa  50.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4661  RpiR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 278 aa  50.1  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1033  RpiR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 305 aa  49.3  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2412  transcriptional regulator, RpiR family  31.65 
 
 		 285 aa  48.9  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2602  RpiR family transcriptional regulator  34.57 
 
 		 285 aa  48.9  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.345507 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0304  transcriptional regulator  27.27 
 
 		 280 aa  48.9  0.00003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0292  transcriptional regulator, RpiR family  38.71 
 
 		 282 aa  48.5  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000128623  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4368  RpiR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 334 aa  47.4  0.00007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.832437  normal  0.141218 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3287  RpiR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 292 aa  47  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.210197 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3344  transcriptional regulator, RpiR family  31.17 
 
 		 285 aa  47  0.00009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1140  RpiR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 284 aa  46.2  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.545053  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1333  transcriptional regulator, RpiR family  29.63 
 
 		 285 aa  46.2  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3004  transcriptional regulator, RpiR family  29.63 
 
 		 285 aa  46.6  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5469  transcriptional regulator, RpiR family  33.78 
 
 		 284 aa  46.2  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2833  RpiR family transcriptional regulator  27.16 
 
 		 311 aa  45.8  0.0002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1741  hypothetical protein  36.05 
 
 		 331 aa  44.7  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.535544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0867  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 286 aa  44.3  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.574279  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0959  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 286 aa  44.3  0.0005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00212362  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0831  hypothetical protein  32.43 
 
 		 286 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.111957  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2209  putative DNA-binding protein  32.43 
 
 		 286 aa  44.3  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00094108  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1764  SIS domain-containing protein  32.43 
 
 		 286 aa  44.3  0.0005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000384783  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1569  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 286 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00731797  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0051  RpiR family phosphosugar-binding transcriptional regulator  32.43 
 
 		 286 aa  44.3  0.0005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000270259  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1338  RpiR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 291 aa  43.9  0.0008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.298228  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0343  RpiR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 298 aa  43.9  0.0008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1149  RpiR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 291 aa  43.9  0.0008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0445331  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3797  RpiR family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 305 aa  43.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0556618 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5218  RpiR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 286 aa  43.5  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.398124 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3051  RpiR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 284 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1878  RpiR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 284 aa  43.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00289496 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0397  sugar isomerase (SIS)  32.91 
 
 		 297 aa  43.1  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2978  RpiR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 284 aa  43.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0706  RpiR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 299 aa  42.4  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3695  RpiR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 326 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3314  transcriptional regulator, RpiR family  38.67 
 
 		 279 aa  41.6  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1249  hypothetical protein  27.16 
 
 		 302 aa  42  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.378006  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3158  transcriptional regulator, RpiR family  33.78 
 
 		 295 aa  42  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0673923 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0876  transcriptional regulator, RpiR family  36.84 
 
 		 279 aa  41.2  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.820056  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1590  RpiR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 287 aa  40.8  0.006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1233  RpiR family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 280 aa  40.8  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0156819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3702  RpiR family transcriptional regulator  21.74 
 
 		 307 aa  40.4  0.008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1350  RpiR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 294 aa  40.4  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.14159  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>