More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2578 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_2578  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
267 aa  553  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0300  extracellular solute-binding protein family 3  50.7 
 
 
256 aa  226  3e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000000692776  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4039  histidine kinase  27.8 
 
 
572 aa  102  8e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0743  extracellular solute-binding protein  28.44 
 
 
260 aa  99.4  6e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2175  histidine kinase  28.37 
 
 
599 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1312  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 
584 aa  97.8  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4130  histidine kinase  26.25 
 
 
572 aa  97.1  3e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.964997 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2081  histidine kinase  27.91 
 
 
597 aa  95.9  6e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1848  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  27.41 
 
 
513 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2755  periplasmic substrate-binding protein/sensor histidine kinase  26.07 
 
 
590 aa  94.4  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3623  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.34 
 
 
620 aa  93.2  4e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.838333  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.3 
 
 
1055 aa  93.2  4e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1037  histidine kinase  25.51 
 
 
608 aa  93.2  4e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38840  periplasmic component of amino acid ABC-type transporter/signal transduction system  29.39 
 
 
272 aa  92.8  6e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.621896 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3228  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.42 
 
 
609 aa  91.7  1e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  26.2 
 
 
489 aa  91.7  1e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.2 
 
 
489 aa  91.7  1e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1774  histidine kinase  26.01 
 
 
578 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1056  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
250 aa  91.3  2e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000133402  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1135  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 
268 aa  90.1  3e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0567537  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  25.76 
 
 
489 aa  89.7  4e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00865  arginine transporter subunit  28.85 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2782  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.85 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0257892  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2736  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.85 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0318086  normal  0.950747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00871  hypothetical protein  28.85 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0964  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.85 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0932  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.85 
 
 
243 aa  89.7  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2471  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.85 
 
 
243 aa  89.4  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.198291  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0771  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 
264 aa  89.4  6e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000484393  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1759  histidine kinase  26.51 
 
 
596 aa  89  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.37697  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1907  histidine kinase  25.33 
 
 
560 aa  89  7e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.649995 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1758  hook assembly protein, flagella  27.2 
 
 
250 aa  88.6  9e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000345404  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0812  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.66 
 
 
265 aa  87.4  2e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00534966  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1854  histidine kinase  26.81 
 
 
578 aa  87.8  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0855  amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.66 
 
 
265 aa  87.4  2e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1126  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 
284 aa  87  2e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0908  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.66 
 
 
265 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00179052  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0888  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  29.64 
 
 
243 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.214233  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0947  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.66 
 
 
265 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4430  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.66 
 
 
265 aa  87.4  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.10616  normal  0.255053 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1302  histidine kinase  23.77 
 
 
596 aa  87.8  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000333005 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0945  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  24.22 
 
 
265 aa  86.7  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.336039  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2740  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.17 
 
 
1016 aa  86.7  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2277  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.32 
 
 
243 aa  86.3  5e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.01 
 
 
503 aa  86.3  5e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1093  extracellular solute-binding protein family 3  25.82 
 
 
247 aa  85.9  6e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.253807  normal  0.019092 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.02 
 
 
493 aa  85.9  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0760  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.77 
 
 
265 aa  85.9  7e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0753  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.77 
 
 
265 aa  85.9  7e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00539884  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1035  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  23.77 
 
 
265 aa  85.5  8e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00041367  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2923  histidine kinase  23.14 
 
 
598 aa  85.1  0.000000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1019  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  28.06 
 
 
243 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.211484 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2639  arginine ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein ArtJ  26.91 
 
 
243 aa  84  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000964568  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1926  solute-binding family 1 protein  24.29 
 
 
250 aa  84.3  0.000000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2102  histidine kinase  25.88 
 
 
575 aa  84  0.000000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1925  solute-binding family 1 protein  26.38 
 
 
250 aa  84  0.000000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1569  arginine ABC transporter periplasmic substrate-binding protein ArtJ  26.91 
 
 
243 aa  84  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  26.74 
 
 
265 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2848  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 
261 aa  83.6  0.000000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0787958  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.01 
 
 
503 aa  83.6  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0991  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.51 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1041  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.51 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.385191  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2115  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.11 
 
 
604 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00123104  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1070  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein  28.18 
 
 
263 aa  83.2  0.000000000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.623597  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1022  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.51 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186752  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1454  amino acid ABC transporter periplasmic protein  26.43 
 
 
265 aa  83.2  0.000000000000004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00353635  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0959  arginine ABC transporter periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.51 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0924  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtJ  26.51 
 
 
243 aa  83.2  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0338236  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2022  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  26.91 
 
 
748 aa  82.8  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1376  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.68 
 
 
243 aa  82.8  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2724  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.91 
 
 
243 aa  82.8  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00108182  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1023  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  28.69 
 
 
243 aa  82.4  0.000000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.916151 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.02 
 
 
492 aa  82.4  0.000000000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1652  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.27 
 
 
244 aa  82.4  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.513751 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2280  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.8 
 
 
244 aa  82  0.000000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  27.83 
 
 
241 aa  82  0.000000000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1051  extracellular solute-binding protein family 3  26.34 
 
 
257 aa  82  0.000000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.310082  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0687  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 
265 aa  82  0.000000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0413327  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1655  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  27.38 
 
 
243 aa  81.6  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.568539 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3855  extracellular solute-binding protein family 3  23.53 
 
 
256 aa  81.6  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.868062  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2053  extracellular solute-binding protein family 3  26.27 
 
 
271 aa  82  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1761  histidine kinase  24.42 
 
 
578 aa  80.9  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18770  extracellular solute-binding protein family 3  24.81 
 
 
244 aa  80.9  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.74936e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.09 
 
 
710 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0340  extracellular solute-binding protein  28.37 
 
 
248 aa  81.3  0.00000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.419937  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3807  extracellular solute-binding protein  26.64 
 
 
255 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0339434  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  26.01 
 
 
263 aa  80.9  0.00000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00868  arginine transporter subunit  28.29 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.208844  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2779  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.29 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0149314  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0344  extracellular solute-binding protein  24.3 
 
 
264 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00874  hypothetical protein  28.29 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.183806  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  24.89 
 
 
727 aa  80.1  0.00000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0967  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  28.29 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2733  cationic amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  28.29 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0727882  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0936  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  28.29 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.570643  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0891  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  28.29 
 
 
243 aa  80.5  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.437353  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.02 
 
 
1047 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2468  arginine ABC transporter, periplasmic arginine-binding protein ArtI  28.29 
 
 
243 aa  80.1  0.00000000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.381979  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.51 
 
 
1047 aa  80.1  0.00000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.35 
 
 
264 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>