More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0482 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  100 
 
 		 312 aa  649    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  67.22 
 
 		 305 aa  437  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  67.22 
 
 		 305 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  68.54 
 
 		 305 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  67.88 
 
 		 305 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  67.67 
 
 		 303 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  65.92 
 
 		 326 aa  430  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  65.46 
 
 		 305 aa  426  1e-118  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  65.79 
 
 		 308 aa  423  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  64.78 
 
 		 309 aa  421  1e-117  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  64.8 
 
 		 308 aa  418  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  61.92 
 
 		 312 aa  397  1e-109  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  61.31 
 
 		 306 aa  393  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  54.61 
 
 		 312 aa  350  2e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  54.61 
 
 		 313 aa  345  4e-94  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  48.6 
 
 		 303 aa  302  4.0000000000000003e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  45.21 
 
 		 293 aa  268  1e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  44.48 
 
 		 293 aa  259  3e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  45.67 
 
 		 303 aa  257  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  43.42 
 
 		 293 aa  251  8.000000000000001e-66  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  43.62 
 
 		 302 aa  246  4e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  42.23 
 
 		 302 aa  240  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  41.67 
 
 		 301 aa  233  3e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  42 
 
 		 293 aa  229  5e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  40 
 
 		 314 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  44.44 
 
 		 294 aa  219  6e-56  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  40.13 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  40.56 
 
 		 303 aa  215  7e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  42.71 
 
 		 294 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  41.52 
 
 		 275 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  40.56 
 
 		 300 aa  212  7e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  42.81 
 
 		 299 aa  212  7e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  42.16 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  35.37 
 
 		 307 aa  205  6e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  38.95 
 
 		 310 aa  204  1e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  39.53 
 
 		 296 aa  204  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  38.24 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  37.99 
 
 		 314 aa  201  9.999999999999999e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  37.24 
 
 		 304 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  40.41 
 
 		 292 aa  199  6e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  37.02 
 
 		 326 aa  197  1.0000000000000001e-49  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  39.51 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  33.9 
 
 		 305 aa  182  7e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  35.79 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  36.33 
 
 		 317 aa  176  3e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  35.04 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  32.91 
 
 		 348 aa  176  5e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  35.71 
 
 		 362 aa  174  1.9999999999999998e-42  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  37.68 
 
 		 286 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  38.04 
 
 		 305 aa  168  1e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  37.2 
 
 		 285 aa  168  1e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  38.98 
 
 		 305 aa  163  3e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  42.36 
 
 		 206 aa  163  4.0000000000000004e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  34.22 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  32.17 
 
 		 304 aa  149  7e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  34.8 
 
 		 287 aa  142  5e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  34.4 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  34.4 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  35.66 
 
 		 254 aa  136  5e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  32 
 
 		 316 aa  132  9e-30  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  30.83 
 
 		 305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4020  pseudouridine synthase, RluA family  26.23 
 
 		 306 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5191  pseudouridine synthase, RluA family  27.57 
 
 		 308 aa  95.1  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000721787 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3978  pseudouridine synthase, RluA family  26.32 
 
 		 306 aa  94  3e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3242  pseudouridine synthase, RluA family  26.23 
 
 		 303 aa  92.4  8e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.341693  normal  0.607359 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  24.56 
 
 		 300 aa  90.5  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2426  pseudouridine synthase  27.24 
 
 		 315 aa  90.5  4e-17  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.181942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27171  pseudouridine synthase  25.1 
 
 		 338 aa  88.6  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1600  pseudouridine synthase, RluA family  32 
 
 		 525 aa  87  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.220651  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.62 
 
 		 221 aa  86.3  7e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  32.59 
 
 		 211 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  25.66 
 
 		 323 aa  85.1  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  32.26 
 
 		 211 aa  85.5  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  25.66 
 
 		 323 aa  85.5  0.000000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.84 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  32.14 
 
 		 211 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.29 
 
 		 211 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.7 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1969  RluA family pseudouridine synthase  30.26 
 
 		 541 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.434828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.95 
 
 		 206 aa  83.2  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000744972  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  29.95 
 
 		 206 aa  83.2  0.000000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  29.95 
 
 		 206 aa  83.2  0.000000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000401131  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4321  RluA family pseudouridine synthase  26.84 
 
 		 350 aa  82.8  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.412069 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4177  pseudouridine synthase, RluD  25.22 
 
 		 318 aa  82.4  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.463318  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  31.02 
 
 		 211 aa  82.4  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  30.37 
 
 		 211 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  32.41 
 
 		 218 aa  82  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  27.67 
 
 		 350 aa  82  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  30.84 
 
 		 211 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  30.37 
 
 		 211 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  0.0000000000442265 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  30.95 
 
 		 215 aa  80.1  0.00000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2226  pseudouridine synthase, RluD  25.09 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  30.62 
 
 		 226 aa  79.3  0.00000000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1348  RluA family pseudouridine synthase  32.43 
 
 		 303 aa  79  0.00000000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.628416  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  33.51 
 
 		 238 aa  79  0.00000000000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1883  pseudouridine synthase  34.41 
 
 		 264 aa  78.2  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.135329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  26.67 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  31.02 
 
 		 232 aa  77.8  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0318  pseudouridine synthase  32.2 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2148  pseudouridine synthase  26.92 
 
 		 216 aa  78.2  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>