More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0055 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  40.95 
 
 		 1143 aa  659    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0055  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1112 aa  2216    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3742  UvrD/REP helicase  38.17 
 
 		 1142 aa  560  1e-158  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.404574  normal  0.909717 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2446  UvrD/REP helicase  36.31 
 
 		 1141 aa  546  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4135  UvrD/REP helicase  37.02 
 
 		 1143 aa  500  1e-140  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401536  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1202  UvrD/REP helicase  31.16 
 
 		 1112 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0060  UvrD/REP helicase  31.19 
 
 		 1177 aa  313  1e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.508286 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4188  UvrD/REP helicase  32.08 
 
 		 1180 aa  293  9e-78  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000134392 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.9 
 
 		 730 aa  247  6.999999999999999e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4751  UvrD/REP helicase family protein  28.69 
 
 		 907 aa  245  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.736825  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.37 
 
 		 732 aa  243  1e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  29.5 
 
 		 757 aa  239  2e-61  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.01 
 
 		 718 aa  238  4e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  32.4 
 
 		 726 aa  237  1.0000000000000001e-60  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0719  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.85 
 
 		 670 aa  236  1.0000000000000001e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.94 
 
 		 797 aa  235  4.0000000000000004e-60  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  32.8 
 
 		 797 aa  233  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  32.65 
 
 		 797 aa  233  1e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.74 
 
 		 759 aa  230  1e-58  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.37 
 
 		 766 aa  230  1e-58  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.06 
 
 		 737 aa  229  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.7 
 
 		 729 aa  228  3e-58  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.13 
 
 		 741 aa  228  5.0000000000000005e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.99 
 
 		 730 aa  227  9e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.99 
 
 		 730 aa  227  9e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.09 
 
 		 741 aa  227  1e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.4 
 
 		 694 aa  226  1e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.57 
 
 		 725 aa  227  1e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7996  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.69 
 
 		 806 aa  226  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1293  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.72 
 
 		 765 aa  226  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.27 
 
 		 729 aa  225  3e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2070  UvrD/REP helicase  29.51 
 
 		 789 aa  225  4.9999999999999996e-57  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.535098  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0932  putative DNA helicase II  28.22 
 
 		 816 aa  224  6e-57  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.156274  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0547  UvrD/REP helicase  28.98 
 
 		 741 aa  224  6e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0211  UvrD/REP helicase  30.08 
 
 		 760 aa  224  8e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0344755 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10008  putative helicase  29.57 
 
 		 773 aa  224  9.999999999999999e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  32.2 
 
 		 762 aa  223  9.999999999999999e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.32 
 
 		 785 aa  223  1.9999999999999999e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4162  DNA-dependent helicase II  29.18 
 
 		 720 aa  222  3e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0353617  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2024  ATP-dependent DNA helicase Rep  30.54 
 
 		 814 aa  221  7e-56  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.260389  normal  0.212402 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  31.49 
 
 		 705 aa  221  7.999999999999999e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.26 
 
 		 671 aa  220  1e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  31.03 
 
 		 706 aa  219  2e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3979  DNA-dependent helicase II  28.03 
 
 		 720 aa  219  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0053327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3971  DNA-dependent helicase II  28.89 
 
 		 720 aa  219  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0187  DNA-dependent helicase II  28.82 
 
 		 720 aa  219  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276236  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0209  UvrD/REP helicase  29.6 
 
 		 786 aa  218  2.9999999999999998e-55  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000644419  normal  0.953058 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2924  UvrD/REP helicase  29.34 
 
 		 778 aa  218  4e-55  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3473  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.91 
 
 		 669 aa  218  4e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.406551 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03689  DNA-dependent ATPase I and helicase II  28.18 
 
 		 720 aa  218  5e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4179  DNA-dependent helicase II  28.18 
 
 		 720 aa  218  5e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.654606  normal  0.0232596 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1554  ATP-dependent DNA helicase II  28.12 
 
 		 749 aa  218  5e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5252  DNA-dependent helicase II  28.18 
 
 		 720 aa  218  5e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03638  hypothetical protein  28.18 
 
 		 720 aa  218  5e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4166  DNA helicase II  28.18 
 
 		 720 aa  218  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4194  DNA-dependent helicase II  28.18 
 
 		 720 aa  218  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4038  DNA-dependent helicase II  28.18 
 
 		 720 aa  218  5.9999999999999996e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.04 
 
 		 747 aa  218  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4273  DNA-dependent helicase II  28.18 
 
 		 720 aa  218  5.9999999999999996e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.3 
 
 		 715 aa  218  7e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4332  DNA-dependent helicase II  28.18 
 
 		 720 aa  217  8e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0275  ATP-dependent DNA helicase  29.04 
 
 		 753 aa  217  9e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  29.04 
 
 		 751 aa  217  9e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  30.24 
 
 		 707 aa  217  9e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.04 
 
 		 751 aa  217  9e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0098  UvrD/REP helicase  32.42 
 
 		 779 aa  217  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.404442 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2483  DNA helicase II  31.28 
 
 		 807 aa  217  9.999999999999999e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0291  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.04 
 
 		 751 aa  217  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.65 
 
 		 765 aa  217  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4231  DNA-dependent helicase II  28.18 
 
 		 720 aa  217  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4338  DNA-dependent helicase II  28.18 
 
 		 720 aa  217  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  31.41 
 
 		 671 aa  217  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.04 
 
 		 747 aa  217  9.999999999999999e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4161  DNA-dependent helicase II  28.18 
 
 		 720 aa  217  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4180  DNA-dependent helicase II  28.18 
 
 		 720 aa  216  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.328302  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  31.41 
 
 		 671 aa  217  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.74 
 
 		 756 aa  217  9.999999999999999e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4279  DNA-dependent helicase II  28.18 
 
 		 720 aa  217  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0426  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.72 
 
 		 748 aa  217  9.999999999999999e-55  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1437  UvrD/REP helicase  27.84 
 
 		 769 aa  217  9.999999999999999e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.618729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.49 
 
 		 753 aa  216  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.49 
 
 		 753 aa  216  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.89 
 
 		 751 aa  216  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2449  ATP-dependent DNA helicase UvrD  29.72 
 
 		 726 aa  215  2.9999999999999995e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.170877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  27.25 
 
 		 731 aa  215  3.9999999999999995e-54  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.34 
 
 		 747 aa  215  3.9999999999999995e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1038  ATP-dependent DNA helicase UvrD/PcrA/Rep family  28.71 
 
 		 765 aa  214  4.9999999999999996e-54  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000499777 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2580  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.5 
 
 		 754 aa  215  4.9999999999999996e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.31 
 
 		 829 aa  214  4.9999999999999996e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4079  DNA helicase II  27.56 
 
 		 724 aa  214  4.9999999999999996e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.17 
 
 		 758 aa  215  4.9999999999999996e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0468  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.99 
 
 		 670 aa  214  4.9999999999999996e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  27.97 
 
 		 735 aa  214  5.999999999999999e-54  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0994  superfamily I DNA/RNA helicase  29.43 
 
 		 770 aa  214  5.999999999999999e-54  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  31.07 
 
 		 741 aa  214  7.999999999999999e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0092  ATP-dependent DNA helicase rep  29.49 
 
 		 671 aa  213  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.157816  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  29.63 
 
 		 825 aa  214  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  29.01 
 
 		 826 aa  213  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.53 
 
 		 763 aa  214  1e-53  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.8 
 
 		 795 aa  214  1e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>