More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1202 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4751  UvrD/REP helicase family protein  44.09 
 
 		 907 aa  709    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.736825  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1202  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1112 aa  2281    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2446  UvrD/REP helicase  33.73 
 
 		 1141 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0776  UvrD/REP helicase  33.03 
 
 		 1143 aa  396  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.240899 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3742  UvrD/REP helicase  34.24 
 
 		 1142 aa  378  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.404574  normal  0.909717 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4135  UvrD/REP helicase  31.04 
 
 		 1143 aa  338  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.401536  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0055  UvrD/REP helicase  32.63 
 
 		 1112 aa  338  3.9999999999999995e-91  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0060  UvrD/REP helicase  26.88 
 
 		 1177 aa  208  5e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.508286 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4188  UvrD/REP helicase  27.19 
 
 		 1180 aa  204  6e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000134392 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0398  UvrD/REP helicase  32.46 
 
 		 768 aa  184  6e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0547  UvrD/REP helicase  25.84 
 
 		 741 aa  179  2e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0760  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.07 
 
 		 737 aa  175  3.9999999999999995e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  27.06 
 
 		 671 aa  175  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  27.21 
 
 		 671 aa  174  5.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  31.19 
 
 		 741 aa  174  6.999999999999999e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0682  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.5 
 
 		 756 aa  173  1e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0445546  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.06 
 
 		 671 aa  172  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3440  UvrD/REP helicase  27.9 
 
 		 682 aa  171  5e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.155249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.96 
 
 		 732 aa  171  9e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.89 
 
 		 718 aa  170  2e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2793  ATP-dependent DNA helicase  26.51 
 
 		 737 aa  169  4e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000978375  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.98 
 
 		 757 aa  168  4e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0453  DNA helicase II  25.88 
 
 		 735 aa  168  6.9999999999999995e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.723252  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.44 
 
 		 829 aa  167  1.0000000000000001e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0699  UvrD/Rep family helicase  26.43 
 
 		 689 aa  166  2.0000000000000002e-39  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  26.71 
 
 		 706 aa  166  2.0000000000000002e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.03 
 
 		 738 aa  165  5.0000000000000005e-39  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  29.62 
 
 		 738 aa  164  8.000000000000001e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1682  UvrD/REP helicase  28.33 
 
 		 743 aa  164  9e-39  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  30.79 
 
 		 738 aa  164  1e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1222  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.07 
 
 		 758 aa  164  1e-38  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1426  UvrD/REP helicase  25.48 
 
 		 817 aa  162  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.854677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  25.5 
 
 		 689 aa  163  2e-38  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  29.5 
 
 		 707 aa  162  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0794  UvrD/REP helicase  28.06 
 
 		 735 aa  163  2e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1516  superfamily I DNA/RNA helicase  25.61 
 
 		 757 aa  163  2e-38  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.476962 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3746  UvrD/REP helicase  29.74 
 
 		 730 aa  162  3e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0745  UvrD/REP helicase  24.93 
 
 		 655 aa  161  7e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1669  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.26 
 
 		 805 aa  160  1e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0398  UvrD/REP helicase  27.74 
 
 		 798 aa  160  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.970559 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  27.9 
 
 		 726 aa  160  2e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  27.06 
 
 		 705 aa  159  3e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.38 
 
 		 729 aa  159  4e-37  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03831  UvrD/REP helicase  27.45 
 
 		 805 aa  158  5.0000000000000005e-37  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.209332  normal  0.111635 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0104  UvrD/REP helicase  27.38 
 
 		 797 aa  157  8e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1443  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.64 
 
 		 729 aa  157  1e-36  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.520259  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.53 
 
 		 715 aa  157  1e-36  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.97 
 
 		 763 aa  157  1e-36  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2335  ATP-dependent DNA helicase UvrD  25.29 
 
 		 745 aa  156  2e-36  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000479464  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0748  UvrD/REP helicase  28.38 
 
 		 653 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00311747  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5601  UvrD/REP helicase  24.54 
 
 		 764 aa  156  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0322  UvrD/REP helicase  27.67 
 
 		 795 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0625  UvrD/REP helicase  25.28 
 
 		 1019 aa  155  2.9999999999999998e-36  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.243128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6089  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.31 
 
 		 762 aa  155  4e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.352093 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.86 
 
 		 741 aa  155  5e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.63 
 
 		 755 aa  154  5.9999999999999996e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.43 
 
 		 751 aa  154  8e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0286  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.89 
 
 		 747 aa  154  8.999999999999999e-36  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1037  DNA-dependent helicase II  28.33 
 
 		 726 aa  153  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.35 
 
 		 725 aa  154  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.37 
 
 		 741 aa  154  1e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0716  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.54 
 
 		 685 aa  153  1e-35  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0898  ATP-dependent helicase PcrA  26.76 
 
 		 634 aa  153  2e-35  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1352  UvrD/REP helicase  25.55 
 
 		 807 aa  153  2e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0351  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.9 
 
 		 753 aa  153  2e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0097  ATP-dependent DNA helicase Rep  27.83 
 
 		 797 aa  153  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  29.37 
 
 		 625 aa  152  2e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.19 
 
 		 751 aa  153  2e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.7 
 
 		 785 aa  152  2e-35  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3457  UvrD/REP helicase  28.91 
 
 		 700 aa  152  3e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  26.63 
 
 		 845 aa  152  3e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  24.27 
 
 		 766 aa  152  3e-35  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0367  UvrD/REP helicase  27.56 
 
 		 795 aa  152  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.944301  normal  0.78423 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1911  UvrD/REP helicase  27.14 
 
 		 742 aa  152  4e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.306722  normal  0.156803 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2813  UvrD/REP helicase  22.91 
 
 		 754 aa  151  5e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1994  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.4 
 
 		 730 aa  151  6e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1960  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.4 
 
 		 730 aa  151  6e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2219  UvrD/REP helicase  26.04 
 
 		 739 aa  151  6e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.54 
 
 		 794 aa  151  7e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0115  UvrD/REP helicase  27.23 
 
 		 797 aa  150  9e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10967  ATP-dependent DNA helicase II uvrD1  25.79 
 
 		 771 aa  150  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.227085 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.96 
 
 		 730 aa  150  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.34 
 
 		 694 aa  150  1.0000000000000001e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  24.52 
 
 		 706 aa  150  1.0000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07720  ATP-dependent DNA helicase PcrA  26.15 
 
 		 831 aa  150  2.0000000000000003e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0752204  normal  0.673824 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0038  UvrD/REP helicase  27.61 
 
 		 757 aa  149  2.0000000000000003e-34  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0462  ATP-dependent DNA helicase Rep  26.73 
 
 		 672 aa  150  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0670  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.88 
 
 		 833 aa  149  3e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.117887 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.13 
 
 		 795 aa  149  3e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.83 
 
 		 751 aa  149  3e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_917  predicted protein  25.94 
 
 		 657 aa  149  3e-34  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.770015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0626  ATP-dependent DNA helicase Rep  28.71 
 
 		 671 aa  149  3e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  23.66 
 
 		 759 aa  149  4.0000000000000006e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1831  UvrD/REP helicase  30.55 
 
 		 779 aa  149  4.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4969  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.73 
 
 		 753 aa  149  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  27.95 
 
 		 721 aa  148  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.83 
 
 		 747 aa  148  5e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0305  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.83 
 
 		 747 aa  148  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  25.83 
 
 		 751 aa  148  5e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  25.8 
 
 		 724 aa  148  5e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>