More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0734 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_0734  hypothetical protein  100 
 
 		 118 aa  232  1.0000000000000001e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0691  PadR-like family transcriptional regulator  90.6 
 
 		 128 aa  186  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0660  PadR-like family transcriptional regulator  90.6 
 
 		 128 aa  186  1e-46  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0681  transcriptional regulator, PadR-like family  90.6 
 
 		 128 aa  186  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3696  PadR-like family transcriptional regulator  89.74 
 
 		 128 aa  183  7e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0690  PadR-like family transcriptional regulator  88.14 
 
 		 132 aa  182  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.112925  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4325  PadR-like family transcriptional regulator  52.53 
 
 		 109 aa  107  5e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.405564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1798  PadR family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 121 aa  107  5e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0304108  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2191  transcriptional regulator, PadR-like family  45.79 
 
 		 115 aa  104  3e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  3.02647e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5742  transcriptional regulator, PadR-like family  52.63 
 
 		 112 aa  103  6e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.92312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2527  PadR-like family transcriptional regulator  50 
 
 		 117 aa  100  5e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0218249  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5391  transcriptional regulator, PadR family  47.57 
 
 		 115 aa  100  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0917422  normal  0.395452 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2473  hypothetical protein  50 
 
 		 114 aa  97.1  7e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.140746  normal  0.551576 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2817  hypothetical protein  50 
 
 		 114 aa  97.1  9e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2819  hypothetical protein  50 
 
 		 114 aa  96.7  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000193161 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1103  transcriptional regulator, PadR-like family  45.95 
 
 		 118 aa  96.3  1e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.369684  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2621  hypothetical protein  50 
 
 		 114 aa  96.7  1e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.065619  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2537  PadR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 115 aa  96.7  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.33456  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2812  hypothetical protein  50 
 
 		 114 aa  96.7  1e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0612725  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2613  PadR-like family transcriptional regulator  51.46 
 
 		 115 aa  96.7  1e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000539702  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2570  PadR family transcriptional regulator  51.02 
 
 		 115 aa  95.5  2e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000223824  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04310  transcriptional regulator, PadR family  47.47 
 
 		 115 aa  94.7  3e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2859  hypothetical protein  50 
 
 		 115 aa  94.7  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000516824  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0494  transcriptional regulator, PadR-like family  47.96 
 
 		 113 aa  93.2  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.396761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1533  transcriptional regulator, PadR-like family  47.47 
 
 		 120 aa  92.4  2e-18  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4235  transcriptional regulator, PadR family  44.55 
 
 		 111 aa  90.1  8e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.324298  normal  0.0938031 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4530  PadR-like family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 108 aa  69.7  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2348  PadR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 119 aa  69.3  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14892 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1934  PadR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 106 aa  68.2  0.00000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2928  transcriptional regulator, PadR-like family  37.5 
 
 		 106 aa  68.2  0.00000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.425588  hitchhiker  0.00045831 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0735  PadR-like family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 111 aa  67  0.00000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4828  30S ribosomal protein S14 homolog-related  34.34 
 
 		 114 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8234  transcriptional regulator, PadR-like family  39.18 
 
 		 123 aa  66.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2347  PadR-like family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 103 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.68087  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0763  PadR-like family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 108 aa  66.6  0.0000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.31288  normal  0.603278 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0175  transcriptional regulator, PadR-like family  36.36 
 
 		 110 aa  66.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3281  PadR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 109 aa  66.2  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3730  hypothetical protein  38.71 
 
 		 107 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4516  PadR-like family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 114 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3711  hypothetical protein  38.71 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.0645400000000003e-18 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3753  hypothetical protein  38.71 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.722643  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0909  transcriptional regulator, PadR-like family  38.24 
 
 		 114 aa  65.5  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2175  transcriptional regulator, PadR-like family  36.08 
 
 		 114 aa  65.5  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000935551  normal  0.0245277 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3380  PadR-like family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.114558  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0195  PadR-like family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 110 aa  64.7  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523005  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1974  transcriptional regulator, PadR-like family  35.79 
 
 		 117 aa  64.7  0.0000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.37722 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2026  PadR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 102 aa  64.7  0.0000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  0.000000771993  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1513  hypothetical protein  37.63 
 
 		 107 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0927138 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3448  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 109 aa  63.9  0.0000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3399  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 109 aa  63.9  0.0000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.314118  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3802  hypothetical protein  37.63 
 
 		 107 aa  64.3  0.0000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.991383  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3462  PadR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 121 aa  63.9  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00016944  hitchhiker  0.00778578 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0435  transcriptional regulator, PadR-like family  33.68 
 
 		 110 aa  64.3  0.0000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000949974  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3142  transcriptional regulator, PadR-like family  39.62 
 
 		 121 aa  64.3  0.0000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0600315  hitchhiker  0.00163938 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3483  hypothetical protein  36.84 
 
 		 109 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.134487  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1497  PadR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 107 aa  63.9  0.0000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3757  hypothetical protein  36.84 
 
 		 109 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2935  transcriptional regulator, PadR-like family  31.78 
 
 		 116 aa  63.5  0.0000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000047727  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2716  PadR-like family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 112 aa  63.5  0.0000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0032771  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2773  transcriptional regulator PadR family protein  32.71 
 
 		 112 aa  63.5  0.0000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.480734  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3563  PadR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 125 aa  63.5  0.0000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3814  transcriptional regulator, PadR-like family  34.91 
 
 		 106 aa  63.2  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.375382  normal  0.563614 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2744  transcriptional regulator, PadR-like family  33.01 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.167996  hitchhiker  0.000000256971 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0204  transcriptional regulator, PadR-like family  35.64 
 
 		 111 aa  63.2  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100896 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0346  PadR-like family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 108 aa  63.5  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0473  transcriptional regulator PadR-like protein  39.47 
 
 		 109 aa  62.8  0.000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4791  transcriptional regulator, PadR-like family  37.65 
 
 		 113 aa  62.8  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0467  transcriptional regulator PadR family protein  33.33 
 
 		 118 aa  62  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.560636  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4418  PadR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 114 aa  62.4  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4436  PadR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 122 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0853  PadR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 103 aa  62.8  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293414  normal  0.533668 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0045  transcriptional regulator, PadR-like family  40.62 
 
 		 110 aa  62.4  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3822  transcriptional regulator, PadR-like family  37.23 
 
 		 114 aa  62.8  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0595  transcriptional regulator, PadR-like family  33.98 
 
 		 112 aa  61.6  0.000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0318  PadR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 110 aa  61.6  0.000000004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.490678  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0782  transcriptional regulator, PadR-like family  32 
 
 		 108 aa  61.2  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2018  PadR-like family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 111 aa  61.2  0.000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09563  hypothetical protein  33.68 
 
 		 114 aa  60.8  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.193917  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0735  PadR-like family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 111 aa  59.7  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073319 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0264  hypothetical protein  33.64 
 
 		 103 aa  59.7  0.00000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0415601  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2816  transcriptional regulator, PadR-like family  35 
 
 		 121 aa  59.7  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.270433  normal  0.376795 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3584  PadR-like family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 112 aa  59.7  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3281  PadR-like family transcriptional regulator  43.82 
 
 		 112 aa  59.7  0.00000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.206991 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2059  PadR family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 127 aa  60.1  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5114  PadR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 121 aa  58.9  0.00000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4845  PadR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 188 aa  58.9  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2658  PadR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 113 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0755  PadR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 125 aa  58.9  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.916558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2720  PadR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 113 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3295  PadR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 113 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.937453  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1832  PadR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 113 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0063  PadR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 113 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0062  PadR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 113 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2396  transcriptional regulator, PadR-like family  35.24 
 
 		 111 aa  58.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.109028  normal  0.171865 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2678  transcriptional regulator, PadR-like family  36.45 
 
 		 111 aa  58.5  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0279  PadR-like family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 113 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.360828  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1070  transcriptional regulator, PadR-like family  33.7 
 
 		 104 aa  58.2  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.188637  hitchhiker  0.000000498444 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4394  PadR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 119 aa  58.2  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0475  transcriptional regulator, PadR family  34.02 
 
 		 109 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0055  PadR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 113 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>