266 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0473 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_0473  transcriptional regulator PadR-like protein  100 
 
 		 109 aa  224  4e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0195  PadR-like family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 110 aa  92.8  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523005  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2744  transcriptional regulator, PadR-like family  44.04 
 
 		 135 aa  91.7  3e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.167996  hitchhiker  0.000000256971 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0782  transcriptional regulator, PadR-like family  42.2 
 
 		 108 aa  88.2  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3065  transcriptional regulator, PadR-like family  40.59 
 
 		 136 aa  86.3  1e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.599102  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2361  PadR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 120 aa  86.7  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3814  transcriptional regulator, PadR-like family  42.11 
 
 		 106 aa  83.6  8e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.375382  normal  0.563614 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09563  hypothetical protein  43 
 
 		 114 aa  82.8  0.000000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.193917  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5790  transcriptional regulator, PadR-like family  37.62 
 
 		 128 aa  82  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.120681  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0467  transcriptional regulator PadR family protein  38.68 
 
 		 118 aa  82  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.560636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4335  transcriptional regulator, PadR family  40.82 
 
 		 105 aa  81.6  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1497  PadR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 107 aa  81.3  0.000000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452189  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4316  transcriptional regulator, PadR family  41.84 
 
 		 105 aa  81.3  0.000000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3958  PadR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 111 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4059  PadR-like family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 105 aa  80.9  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4279  transcriptional regulator  40.82 
 
 		 105 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1974  transcriptional regulator, PadR-like family  36.08 
 
 		 117 aa  80.5  0.000000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.37722 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0918  transcriptional regulator, PadR family  40.82 
 
 		 105 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4256  transcriptional regulator, PadR-like family  41.75 
 
 		 124 aa  79  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.102079 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0175  transcriptional regulator, PadR-like family  41.84 
 
 		 110 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3947  PadR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 105 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4530  PadR-like family transcriptional regulator  40 
 
 		 108 aa  77.4  0.00000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661869  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29180  predicted transcriptional regulator  40 
 
 		 151 aa  77.4  0.00000000000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0435  transcriptional regulator, PadR-like family  36.89 
 
 		 110 aa  77.4  0.00000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000949974  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3563  PadR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 125 aa  76.3  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0216  transcriptional regulator, PadR-like family  37.62 
 
 		 109 aa  75.5  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1102  transcriptional regulator, PadR family  41.24 
 
 		 110 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4136  transcriptional regulator, PadR family  41.24 
 
 		 110 aa  75.9  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.345707  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3858  PadR-like family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 110 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2728  PadR-like family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 110 aa  75.1  0.0000000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.323988  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3127  transcriptional regulator, PadR-like family  36.56 
 
 		 128 aa  74.3  0.0000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.177743  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4083  PadR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 110 aa  73.9  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0853  PadR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 103 aa  73.9  0.0000000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293414  normal  0.533668 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1934  PadR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 106 aa  73.6  0.0000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2348  PadR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 119 aa  73.6  0.0000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14892 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1495  transcriptional regulator, PadR-like family  33.98 
 
 		 108 aa  73.2  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3940  PadR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 110 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3772  PadR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 110 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3787  PadR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 110 aa  73.2  0.000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4248  PadR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 110 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4156  transcriptional regulator, PadR family  39.18 
 
 		 110 aa  72.8  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.20651  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1313  transcriptional regulator, PadR-like family  39.81 
 
 		 113 aa  72  0.000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.107904  normal  0.0202461 
 
 
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NC_009972  Haur_0735  PadR-like family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 111 aa  72  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_014210  Ndas_R0045  transcriptional regulator, PadR-like family  36.17 
 
 		 110 aa  72  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4050  transcriptional regulator, PadR family  39.18 
 
 		 110 aa  71.6  0.000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0204  transcriptional regulator, PadR-like family  38.95 
 
 		 111 aa  71.2  0.000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100896 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0346  PadR-like family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 108 aa  70.9  0.000000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014151  Cfla_0909  transcriptional regulator, PadR-like family  33.33 
 
 		 114 aa  70.5  0.000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0264  hypothetical protein  35.05 
 
 		 103 aa  70.1  0.00000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0415601  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3281  PadR-like family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 112 aa  69.7  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.206991 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3584  PadR-like family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 112 aa  69.7  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2716  PadR-like family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 112 aa  70.1  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0032771  n/a   
 
 
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NC_009632  SaurJH1_2773  transcriptional regulator PadR family protein  38.54 
 
 		 112 aa  70.1  0.00000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.480734  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0211  transcriptional regulator, PadR-like family  31 
 
 		 114 aa  68.9  0.00000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.635433  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2592  transcriptional regulator, PadR-like family  38.78 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.16378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3696  PadR-like family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 128 aa  67.8  0.00000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0595  transcriptional regulator, PadR-like family  34.34 
 
 		 112 aa  67.4  0.00000000006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33800  transcriptional regulator, PadR family  33.33 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.377597  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5114  PadR family transcriptional regulator  34 
 
 		 121 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3142  transcriptional regulator, PadR-like family  34.04 
 
 		 121 aa  66.6  0.0000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0600315  hitchhiker  0.00163938 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0475  transcriptional regulator, PadR family  34.65 
 
 		 109 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0691  PadR-like family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4304  hypothetical protein  34.69 
 
 		 119 aa  66.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0681  transcriptional regulator, PadR-like family  40.79 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0660  PadR-like family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5082  transcriptional regulator, PadR family  35.42 
 
 		 109 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4845  PadR family transcriptional regulator  34 
 
 		 188 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5211  PadR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 109 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0742  transcriptional regulator, PadR-like family  35.87 
 
 		 124 aa  65.1  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.238359  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0884  transcriptional regulator, PadR-like family  35.87 
 
 		 113 aa  65.5  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.803221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0062  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 113 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4588  transcriptional regulator, PadR-like family  33.67 
 
 		 125 aa  64.7  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00658109  normal  0.0547899 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0055  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 113 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0690  PadR-like family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 132 aa  64.3  0.0000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.112925  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3822  transcriptional regulator, PadR-like family  32.04 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0734  hypothetical protein  39.47 
 
 		 118 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2658  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 113 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0279  PadR-like family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 113 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.360828  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3295  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 113 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.937453  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1832  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 113 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0063  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 113 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2720  PadR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 113 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3730  hypothetical protein  36.08 
 
 		 107 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2347  PadR-like family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 103 aa  63.5  0.0000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.68087  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3448  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 109 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3399  transcriptional regulator  36.08 
 
 		 109 aa  63.5  0.0000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.314118  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3483  hypothetical protein  36.08 
 
 		 109 aa  63.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.134487  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3711  hypothetical protein  36.08 
 
 		 107 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.0645400000000003e-18 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3757  hypothetical protein  36.08 
 
 		 109 aa  63.5  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3753  hypothetical protein  36.08 
 
 		 107 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.722643  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0763  PadR-like family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 108 aa  62.4  0.000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.31288  normal  0.603278 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3802  hypothetical protein  35.05 
 
 		 107 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.991383  n/a   
 
 
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NC_011772  BCG9842_B1513  hypothetical protein  35.05 
 
 		 107 aa  61.6  0.000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0927138 
 
 
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NC_009664  Krad_2816  transcriptional regulator, PadR-like family  29.03 
 
 		 121 aa  62  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.270433  normal  0.376795 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1408  transcriptional regulator, PadR-like family  31.52 
 
 		 118 aa  61.2  0.000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.364205  n/a   
 
 
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NC_011830  Dhaf_1680  transcriptional regulator, PadR-like family  30.93 
 
 		 107 aa  61.6  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK4436  PadR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 122 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013440  Hoch_3025  transcriptional regulator, PadR-like family  33.7 
 
 		 112 aa  61.2  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.361179  normal  0.13274 
 
 
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NC_010001  Cphy_1963  PadR-like family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 103 aa  60.8  0.000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_005957  BT9727_4418  PadR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 114 aa  60.5  0.000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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