230 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_1680 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011830  Dhaf_1680  transcriptional regulator, PadR-like family  100 
 
 		 107 aa  216  7.999999999999999e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3449  hypothetical protein  78.1 
 
 		 106 aa  169  1e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000660793  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3470  hypothetical protein  78.1 
 
 		 106 aa  169  1e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124701  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3441  hypothetical protein  78.1 
 
 		 106 aa  168  2e-41  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1805  hypothetical protein  78.1 
 
 		 106 aa  168  2e-41  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3242  hypothetical protein  78.1 
 
 		 106 aa  169  2e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.758669  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3456  hypothetical protein  78.1 
 
 		 106 aa  169  2e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3215  PadR family transcriptional regulator  78.1 
 
 		 106 aa  169  2e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3152  PadR family transcriptional regulator  78.1 
 
 		 106 aa  169  2e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3495  hypothetical protein  78.1 
 
 		 106 aa  169  2e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3780  transcriptional regulator, PadR family  72.12 
 
 		 108 aa  166  8e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0742647  normal  0.491586 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3150  PadR-like family transcriptional regulator  77.14 
 
 		 106 aa  166  9e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00478917  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2356  PadR family transcriptional regulator  63.46 
 
 		 118 aa  140  5e-33  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2071  PadR-like family transcriptional regulator  61.54 
 
 		 112 aa  139  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.202752  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2172  transcriptional regulator, PadR-like family  62.24 
 
 		 108 aa  137  4.999999999999999e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3013  transcriptional regulator, PadR-like family  49.52 
 
 		 109 aa  119  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00626511 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8856  transcriptional regulator, PadR family  51.46 
 
 		 109 aa  118  1.9999999999999998e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.679523  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1031  transcriptional regulator, PadR-like family  52.48 
 
 		 116 aa  117  3.9999999999999996e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.83969  normal  0.0578877 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4335  transcriptional regulator, PadR family  49.49 
 
 		 105 aa  112  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4316  transcriptional regulator, PadR family  48.48 
 
 		 105 aa  111  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0264  hypothetical protein  46.46 
 
 		 103 aa  110  6e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0415601  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4279  transcriptional regulator  48.48 
 
 		 105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0918  transcriptional regulator, PadR family  48.48 
 
 		 105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3947  PadR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 105 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3958  PadR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 111 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1497  PadR family transcriptional regulator  46.46 
 
 		 107 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.452189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4059  PadR-like family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 105 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0216  transcriptional regulator, PadR-like family  42.72 
 
 		 109 aa  105  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2728  PadR-like family transcriptional regulator  43.69 
 
 		 110 aa  100  9e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.323988  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3858  PadR-like family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 110 aa  98.2  3e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1102  transcriptional regulator, PadR family  41.58 
 
 		 110 aa  96.7  9e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4136  transcriptional regulator, PadR family  41.58 
 
 		 110 aa  96.7  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.345707  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0475  transcriptional regulator, PadR family  44.34 
 
 		 109 aa  96.3  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4083  PadR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 110 aa  95.9  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3772  PadR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 110 aa  95.1  3e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3787  PadR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 110 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4156  transcriptional regulator, PadR family  40.59 
 
 		 110 aa  95.1  3e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.20651  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3940  PadR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 110 aa  94.4  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4248  PadR family transcriptional regulator  40.59 
 
 		 110 aa  94.4  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4050  transcriptional regulator, PadR family  40.59 
 
 		 110 aa  94.4  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0175  transcriptional regulator, PadR-like family  39.39 
 
 		 110 aa  91.7  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1194  transcriptional regulator, PadR-like family  39.6 
 
 		 111 aa  86.7  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2716  PadR-like family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 112 aa  84  6e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0032771  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2773  transcriptional regulator PadR family protein  39.6 
 
 		 112 aa  84  6e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.480734  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5790  transcriptional regulator, PadR-like family  42.05 
 
 		 128 aa  83.6  9e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.120681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0895  transcriptional regulator PadR family protein  37.62 
 
 		 110 aa  80.1  0.000000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.036663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1495  transcriptional regulator, PadR-like family  41.94 
 
 		 108 aa  79.3  0.00000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09510  transcriptional regulator, PadR family  37.25 
 
 		 107 aa  77.8  0.00000000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.498358  normal  0.224928 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0913  transcriptional regulator, PadR-like family  36.89 
 
 		 109 aa  77.4  0.00000000000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.197337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3065  transcriptional regulator, PadR-like family  37.63 
 
 		 136 aa  77.4  0.00000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.599102  normal  0.802869 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29180  predicted transcriptional regulator  38.3 
 
 		 151 aa  75.1  0.0000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2348  PadR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 119 aa  75.1  0.0000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.14892 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0853  PadR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 103 aa  75.1  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.293414  normal  0.533668 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0204  transcriptional regulator, PadR-like family  41.49 
 
 		 111 aa  74.7  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.100896 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1025  transcriptional regulator, PadR-like family  34.65 
 
 		 109 aa  74.7  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.282121  normal  0.0207022 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3142  transcriptional regulator, PadR-like family  38.2 
 
 		 121 aa  74.7  0.0000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0600315  hitchhiker  0.00163938 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2678  transcriptional regulator, PadR-like family  39.39 
 
 		 111 aa  74.3  0.0000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0211  transcriptional regulator, PadR-like family  37.37 
 
 		 114 aa  73.2  0.000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.635433  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2744  transcriptional regulator, PadR-like family  36.27 
 
 		 135 aa  72  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.167996  hitchhiker  0.000000256971 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0045  transcriptional regulator, PadR-like family  39.39 
 
 		 110 aa  72  0.000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0467  transcriptional regulator PadR family protein  39 
 
 		 118 aa  70.5  0.000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.560636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07890  transcriptional regulator, PadR family  36.56 
 
 		 99 aa  70.1  0.000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.312386  normal  0.193392 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1974  transcriptional regulator, PadR-like family  29 
 
 		 117 aa  69.7  0.00000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.37722 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0909  transcriptional regulator, PadR-like family  35.35 
 
 		 114 aa  70.1  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4304  hypothetical protein  35.35 
 
 		 119 aa  68.2  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2816  transcriptional regulator, PadR-like family  32 
 
 		 121 aa  67.8  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.270433  normal  0.376795 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4530  PadR-like family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 108 aa  67.4  0.00000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0279  PadR-like family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 113 aa  67  0.00000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.360828  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05700  transcriptional regulator, PadR family  37.76 
 
 		 114 aa  67  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.182738  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2658  PadR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 113 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0055  PadR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 113 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3295  PadR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 113 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.937453  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1832  PadR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 113 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0063  PadR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 113 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2720  PadR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 113 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3814  transcriptional regulator, PadR-like family  36.78 
 
 		 106 aa  66.6  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.375382  normal  0.563614 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0346  PadR-like family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 108 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1068  transcriptional regulator, PadR family  38.95 
 
 		 110 aa  65.1  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00406829  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12940  predicted transcriptional regulator  32.95 
 
 		 128 aa  64.3  0.0000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0782  transcriptional regulator, PadR-like family  38.2 
 
 		 108 aa  64.3  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33800  transcriptional regulator, PadR family  34.78 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.377597  normal  1 
 
 
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NC_005957  BT9727_4418  PadR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 114 aa  63.9  0.0000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009076  BURPS1106A_0062  PadR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 113 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_013162  Coch_0435  transcriptional regulator, PadR-like family  35.29 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000949974  n/a   
 
 
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NC_006274  BCZK4436  PadR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 122 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008009  Acid345_3563  PadR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 125 aa  62.8  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010184  BcerKBAB4_0950  PadR-like family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.0000000224962  n/a   
 
 
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NC_013739  Cwoe_0884  transcriptional regulator, PadR-like family  32.26 
 
 		 113 aa  62.8  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.803221  normal  1 
 
 
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NC_013037  Dfer_4256  transcriptional regulator, PadR-like family  36.36 
 
 		 124 aa  62  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.102079 
 
 
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NC_009674  Bcer98_2347  PadR-like family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 103 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.68087  n/a   
 
 
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NC_013730  Slin_3822  transcriptional regulator, PadR-like family  35 
 
 		 114 aa  61.6  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_014151  Cfla_2592  transcriptional regulator, PadR-like family  35.29 
 
 		 135 aa  61.6  0.000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.16378  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_4588  transcriptional regulator, PadR-like family  38.37 
 
 		 125 aa  62  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00658109  normal  0.0547899 
 
 
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NC_014165  Tbis_3281  PadR-like family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 112 aa  62  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.206991 
 
 
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NC_013204  Elen_1313  transcriptional regulator, PadR-like family  34.91 
 
 		 113 aa  62  0.000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.107904  normal  0.0202461 
 
 
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NC_014165  Tbis_3584  PadR-like family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 112 aa  62  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_003909  BCE_4828  30S ribosomal protein S14 homolog-related  34.62 
 
 		 114 aa  61.2  0.000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008347  Mmar10_2361  PadR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 120 aa  61.2  0.000000004  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_008528  OEOE_0522  PadR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 84 aa  60.8  0.000000006  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_007530  GBAA_3757  hypothetical protein  32.63 
 
 		 109 aa  60.5  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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