More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A2230 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011094  SeSA_A2223  polyhedral body protein  96.45 
 
 
451 aa  853    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0117098  normal  0.877989 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2176  polyhedral body protein  97.12 
 
 
451 aa  854    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2230  polyhedral body protein  100 
 
 
451 aa  913    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0520726  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2276  polyhedral body protein  97.56 
 
 
451 aa  857    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0189195 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2294  propanediol utilization protein PduS  79.15 
 
 
447 aa  671    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2389  polyhedral body protein  96.67 
 
 
451 aa  854    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0361  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  46.01 
 
 
451 aa  372  1e-101  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1302  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  46.45 
 
 
440 aa  345  1e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0084  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  43.84 
 
 
449 aa  333  5e-90  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1915  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  41.37 
 
 
444 aa  325  1e-87  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1185  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  39.04 
 
 
442 aa  325  1e-87  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3270  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  39.76 
 
 
445 aa  323  3e-87  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4896  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  41.08 
 
 
442 aa  321  1.9999999999999998e-86  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1243  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  41.1 
 
 
449 aa  320  3e-86  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2055  respiratory-chain NADH dehydrogenase domain-containing protein  42.79 
 
 
441 aa  317  4e-85  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.551264  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1370  Respiratory-chain NADH dehydrogenase domain 51 kDa subunit  41.47 
 
 
441 aa  307  2.0000000000000002e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3266  electron transfer protein (PduS)  39.43 
 
 
442 aa  282  7.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0079  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  36.39 
 
 
443 aa  178  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000481582  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1081  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  32.25 
 
 
441 aa  171  2e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0983161 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0306  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  31.86 
 
 
454 aa  169  7e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.521272  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0688  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  33.83 
 
 
605 aa  168  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0508448  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0342  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  34.59 
 
 
445 aa  165  2.0000000000000002e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0211  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  33.33 
 
 
439 aa  165  2.0000000000000002e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.507749  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0704  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  33.33 
 
 
435 aa  162  2e-38  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1663  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  29.59 
 
 
436 aa  161  2e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0680  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  32.73 
 
 
435 aa  160  6e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14350  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  31.47 
 
 
441 aa  159  8e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000459992  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1327  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  33.53 
 
 
439 aa  159  1e-37  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000291101  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0494  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  32.35 
 
 
440 aa  157  5.0000000000000005e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0552147  hitchhiker  0.00321553 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2430  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  31.85 
 
 
439 aa  157  5.0000000000000005e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.216673  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0304  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  34.38 
 
 
443 aa  156  6e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.980459 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0387  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  31.14 
 
 
435 aa  156  6e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19250  electron transport complex protein RnfC  32.33 
 
 
688 aa  155  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1570  electron transport complex protein RnfC  33.14 
 
 
676 aa  155  2e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.133646  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01589  hypothetical protein  32.84 
 
 
694 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00945839  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01599  electron transport complex protein RnfC  32.84 
 
 
740 aa  154  4e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0105357  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2012  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  32.84 
 
 
740 aa  154  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000275301  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1837  electron transport complex protein RnfC  32.84 
 
 
740 aa  154  4e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0944307  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2000  electron transport complex protein RnfC  32.84 
 
 
740 aa  154  4e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000227688  normal  0.287278 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1705  electron transport complex protein RnfC  32.84 
 
 
740 aa  154  4e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0365167  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1529  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  31.65 
 
 
441 aa  152  1e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.427394  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1818  electron transport complex protein RnfC  32.84 
 
 
708 aa  152  1e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.243946  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2341  electron transport complex protein RnfC  32.54 
 
 
772 aa  152  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0288695  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2628  electron transport complex protein RnfC  33.13 
 
 
532 aa  151  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0065  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  34.65 
 
 
448 aa  151  2e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.791332  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0699  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  30.91 
 
 
442 aa  151  3e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1571  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  29.59 
 
 
438 aa  150  6e-35  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0838  Na(+)-translocating NADH-quinone reductase, A subunit  29.78 
 
 
480 aa  149  8e-35  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0144455  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2991  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  32.63 
 
 
481 aa  148  2.0000000000000003e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1173  electron transport complex protein RnfC  32.04 
 
 
515 aa  147  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1885  electron transport complex protein RnfC  32.54 
 
 
704 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1310  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  32.28 
 
 
441 aa  147  4.0000000000000006e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.643075 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1567  electron transport complex protein RnfC  32.54 
 
 
735 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0379557 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1717  electron transport complex protein RnfC  32.54 
 
 
735 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1785  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  32.23 
 
 
567 aa  147  4.0000000000000006e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1555  electron transport complex protein RnfC  32.54 
 
 
732 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.555385  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1627  electron transport complex protein RnfC  32.54 
 
 
735 aa  147  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0777449  normal  0.304577 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0974  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  28.66 
 
 
438 aa  147  5e-34  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1091  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  31.55 
 
 
437 aa  146  8.000000000000001e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.566886  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0936  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  31.23 
 
 
609 aa  145  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.787123  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0988  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  30.7 
 
 
441 aa  143  5e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0263  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit RnfC  33.33 
 
 
437 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0539  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  29.3 
 
 
438 aa  142  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1034  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  29.24 
 
 
704 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321702  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002947  electron transport complex protein RnfC  30.2 
 
 
916 aa  139  7.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.703595  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3194  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.12 
 
 
519 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0106168  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2510  electron transport complex protein RnfC  31.21 
 
 
790 aa  139  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02966  electron transport complex protein RnfC  30.03 
 
 
912 aa  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1733  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  31.49 
 
 
435 aa  139  1e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0269079  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3194  4Fe-4S ferredoxin, RnfC  31.76 
 
 
517 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2068  electron transport complex protein RnfC  29.3 
 
 
870 aa  138  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.583585  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3933  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  32.7 
 
 
517 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00505107  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2558  electron transport complex protein RnfC  30.06 
 
 
784 aa  137  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0669031 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1870  electron transport complex protein RnfC  28.61 
 
 
716 aa  137  4e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00517809  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2401  electron transport complex protein RnfC  30.17 
 
 
745 aa  137  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1848  electron transport complex protein RnfC  30.56 
 
 
793 aa  137  4e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00264282  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1819  electron transport complex protein RnfC  31.04 
 
 
673 aa  137  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000614228 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02731  electron transport complex protein RnfC  31.74 
 
 
852 aa  135  9.999999999999999e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618008  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2967  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  31 
 
 
890 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.390488  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2170  electron transport complex protein RnfC  30.85 
 
 
788 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0332538  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4547  electron transport complex protein RnfC  31.3 
 
 
884 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2261  electron transport complex protein RnfC  31.3 
 
 
884 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0443736  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2063  electron transport complex protein RnfC  31.3 
 
 
885 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00525621  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2275  electron transport complex protein RnfC  31.3 
 
 
876 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0169634  normal  0.804532 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2110  electron transport complex protein RnfC  31.37 
 
 
888 aa  134  3e-30  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.524779  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1792  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  30.95 
 
 
541 aa  134  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00273011 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2066  electron transport complex protein RnfC  30.3 
 
 
809 aa  133  6e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00275367  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2017  electron transport complex protein RnfC  31.86 
 
 
558 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1909  electron transport complex protein RnfC  30.58 
 
 
799 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.567258  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1061  electron transport complex protein RnfC  29.19 
 
 
659 aa  131  3e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2042  electron transport complex protein RnfC  29.01 
 
 
842 aa  131  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875859  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0285  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  33.01 
 
 
506 aa  131  3e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.51844  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0536  electron transport complex protein RnfC  31.31 
 
 
773 aa  129  8.000000000000001e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000392819  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2008  electron transport complex protein RnfC  30.48 
 
 
698 aa  129  2.0000000000000002e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2197  electron transport complex protein RnfC  31.18 
 
 
788 aa  127  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2355  electron transport complex protein RnfC  30.81 
 
 
825 aa  127  5e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2699  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  33.04 
 
 
440 aa  126  7e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0888227  normal  0.012306 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1402  electron transport complex protein RnfC  29.73 
 
 
944 aa  126  8.000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.860812 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1865  electron transport complex protein RnfC  29.23 
 
 
731 aa  125  1e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1896  electron transport complex protein RnfC  30.16 
 
 
698 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.813056  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>