256 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2017 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_2017  electron transport complex protein RnfC  100 
 
 
558 aa  1135    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3234  electron transport complex protein RnfC  58.93 
 
 
573 aa  564  1.0000000000000001e-159  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1161  electron transport complex protein RnfC  54.08 
 
 
570 aa  527  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1173  electron transport complex protein RnfC  51.45 
 
 
515 aa  507  9.999999999999999e-143  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2628  electron transport complex protein RnfC  51.54 
 
 
532 aa  502  1e-141  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0936  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  47.8 
 
 
609 aa  487  1e-136  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.787123  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1785  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  50 
 
 
567 aa  462  1e-129  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2895  electron transport complex protein RnfC  48.11 
 
 
523 aa  457  1e-127  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.473495  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2401  electron transport complex protein RnfC  44.29 
 
 
745 aa  452  1.0000000000000001e-126  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19250  electron transport complex protein RnfC  46.29 
 
 
688 aa  445  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0814  electron transport complex protein RnfC  46.88 
 
 
515 aa  443  1e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.338019 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1870  electron transport complex protein RnfC  43.6 
 
 
716 aa  441  9.999999999999999e-123  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00517809  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1402  electron transport complex protein RnfC  49.24 
 
 
944 aa  437  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.860812 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1792  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  48.91 
 
 
541 aa  429  1e-119  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00273011 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1061  electron transport complex protein RnfC  41.91 
 
 
659 aa  427  1e-118  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1543  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  45.41 
 
 
981 aa  412  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0195747 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002947  electron transport complex protein RnfC  43.51 
 
 
916 aa  414  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.703595  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1567  electron transport complex protein RnfC  45.83 
 
 
735 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0379557 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1717  electron transport complex protein RnfC  45.83 
 
 
735 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1627  electron transport complex protein RnfC  45.83 
 
 
735 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0777449  normal  0.304577 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1555  electron transport complex protein RnfC  45.83 
 
 
732 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.555385  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1885  electron transport complex protein RnfC  45.83 
 
 
704 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1638  electron transport complex protein RnfC  48.48 
 
 
776 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2023  electron transport complex protein RnfC  44.75 
 
 
747 aa  402  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1570  electron transport complex protein RnfC  46.06 
 
 
676 aa  405  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.133646  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2323  electron transport complex protein RnfC  44.26 
 
 
737 aa  404  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01599  electron transport complex protein RnfC  46.06 
 
 
740 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0105357  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2012  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  46.06 
 
 
740 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000275301  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02966  electron transport complex protein RnfC  42.27 
 
 
912 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1705  electron transport complex protein RnfC  46.06 
 
 
740 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0365167  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2000  electron transport complex protein RnfC  46.06 
 
 
740 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000227688  normal  0.287278 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1819  electron transport complex protein RnfC  43.43 
 
 
673 aa  401  9.999999999999999e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000614228 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2341  electron transport complex protein RnfC  45.84 
 
 
772 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0288695  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1837  electron transport complex protein RnfC  46.06 
 
 
740 aa  402  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0944307  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01589  hypothetical protein  46.06 
 
 
694 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00945839  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0536  electron transport complex protein RnfC  42.37 
 
 
773 aa  399  9.999999999999999e-111  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000392819  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1818  electron transport complex protein RnfC  45.84 
 
 
708 aa  397  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.243946  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02731  electron transport complex protein RnfC  45.83 
 
 
852 aa  396  1e-109  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.618008  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2239  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  43.51 
 
 
703 aa  398  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000974734 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1918  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  42.73 
 
 
673 aa  395  1e-108  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2008  electron transport complex protein RnfC  42.08 
 
 
698 aa  392  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2252  electron transport complex protein RnfC  42.08 
 
 
659 aa  391  1e-107  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00637467  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1896  electron transport complex protein RnfC  42.08 
 
 
698 aa  391  1e-107  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.813056  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2156  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  42.62 
 
 
673 aa  392  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.261031  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2967  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  42.74 
 
 
890 aa  391  1e-107  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.390488  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2991  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  46.77 
 
 
481 aa  384  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2355  electron transport complex protein RnfC  43.91 
 
 
825 aa  382  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18920  electron transport complex protein RnfC  47.49 
 
 
774 aa  381  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000329645  normal  0.0619935 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2068  electron transport complex protein RnfC  43.2 
 
 
870 aa  378  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.583585  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1865  electron transport complex protein RnfC  42.31 
 
 
731 aa  376  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2174  electron transport complex protein RnfC  43.56 
 
 
846 aa  376  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.234957  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0688  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  44.09 
 
 
605 aa  375  1e-103  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0508448  normal  0.631588 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1832  electron transport complex protein RnfC  43.22 
 
 
880 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0828396 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2197  electron transport complex protein RnfC  41.98 
 
 
788 aa  369  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1034  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.51 
 
 
704 aa  371  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321702  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2066  electron transport complex protein RnfC  43.63 
 
 
809 aa  370  1e-101  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00275367  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2558  electron transport complex protein RnfC  41.39 
 
 
784 aa  372  1e-101  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0669031 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50960  Electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  46.52 
 
 
496 aa  368  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.228247  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2510  electron transport complex protein RnfC  44.09 
 
 
790 aa  367  1e-100  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3194  4Fe-4S ferredoxin, RnfC  44.99 
 
 
517 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1909  electron transport complex protein RnfC  43.63 
 
 
799 aa  368  1e-100  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.567258  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2042  electron transport complex protein RnfC  40 
 
 
842 aa  368  1e-100  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.875859  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2170  electron transport complex protein RnfC  43.75 
 
 
788 aa  368  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0332538  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3933  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  44.99 
 
 
517 aa  365  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00505107  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2822  electron transport complex, C subunit  47.6 
 
 
495 aa  364  3e-99  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2110  electron transport complex protein RnfC  42.65 
 
 
888 aa  362  8e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.524779  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2275  electron transport complex protein RnfC  42.65 
 
 
876 aa  362  1e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0169634  normal  0.804532 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2063  electron transport complex protein RnfC  42.04 
 
 
885 aa  362  1e-98  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00525621  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2261  electron transport complex protein RnfC  42.44 
 
 
884 aa  360  3e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0443736  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4547  electron transport complex protein RnfC  42.44 
 
 
884 aa  360  3e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1848  electron transport complex protein RnfC  42.24 
 
 
793 aa  359  9e-98  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00264282  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3194  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.54 
 
 
519 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0106168  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0736  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.65 
 
 
857 aa  352  8e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.200511  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0285  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  45.44 
 
 
506 aa  348  2e-94  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.51844  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1494  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.45 
 
 
503 aa  343  4e-93  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.454099 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1091  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  43.12 
 
 
437 aa  333  5e-90  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.566886  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0704  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.63 
 
 
435 aa  332  9e-90  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0680  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.63 
 
 
435 aa  331  2e-89  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0263  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit RnfC  42.33 
 
 
437 aa  330  3e-89  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0079  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  39.82 
 
 
443 aa  330  3e-89  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000481582  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1571  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  42.69 
 
 
438 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1310  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.72 
 
 
441 aa  326  6e-88  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.643075 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0610  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.91 
 
 
440 aa  325  1e-87  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0321334  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0494  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.91 
 
 
440 aa  324  2e-87  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0552147  hitchhiker  0.00321553 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1529  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.36 
 
 
441 aa  322  9.000000000000001e-87  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.427394  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0387  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.19 
 
 
435 aa  322  1.9999999999999998e-86  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1081  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  39.59 
 
 
441 aa  320  5e-86  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0983161 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0988  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.2 
 
 
441 aa  319  7.999999999999999e-86  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1327  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.42 
 
 
439 aa  318  2e-85  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000291101  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1155  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.31 
 
 
441 aa  313  4.999999999999999e-84  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.47563 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14350  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.72 
 
 
441 aa  310  5e-83  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000459992  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1733  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  39.16 
 
 
435 aa  306  8.000000000000001e-82  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0269079  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2430  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  41.63 
 
 
439 aa  303  6.000000000000001e-81  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.216673  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1663  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  37.47 
 
 
436 aa  300  6e-80  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0065  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.67 
 
 
448 aa  297  3e-79  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.791332  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0304  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  40.14 
 
 
443 aa  296  5e-79  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.980459 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0342  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  39.82 
 
 
445 aa  296  9e-79  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2593  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  36.28 
 
 
440 aa  281  2e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0539  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  33.49 
 
 
438 aa  273  9e-72  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2699  electron transport complex, RnfABCDGE type, C subunit  38.58 
 
 
440 aa  271  2.9999999999999997e-71  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0888227  normal  0.012306 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>