39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2831 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2831  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 124 aa  244  2e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.182633  normal  0.128352 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0763  transcriptional regulator  46.67 
 
 		 130 aa  103  9e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.305784 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0413  helix-turn-helix domain-containing protein  45.38 
 
 		 132 aa  99  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0762  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 132 aa  98.2  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1733  XRE family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 133 aa  97.8  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2421  helix-turn-helix domain-containing protein  44.26 
 
 		 132 aa  98.2  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.195917  normal  0.223738 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2653  XRE family transcriptional regulator  42.74 
 
 		 133 aa  88.2  4e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0271139  normal  0.0108721 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1025  helix-turn-helix domain-containing protein  37.74 
 
 		 130 aa  61.2  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00102853  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1947  transcriptional regulator protein  34.51 
 
 		 210 aa  50.1  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2190  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 222 aa  49.7  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0918  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 229 aa  48.5  0.00003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000791351  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  33.33 
 
 		 240 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  33.87 
 
 		 209 aa  46.6  0.0001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 110 aa  46.6  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  33.33 
 
 		 240 aa  46.2  0.0001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0958  helix-turn-helix domain-containing protein  34.38 
 
 		 132 aa  44.7  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1248  helix-turn-helix domain protein  34.62 
 
 		 109 aa  44.3  0.0006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000139831  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01539  prophage CP-9330 DicA-like protein  31.11 
 
 		 135 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0413815  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01531  hypothetical protein  31.11 
 
 		 135 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0356913  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6165  hypothetical protein  38.67 
 
 		 110 aa  43.9  0.0008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203804  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2653  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 110 aa  43.5  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0200481  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 212 aa  43.1  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  32.31 
 
 		 235 aa  42.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  41.67 
 
 		 394 aa  42  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1907  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  33.33 
 
 		 173 aa  41.6  0.003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0629084  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2073  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 135 aa  41.6  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0932046  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2058  transcriptional repressor DicA  27.78 
 
 		 135 aa  41.6  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.211333  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0582  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 233 aa  41.6  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.794333 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  29.59 
 
 		 263 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2252  transcriptional repressor DicA  27.18 
 
 		 131 aa  41.2  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000218001  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 240 aa  41.2  0.005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  35.82 
 
 		 355 aa  41.2  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1628  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 133 aa  40.8  0.006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 		 255 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 146 aa  40.4  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00074  DNA-binding protein  35.42 
 
 		 101 aa  40.4  0.008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08220  DNA-binding protein RDGA  33.85 
 
 		 196 aa  40.4  0.008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0589  transcriptional regulator  38.24 
 
 		 233 aa  40.4  0.009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  33.75 
 
 		 227 aa  40  0.01  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>