41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1907 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1907  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  100 
 
 		 173 aa  356  9.999999999999999e-98  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0629084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4866  XRE family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 179 aa  117  4.9999999999999996e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.894538  normal  0.194277 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0314  XRE family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 116 aa  94.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000214612  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0797  XRE family transcriptional regulator  49.45 
 
 		 116 aa  94.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000538753  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0766  Cro/CI family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 106 aa  92.4  3e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.047378  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1627  transcriptional regulator, XRE family  39.85 
 
 		 135 aa  87.4  8e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00124147  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4178  helix-turn-helix domain-containing protein  43.64 
 
 		 130 aa  84.7  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.886419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3337  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 123 aa  84.3  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.98805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4829  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 123 aa  84.3  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.584136  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2310  XRE family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 130 aa  77  0.0000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000103087  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2619  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 110 aa  74.7  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000698613  hitchhiker  0.000000000219561 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2585  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 110 aa  74.7  0.0000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00026111  hitchhiker  0.00000611184 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3025  DNA-binding protein, putative  47.73 
 
 		 120 aa  74.7  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.111076  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0177  putative DNA-binding repressor transcription regulator protein  45.45 
 
 		 149 aa  74.3  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  47.62 
 
 		 227 aa  73.9  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4100  Cro/CI family transcriptional regulator  39 
 
 		 129 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.394089  normal  0.0554933 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3673  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 129 aa  68.9  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151534  hitchhiker  0.000000782403 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3316  XRE family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0996495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2710  XRE family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 116 aa  67.8  0.00000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1764  helix-turn-helix domain-containing protein  38 
 
 		 129 aa  67.4  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00226226 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2276  XRE family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 214 aa  65.9  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220665 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3376  XRE family transcriptional regulator  42.22 
 
 		 129 aa  64.7  0.0000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3047  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  49.18 
 
 		 149 aa  63.5  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0185896 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01337  phage-related protei  31.76 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.317958  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3181  transcriptional regulator, putative  46.97 
 
 		 149 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.387057  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1608  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 185 aa  60.8  0.00000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2905  XRE family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 134 aa  55.1  0.0000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0131008  normal  0.248064 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0405  hypothetical protein  34.34 
 
 		 118 aa  54.3  0.0000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000114125  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1700  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 156 aa  52.4  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2265  hypothetical protein  31.78 
 
 		 147 aa  51.6  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2898  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  47.13 
 
 		 120 aa  50.8  0.000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.270535  normal  0.294834 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4463  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 117 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3742  XRE family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 130 aa  50.1  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0294477  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  34.18 
 
 		 229 aa  48.9  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  34.18 
 
 		 229 aa  48.9  0.00004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2626  transcriptional regulator, XRE family  37.35 
 
 		 137 aa  45.8  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0239529  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37280  hypothetical protein  39.68 
 
 		 89 aa  45.1  0.0005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  38 
 
 		 229 aa  43.9  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  25.51 
 
 		 113 aa  41.6  0.005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0224  histidine biosynthesis protein  39.62 
 
 		 232 aa  41.6  0.006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 145 aa  40.8  0.01  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>