More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A2177 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A2177  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
363 aa  710    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5633  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  66.11 
 
 
350 aa  452  1.0000000000000001e-126  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.261705  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2125  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  62.65 
 
 
343 aa  395  1e-109  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.728753  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.94 
 
 
337 aa  390  1e-107  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.989354  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.39 
 
 
367 aa  316  5e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2176  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.64 
 
 
325 aa  293  3e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0437  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.88 
 
 
342 aa  284  1.0000000000000001e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.34656 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2587  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
341 aa  192  7e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.969826  hitchhiker  0.0068543 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1822  oligopeptide transport integral membrane protein  37.22 
 
 
341 aa  192  1e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.661927  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5914  ABC transporter, permease protein  37.07 
 
 
331 aa  190  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0959358  normal  0.0354831 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1851  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  36.89 
 
 
331 aa  186  7e-46  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.737422 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.63 
 
 
349 aa  183  4.0000000000000006e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.142881 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
296 aa  182  6e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.23 
 
 
344 aa  178  1e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000360148  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  35.87 
 
 
867 aa  176  6e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2403  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.58 
 
 
304 aa  176  6e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292743  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3511  oligopeptide ABC transporter (permease)  38.53 
 
 
317 aa  172  6.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.94 
 
 
287 aa  171  1e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.59 
 
 
495 aa  171  3e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  32.72 
 
 
299 aa  170  4e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  32.72 
 
 
299 aa  170  4e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  32.72 
 
 
299 aa  170  4e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  32.72 
 
 
299 aa  170  4e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  32.72 
 
 
299 aa  170  4e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.13 
 
 
497 aa  169  5e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.1 
 
 
494 aa  169  5e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2680  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.95 
 
 
290 aa  169  7e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129024  normal  0.890863 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.2 
 
 
278 aa  169  8e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
299 aa  169  8e-41  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.13 
 
 
302 aa  167  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0261  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.22 
 
 
276 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1288  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.2 
 
 
336 aa  167  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.43 
 
 
299 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.499686  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  43.16 
 
 
479 aa  167  4e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
485 aa  165  9e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
313 aa  165  1.0000000000000001e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0216916  hitchhiker  0.00872775 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.89 
 
 
299 aa  165  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24260  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  34.5 
 
 
313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1671  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
293 aa  164  2.0000000000000002e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.74 
 
 
294 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.11 
 
 
318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1443  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.3 
 
 
277 aa  164  3e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.486684  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  41.77 
 
 
304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  41.77 
 
 
304 aa  163  4.0000000000000004e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.6 
 
 
298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00781305  normal  0.217965 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.99 
 
 
342 aa  163  5.0000000000000005e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
301 aa  163  6e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.43 
 
 
473 aa  162  7e-39  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.52 
 
 
284 aa  162  7e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  37.14 
 
 
276 aa  162  7e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.42 
 
 
293 aa  162  7e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.956754  normal  0.436885 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.45 
 
 
496 aa  162  8.000000000000001e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  34.65 
 
 
301 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  41.38 
 
 
282 aa  162  9e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
300 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.22 
 
 
301 aa  161  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.98 
 
 
310 aa  160  3e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.13 
 
 
293 aa  159  6e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
344 aa  159  6e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.71 
 
 
309 aa  159  7e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0755  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.87 
 
 
291 aa  159  7e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0593743  normal  0.296521 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
300 aa  159  8e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  36.5 
 
 
317 aa  159  8e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
301 aa  159  9e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.65 
 
 
347 aa  158  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000434539  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  41 
 
 
305 aa  158  1e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000176481  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.84 
 
 
349 aa  158  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  39.83 
 
 
321 aa  159  1e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.341434  normal  0.69344 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
313 aa  158  1e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.55 
 
 
343 aa  158  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2959  ABC transporter related  38 
 
 
599 aa  158  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.71 
 
 
289 aa  157  2e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.5 
 
 
300 aa  157  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
280 aa  157  3e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1766  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.1 
 
 
468 aa  157  3e-37  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0164204  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.19 
 
 
293 aa  157  3e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.19 
 
 
293 aa  157  3e-37  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0854715  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.14 
 
 
305 aa  157  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.74 
 
 
307 aa  156  4e-37  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 
280 aa  156  4e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3847  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.41 
 
 
297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14687 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
291 aa  156  6e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.532821  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15550  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  33.12 
 
 
396 aa  156  6e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.409579  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
359 aa  156  6e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.61209  hitchhiker  0.00385009 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  31.9 
 
 
288 aa  155  8e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.66 
 
 
285 aa  155  8e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
280 aa  155  8e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  31.45 
 
 
293 aa  155  9e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2574  peptide ABC transporter, permease protein  33.23 
 
 
302 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.339829  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.74 
 
 
308 aa  155  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1223  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.05 
 
 
296 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
658 aa  155  1e-36  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0118989  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3965  hypothetical protein  34.03 
 
 
300 aa  155  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16334 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.09 
 
 
310 aa  154  2e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.83 
 
 
317 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.367551 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.18 
 
 
321 aa  154  2e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.17 
 
 
284 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4406  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.52 
 
 
308 aa  154  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.62 
 
 
279 aa  154  2.9999999999999998e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>