More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0793 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0793  Thioredoxin domain protein  100 
 
 		 122 aa  253  6e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0187514  normal  0.195388 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0723  Thioredoxin domain  98.13 
 
 		 107 aa  219  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.90537 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2590  thioredoxin  38.61 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.282691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1955  thioredoxin  38.61 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2566  thioredoxin  38.61 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0516  thioredoxin  38.61 
 
 		 282 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.695523 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0730  thioredoxin  38.61 
 
 		 282 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5094  thioredoxin  36.04 
 
 		 306 aa  73.9  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.443129  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2636  thioredoxin  34.92 
 
 		 280 aa  73.6  0.0000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2485  thioredoxin  37.62 
 
 		 282 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.194267 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2614  thioredoxin  37.62 
 
 		 282 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2125  thioredoxin  34.26 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.518947  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5898  thioredoxin  37.62 
 
 		 282 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.769716  normal  0.516195 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0719  thioredoxin  37.62 
 
 		 282 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0060777  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0661  thioredoxin domain-containing protein  37.62 
 
 		 301 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.211943  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0903  thioredoxin  37.62 
 
 		 282 aa  72  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0906  thioredoxin  37.62 
 
 		 282 aa  72  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0743  thioredoxin  35.24 
 
 		 282 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.328705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1456  thioredoxin  41.67 
 
 		 108 aa  72.4  0.000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.724668  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4561  thioredoxin  36.45 
 
 		 302 aa  72  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.712523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1547  thioredoxin  32.76 
 
 		 302 aa  72  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.874099  hitchhiker  0.00479598 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1331  putative thioredoxin  34.34 
 
 		 285 aa  71.6  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3219  thioredoxin  35.24 
 
 		 282 aa  72  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1063  thioredoxin  37.62 
 
 		 918 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460797  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4628  thioredoxin  33.65 
 
 		 341 aa  70.9  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3931  thioredoxin  34.58 
 
 		 302 aa  70.5  0.000000000007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3279  thioredoxin  34.58 
 
 		 302 aa  70.1  0.000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0139  thioredoxin  39.51 
 
 		 106 aa  69.7  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0519  thioredoxin  37.5 
 
 		 280 aa  69.7  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0422  thioredoxin-related  38.46 
 
 		 306 aa  68.9  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3045  thioredoxin  30.48 
 
 		 330 aa  68.6  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1865  thioredoxin  36.46 
 
 		 306 aa  68.6  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.938725 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4466  thioredoxin  37.86 
 
 		 290 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0993  thioredoxin  32.71 
 
 		 318 aa  68.2  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0198  thioredoxin  33.33 
 
 		 326 aa  67.8  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0796  thioredoxin  30.77 
 
 		 281 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0505807  normal  0.147714 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3433  thioredoxin  38.1 
 
 		 104 aa  67  0.00000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.513588  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0726  thioredoxin  30.77 
 
 		 281 aa  67  0.00000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0681266  normal  0.772091 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06670  Thioredoxin protein  36 
 
 		 289 aa  67  0.00000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.697288  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0779  putative thioredoxin protein  31.62 
 
 		 280 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.297357  decreased coverage  0.00262303 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0686  thioredoxin  35.92 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0822  thioredoxin  31.75 
 
 		 310 aa  66.2  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.606093  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2792  thioredoxin  36.36 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.336164  normal  0.284427 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2256  thioredoxin  33.98 
 
 		 105 aa  65.5  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00435277 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0364  thioredoxin domain-containing protein  32.43 
 
 		 312 aa  65.5  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000110184 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0556  thioredoxin  33.33 
 
 		 290 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.992322 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0563  thioredoxin  33.33 
 
 		 290 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.635588 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1625  thioredoxin  40.51 
 
 		 107 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0835  thioredoxin  33.33 
 
 		 304 aa  65.1  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0466449 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3003  hypothetical protein  36.9 
 
 		 108 aa  64.7  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2864  hypothetical protein  36.9 
 
 		 108 aa  64.7  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5023  thioredoxin  36.47 
 
 		 290 aa  64.7  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.929168  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0473  thioredoxin  40.51 
 
 		 107 aa  64.7  0.0000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.319728  normal  0.0128632 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0456  thioredoxin  31.09 
 
 		 306 aa  64.3  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.666195  normal  0.0589835 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11340  putative thioredoxin  35.23 
 
 		 289 aa  64.3  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000384652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1041  thioredoxin  35.23 
 
 		 289 aa  63.9  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.413095  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3190  thioredoxin  36.25 
 
 		 108 aa  64.3  0.0000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.425401  hitchhiker  0.00537167 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0893  thioredoxin  31.58 
 
 		 324 aa  63.9  0.0000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2898  thioredoxin  35.71 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.34978  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4174  thioredoxin  40.51 
 
 		 107 aa  63.9  0.0000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0268  thioredoxin  28.81 
 
 		 306 aa  63.9  0.0000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.223768  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0510  thioredoxin  32.32 
 
 		 290 aa  63.9  0.0000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0545  thioredoxin  32.32 
 
 		 290 aa  63.5  0.0000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4099  thioredoxin  30.3 
 
 		 324 aa  62.8  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.809641  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1294  thioredoxin  34.15 
 
 		 108 aa  62.8  0.000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.316672  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3861  thioredoxin  34.38 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.339067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4245  thioredoxin  28.57 
 
 		 334 aa  62.8  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.902531  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1675  thioredoxin  35.06 
 
 		 110 aa  63.2  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.140064  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5243  thioredoxin  35.37 
 
 		 109 aa  62  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5098  thioredoxin  36.67 
 
 		 107 aa  62  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.590945  hitchhiker  0.000000265159 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1746  thioredoxin  35.06 
 
 		 110 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1996  thioredoxin  36.9 
 
 		 106 aa  62.4  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2102  thioredoxin  36.11 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2176  thioredoxin  36.71 
 
 		 106 aa  62  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.275071 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0087  thioredoxin  38.55 
 
 		 106 aa  62.8  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.950509 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2894  thioredoxin  34.41 
 
 		 304 aa  62.4  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.225286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0646  thioredoxin  34.62 
 
 		 111 aa  62.8  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.755097  normal  0.893544 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0837  thioredoxin  30.7 
 
 		 329 aa  62.4  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24068  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2371  thioredoxin domain-containing protein  35.16 
 
 		 303 aa  62.4  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5276  thioredoxin  35.37 
 
 		 108 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0264  thioredoxin-related  30.21 
 
 		 305 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.569758 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3582  thioredoxin  36.9 
 
 		 107 aa  61.6  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.968394  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0306  putative thioredoxin  29.09 
 
 		 305 aa  61.6  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351153 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4464  thioredoxin  31.18 
 
 		 302 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.980457  hitchhiker  0.00575685 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1755  thioredoxin  33.01 
 
 		 287 aa  61.6  0.000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0267329  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1489  thioredoxin domain-containing protein  34.41 
 
 		 304 aa  61.6  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.481302  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5188  thioredoxin  31.18 
 
 		 302 aa  61.2  0.000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0139  thioredoxin  34.41 
 
 		 304 aa  61.6  0.000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.47686 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3272  thioredoxin  29.52 
 
 		 326 aa  61.2  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315754  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3775  thioredoxin  30.3 
 
 		 324 aa  61.6  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.467472 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0927  thioredoxin  38.75 
 
 		 108 aa  61.2  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00418006  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4590  thioredoxin  31.58 
 
 		 304 aa  60.8  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.315091 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4442  thioredoxin  36.71 
 
 		 119 aa  60.8  0.000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.553221 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0294  putative thioredoxin protein  31.53 
 
 		 314 aa  61.2  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.918989  normal  0.0369237 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47420  Thioredoxin 1, trx1  36.25 
 
 		 108 aa  60.8  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2583  thioredoxin  32.5 
 
 		 110 aa  60.8  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9377  thioredoxin  37.8 
 
 		 107 aa  60.8  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2201  thioredoxin  35.06 
 
 		 109 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0838449  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0308  thioredoxin  35.37 
 
 		 108 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4906  thioredoxin  36.71 
 
 		 106 aa  60.5  0.000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.803641  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>