More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5543 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007974  Rmet_5543  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
421 aa  871    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5552  putative formyl-coenzyme A transferase  63.89 
 
 
429 aa  535  1e-151  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2368  putative L-carnitine dehydratase/bile acid- inducible protein F  60.58 
 
 
435 aa  531  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.891999  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3535  putative L-carnitine dehydratase  60.73 
 
 
427 aa  531  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.304315 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3594  hypothetical protein  51.9 
 
 
439 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.903396  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5761  putative Formyl-coenzyme A transferase (Formyl-CoA transferase  46.72 
 
 
422 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.863224  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1970  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.51 
 
 
430 aa  306  4.0000000000000004e-82  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3015  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.05 
 
 
411 aa  299  5e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.472695  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.8 
 
 
411 aa  299  6e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.01 
 
 
435 aa  296  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.67 
 
 
406 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1398  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.54 
 
 
418 aa  291  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  38.42 
 
 
406 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
406 aa  290  3e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.23 
 
 
418 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.36 
 
 
434 aa  288  2e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.99 
 
 
452 aa  287  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  38.92 
 
 
406 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.78 
 
 
424 aa  286  5e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.201554 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3808  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.53 
 
 
430 aa  286  5e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  38.92 
 
 
406 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.69 
 
 
416 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535763  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.69 
 
 
424 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  37.72 
 
 
406 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.99 
 
 
402 aa  284  2.0000000000000002e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.67 
 
 
406 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  37.72 
 
 
418 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.68 
 
 
406 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.92 
 
 
406 aa  282  7.000000000000001e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.29 
 
 
416 aa  282  7.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.23 
 
 
419 aa  280  2e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.19 
 
 
406 aa  280  3e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  37.88 
 
 
420 aa  280  4e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.14 
 
 
402 aa  280  4e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323692  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37 
 
 
406 aa  280  5e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.89 
 
 
426 aa  279  8e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37 
 
 
406 aa  278  1e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1077  CAIB/BAIF family protein  36.36 
 
 
420 aa  278  2e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.674108  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.67 
 
 
406 aa  278  2e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2931  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.34 
 
 
401 aa  277  2e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.465124  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
406 aa  277  3e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
406 aa  276  4e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
406 aa  276  4e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0133  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.38 
 
 
428 aa  276  5e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.38 
 
 
406 aa  276  6e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0151  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.14 
 
 
450 aa  276  7e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.29 
 
 
411 aa  275  9e-73  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0396  CAIB/BAIF family protein  40.15 
 
 
401 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.04 
 
 
416 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2793  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.83 
 
 
401 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.227769  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  36.25 
 
 
407 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.5 
 
 
388 aa  275  2.0000000000000002e-72  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.13 
 
 
407 aa  273  3e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.56 
 
 
415 aa  273  3e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.13 
 
 
433 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0637  CAIB/BAIF family protein  39.39 
 
 
401 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  36 
 
 
407 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0453  CAIB/BAIF family protein  39.39 
 
 
401 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0473  CAIB/BAIF family protein  39.39 
 
 
401 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471572  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0289  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.78 
 
 
409 aa  273  5.000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158157  normal  0.780487 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.23 
 
 
418 aa  273  5.000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.33 
 
 
407 aa  273  6e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
415 aa  272  9e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.52 
 
 
415 aa  272  1e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0173  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.23 
 
 
433 aa  271  1e-71  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.45 
 
 
407 aa  271  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.39 
 
 
407 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.23 
 
 
418 aa  270  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1756  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.69 
 
 
403 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0218449 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4069  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.65 
 
 
426 aa  270  4e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.54 
 
 
412 aa  269  8e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3231  CAIB/BAIF family protein  38.87 
 
 
401 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0207  CAIB/BAIF family protein  38.87 
 
 
401 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.515803  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.52 
 
 
415 aa  268  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2812  CAIB/BAIF family protein  38.87 
 
 
401 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1385  CAIB/BAIF family protein  38.87 
 
 
401 aa  268  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.408143  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  36.12 
 
 
413 aa  267  2e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  37.68 
 
 
406 aa  267  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  36.12 
 
 
413 aa  267  2e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
407 aa  267  2e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1038  Alpha-methylacyl-CoA racemase  36.29 
 
 
413 aa  266  5e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000337447  normal  0.997405 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6218  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.34 
 
 
401 aa  266  7e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.50881  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3330  formyl-CoA transferase  37.16 
 
 
411 aa  265  1e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  36.03 
 
 
427 aa  265  1e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.32 
 
 
401 aa  265  1e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.289281  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.67 
 
 
410 aa  265  2e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.48 
 
 
387 aa  263  4e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5109  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.89 
 
 
394 aa  263  4e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00125099  normal  0.9776 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2206  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.59 
 
 
415 aa  262  6.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0738352 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0062  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.56 
 
 
402 aa  262  6.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.63 
 
 
423 aa  262  8.999999999999999e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.54 
 
 
415 aa  262  8.999999999999999e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  36.32 
 
 
544 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  36.32 
 
 
406 aa  262  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0427  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.34 
 
 
401 aa  261  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  36.32 
 
 
406 aa  262  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  36.32 
 
 
406 aa  262  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  36.32 
 
 
406 aa  262  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  38.57 
 
 
425 aa  261  2e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  36.32 
 
 
577 aa  261  2e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>