More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4198 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_4198  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
401 aa  824    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2772  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  70.03 
 
 
399 aa  583  1.0000000000000001e-165  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.350013  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.71 
 
 
452 aa  332  1e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.05 
 
 
406 aa  331  2e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  41.38 
 
 
406 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.39 
 
 
406 aa  324  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  40.15 
 
 
544 aa  320  3e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  40.15 
 
 
406 aa  319  5e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  40.15 
 
 
577 aa  319  5e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  40.15 
 
 
568 aa  319  5e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.83 
 
 
406 aa  319  5e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.21 
 
 
413 aa  319  5e-86  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  40.15 
 
 
406 aa  319  5e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  40.15 
 
 
406 aa  319  5e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  40.15 
 
 
406 aa  319  5e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1835  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  42.39 
 
 
409 aa  318  7e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  40.64 
 
 
406 aa  318  9e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  40.59 
 
 
406 aa  318  2e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.59 
 
 
406 aa  318  2e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.39 
 
 
406 aa  315  8e-85  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0846  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.79 
 
 
415 aa  313  2.9999999999999996e-84  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
426 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.36 
 
 
433 aa  311  1e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0409  Formyl-CoA transferase  39.95 
 
 
396 aa  311  2e-83  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.75 
 
 
418 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.36 
 
 
406 aa  310  4e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0034  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.8 
 
 
409 aa  310  4e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  40.5 
 
 
418 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  39.12 
 
 
435 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.85 
 
 
406 aa  306  3e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.61 
 
 
406 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  39.05 
 
 
393 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1225  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  41.84 
 
 
382 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0131268  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0281  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.37 
 
 
424 aa  303  5.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  39.66 
 
 
420 aa  302  7.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.12 
 
 
434 aa  300  2e-80  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.16 
 
 
392 aa  301  2e-80  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.61 
 
 
406 aa  300  3e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
407 aa  299  5e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0321  CaiB/BaiF family protein  39.31 
 
 
421 aa  299  6e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0117662 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0548  hypothetical protein  39.16 
 
 
407 aa  298  1e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.88 
 
 
406 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5148  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.16 
 
 
407 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.392977  normal  0.592286 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.35 
 
 
404 aa  297  2e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5460  CAIB/BAIF family protein  39.12 
 
 
406 aa  296  5e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0019674  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05820  hypothetical protein  38.67 
 
 
407 aa  296  5e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0159  CAIB/BAIF family protein  38.39 
 
 
406 aa  295  9e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  unclonable  0.0000839359  hitchhiker  0.0000973372 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.97 
 
 
407 aa  295  9e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.42 
 
 
406 aa  295  1e-78  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.51 
 
 
406 aa  293  4e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.27 
 
 
407 aa  292  6e-78  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.14 
 
 
406 aa  292  8e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0223  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.72 
 
 
415 aa  292  8e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.16835 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0178  Formyl-CoA transferase  37.65 
 
 
406 aa  292  9e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  unclonable  0.0000000000710796  normal  0.705206 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1900  CAIB/BAIF family protein  40.1 
 
 
401 aa  290  2e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.894155  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0420  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.93 
 
 
407 aa  291  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6435  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.92 
 
 
415 aa  290  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00145178 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1258  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.26 
 
 
389 aa  290  3e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.534766  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0244  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.32 
 
 
395 aa  290  4e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.44 
 
 
407 aa  289  6e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.03 
 
 
446 aa  288  8e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0806  L-carnitine dehydratase  38.64 
 
 
423 aa  288  1e-76  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.262656  normal  0.194155 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.92 
 
 
406 aa  288  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4086  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.53 
 
 
390 aa  288  1e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0908917  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.87 
 
 
404 aa  288  2e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.951713 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0899  Formyl-CoA transferase  34.96 
 
 
427 aa  288  2e-76  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1263  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.96 
 
 
390 aa  287  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.673224  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.63 
 
 
412 aa  286  5e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2484  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.13 
 
 
407 aa  286  5.999999999999999e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0601081  normal  0.0181338 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.16 
 
 
386 aa  285  9e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2006  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.21 
 
 
407 aa  285  9e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0816  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.38 
 
 
423 aa  283  3.0000000000000004e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.39 
 
 
415 aa  283  4.0000000000000003e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0442  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.21 
 
 
387 aa  283  4.0000000000000003e-75  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3621  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.11 
 
 
413 aa  281  1e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.58 
 
 
390 aa  281  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0656579 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  36.43 
 
 
413 aa  280  3e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  36.43 
 
 
413 aa  280  3e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  38.79 
 
 
416 aa  280  4e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1429  CAIB/BAIF family protein  38.3 
 
 
422 aa  278  9e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.587908  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  38.56 
 
 
396 aa  278  1e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  38.19 
 
 
396 aa  277  2e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2770  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40 
 
 
410 aa  277  3e-73  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.674174 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4446  acyl-CoA transferase/carnitine dehydratase /bile acid-inducible protein F  37.41 
 
 
393 aa  276  4e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.40775 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.29 
 
 
418 aa  276  7e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4628  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.96 
 
 
415 aa  275  8e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.223388  normal  0.0147966 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.41 
 
 
413 aa  275  8e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3887  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  40.76 
 
 
388 aa  275  9e-73  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.315824  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
418 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
395 aa  275  1.0000000000000001e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2771  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.71 
 
 
405 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5109  putative L-carnitine dehydrogenase  37.65 
 
 
408 aa  274  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367445  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4145  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  40.2 
 
 
414 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0869104  normal  0.342052 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1981  Formyl-CoA transferase  37.23 
 
 
425 aa  272  8.000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.5463  hitchhiker  0.00178281 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0905  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.05 
 
 
410 aa  272  8.000000000000001e-72  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.36953  normal  0.0364065 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02281  predicted CoA-transferase, NAD(P)-binding  36.22 
 
 
381 aa  271  2e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1286  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.22 
 
 
381 aa  271  2e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1298  hypothetical protein  36.22 
 
 
381 aa  271  2e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.16 
 
 
395 aa  270  2e-71  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2508  hypothetical protein  36.22 
 
 
381 aa  271  2e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0122799  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>