200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3080 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3080  transcription regulator protein  100 
 
 		 256 aa  513  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.730873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3016  transcriptional regulator, MerR family  87.8 
 
 		 272 aa  427  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3363  transcriptional regulator, MerR family  88.21 
 
 		 272 aa  430  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.65953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3602  MerR family transcriptional regulator  75.5 
 
 		 293 aa  390  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4881  transcriptional regulator, MerR family  60.83 
 
 		 288 aa  293  2e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.458694  normal  0.771198 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1153  MerR family transcriptional regulator  60.83 
 
 		 279 aa  291  8e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0304735  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1788  MerR family transcriptional regulator  59.83 
 
 		 297 aa  291  8e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000131469 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4022  MerR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 279 aa  291  8e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.28056  normal  0.857059 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5630  MerR family transcriptional regulator  60.83 
 
 		 282 aa  288  4e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122388  normal  0.561699 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3698  MerR family transcriptional regulator  60.83 
 
 		 282 aa  289  4e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.609999  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4670  MerR family transcriptional regulator  60.83 
 
 		 282 aa  289  4e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.940044  normal  0.613988 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4518  MerR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 282 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.584937  normal  0.575813 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4060  MerR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 282 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00710658  normal  0.227534 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2529  MerR family transcriptional regulator  56.43 
 
 		 285 aa  275  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1468  MerR family transcriptional regulator  56.43 
 
 		 285 aa  275  6e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0285  MerR family transcriptional regulator  56.43 
 
 		 285 aa  275  6e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.184763  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0555  MerR family transcriptional regulator  56.43 
 
 		 285 aa  275  6e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.119185  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1273  MerR family transcriptional regulator  56.43 
 
 		 285 aa  275  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1013  MerR family transcriptional regulator  56.43 
 
 		 285 aa  275  6e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0106241  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1351  MerR family transcriptional regulator  56.43 
 
 		 285 aa  275  7e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0327248  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1302  MerR family transcriptional regulator  56.43 
 
 		 268 aa  274  8e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2333  MerR family transcriptional regulator  46.75 
 
 		 253 aa  217  2e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1798  hypothetical protein  45.31 
 
 		 269 aa  201  7e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0462  transcriptional regulator, MerR family  42.97 
 
 		 264 aa  198  6e-50  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.102966 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0149  transcriptional regulator, MerR family  44.8 
 
 		 248 aa  195  7e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3330  MerR family transcriptional regulator  44.17 
 
 		 272 aa  189  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0993383  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21070  MerR family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 232 aa  182  6e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.471821  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0231  transcriptional regulator, MerR family  38.1 
 
 		 250 aa  140  3e-32  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1518  MerR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 288 aa  137  1e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545801 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4344  regulatory protein MerR  34.65 
 
 		 264 aa  135  5e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0776  regulatory protein MerR  34.57 
 
 		 272 aa  131  1.0000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4902  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  124  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.337456  normal  0.546417 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5121  transcriptional regulator, MerR family  32.23 
 
 		 242 aa  106  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4750  transcriptional regulator, MerR family  32.5 
 
 		 243 aa  103  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.772196  normal  0.219423 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1157  transcriptional regulator, MerR family  31.91 
 
 		 258 aa  97.8  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3819  regulatory protein MerR  34.94 
 
 		 297 aa  95.5  8e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.977775  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4271  transcriptional regulator, MerR family  28.4 
 
 		 262 aa  88.6  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.194258  normal  0.647019 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3512  transcriptional regulator, MerR family  30.88 
 
 		 251 aa  88.6  9e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2531  MerR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 246 aa  85.9  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.410302  normal  0.827752 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4126  MerR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.711987 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3650  MerR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 259 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0795396  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3723  MerR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 259 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.913976 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3663  MerR family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 259 aa  84.3  0.000000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.532115 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5802  transcriptional regulator, MerR family  32.26 
 
 		 284 aa  79  0.00000000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2122  MerR family transcriptional regulator  45.57 
 
 		 131 aa  54.3  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.392854  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000376  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  42.86 
 
 		 128 aa  52  0.000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05481  hypothetical protein  40.58 
 
 		 127 aa  51.2  0.00001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001544  predicted transcriptional regulator LiuR of leucine degradation pathway MerR family  37.35 
 
 		 124 aa  51.2  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2435  MerR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 135 aa  51.2  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4309  MerR family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 144 aa  51.2  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2120  MerR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 147 aa  50.8  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00663209  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3063  MerR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 142 aa  50.4  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.858131  normal  0.492052 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1415  transcriptional regulator, MerR family  36.23 
 
 		 143 aa  48.9  0.00009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000599633  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2788  MerR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 127 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291885  normal  1 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5990  mercury resistance regulatory protein MerR  39.13 
 
 		 132 aa  47.4  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.479863 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2726  transcriptional regulator, MerR family protein  38.24 
 
 		 136 aa  47.4  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.505695  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4234  regulatory protein, MerR  40.3 
 
 		 96 aa  47.4  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.231152  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2967  MerR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 127 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2357  MerR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 136 aa  47  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.120567 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2617  transcriptional regulator MerR family  39.39 
 
 		 130 aa  47  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0874214  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2312  MerR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 135 aa  47  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.000000000000678056  hitchhiker  0.000026005 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0189  MerR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 251 aa  47  0.0003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000528069  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1301  MerR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 135 aa  47  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.440008 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1865  transcriptional regulator, MerR family  37.84 
 
 		 128 aa  46.6  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.261396  normal  0.0420495 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2068  transcriptional regulator, MerR family  37.84 
 
 		 128 aa  46.6  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0543  transcriptional regulator, MerR family  44.44 
 
 		 252 aa  46.6  0.0004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2244  regulatory protein, MerR  36.76 
 
 		 135 aa  46.6  0.0004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0461  MerR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 174 aa  46.6  0.0004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0313707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1256  transcriptional regulator, MerR family  39.73 
 
 		 142 aa  46.6  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1599  MerR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 131 aa  46.6  0.0004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2155  transcriptional regulator, MerR family  41.18 
 
 		 167 aa  46.2  0.0005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000155365  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2796  MerR family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 132 aa  46.2  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35600  predicted transcriptional regulator  40.58 
 
 		 319 aa  45.8  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.172761  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1311  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 132 aa  45.8  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1562  transcriptional regulator  37.68 
 
 		 160 aa  45.8  0.0007  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1661  MerR family transcriptional regulator  39.71 
 
 		 137 aa  45.4  0.0008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.282422  normal  0.34807 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4116  transcriptional regulator, MerR family  41.33 
 
 		 133 aa  45.8  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0477  MerR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 173 aa  45.4  0.0009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1898  transcriptional regulator, putative  35.29 
 
 		 134 aa  45.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1366  MerR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 166 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0373128  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2377  MerR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 166 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2972  MerR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 135 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.54764  normal  0.504684 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1854  MerR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 166 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.674161  normal  0.0887351 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21300  putative transcriptional regulator, MerR family  40.74 
 
 		 126 aa  45.4  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.282314  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2845  MerR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 135 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  32.88 
 
 		 145 aa  44.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6249  MerR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 166 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.256623  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2321  MerR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 134 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2393  MerR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 134 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.790409 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38430  regulatory gene of gnyRDBHAL cluster, GnyR  37.68 
 
 		 134 aa  45.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.187805 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1830  MerR family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 166 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00524998  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1673  MerR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 134 aa  45.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1363  MerR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 134 aa  45.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.381305 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2733  MerR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 135 aa  45.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1474  MerR family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 135 aa  45.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.70041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1856  MerR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 166 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.424581  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0041  MerR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 166 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.21109  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2827  MerR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 135 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1127  MerR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 166 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0247655  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1720  MerR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 134 aa  44.7  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>