More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_4234 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_4234  regulatory protein, MerR  100 
 
 		 96 aa  185  2e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.231152  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3662  transcriptional regulator, MerR family  52.22 
 
 		 150 aa  90.5  7e-18  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.293998  normal  0.202254 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3449  MerR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 98 aa  90.1  8e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3069  transcriptional regulator, MerR family  46.74 
 
 		 130 aa  89  2e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0801  transcriptional regulator, MerR family  50 
 
 		 164 aa  86.3  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.851922 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01190  predicted transcriptional regulator  44.09 
 
 		 126 aa  85.1  3e-16  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1548  MerR family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 289 aa  84.3  5e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.556606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0980  MerR family transcriptional regulator  50 
 
 		 243 aa  84.3  5e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2078  transcriptional regulator, MerR family  50.6 
 
 		 242 aa  83.6  9e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.696711  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4888  transcriptional regulator, MerR family  55 
 
 		 92 aa  82.4  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.715098  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0097  transcriptional regulator, MerR family  44.44 
 
 		 157 aa  81.3  0.000000000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.377226 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1963  transcriptional regulator, MerR family  57.35 
 
 		 138 aa  81.3  0.000000000000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.101792  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00680  predicted transcriptional regulator  44.32 
 
 		 130 aa  78.6  0.00000000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4360  regulatory protein, MerR  50.6 
 
 		 144 aa  74.7  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0721888  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1066  cation-efflux system membrane protein  42.53 
 
 		 124 aa  73.9  0.0000000000007  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000356416  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0637  MerR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.122325  normal  0.18825 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0257  MerR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 120 aa  73.6  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0114749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2118  MerR family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 205 aa  73.2  0.000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0893281  normal  0.0821233 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1365  MerR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 124 aa  72.4  0.000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0777  transcriptional regulator, MerR family  45.45 
 
 		 124 aa  72.4  0.000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0766  putative heat shock protein HspR  43.16 
 
 		 123 aa  72  0.000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000861222  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_05520  predicted transcriptional regulator  45.26 
 
 		 144 aa  71.6  0.000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1244  MerR family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.000592234  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0975  putative heat shock protein HspR  41.67 
 
 		 125 aa  70.9  0.000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.933748  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0975  MerR family transcriptional regulator  41.57 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0330797 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0495  MerR family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 124 aa  70.9  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.127683  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1193  transcriptional regulator, MerR family  44.05 
 
 		 102 aa  70.9  0.000000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0554847  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1862  putative heat shock protein HspR  40 
 
 		 125 aa  70.5  0.000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.000982592  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12190  predicted transcriptional regulator  50.59 
 
 		 146 aa  70.5  0.000000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.745153  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0465  MerR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 129 aa  70.1  0.000000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0452  MerR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 129 aa  70.1  0.000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.336664  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0476  MerR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 129 aa  70.1  0.000000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.952964 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1219  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 101 aa  70.1  0.000000000009  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.100212  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4267  regulatory protein MerR  44.44 
 
 		 143 aa  70.1  0.00000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1412  HspR protein, putative  44.05 
 
 		 101 aa  69.3  0.00000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.18212  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1381  regulatory protein MerR  46.59 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.361827  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38550  transcriptional regulator, MerR family  47.62 
 
 		 150 aa  69.3  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0289644  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3714  transcriptional repressor GlnR  41.33 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.57009e-18 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1501  transcriptional repressor GlnR  41.33 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0247107 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3732  transcriptional repressor GlnR  41.33 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3550  transcriptional repressor GlnR  41.33 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3450  MerR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3463  MerR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3834  transcriptional repressor GlnR  41.33 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0489  transcriptional regulator, MerR family  46.43 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0583228  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2382  MerR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.492315  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0244  MerR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 115 aa  68.6  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.448953 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3470  MerR family transcriptional regulator  40 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.003509  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3804  transcriptional repressor GlnR  41.33 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3755  transcriptional repressor GlnR  41.33 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0446973  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1647  MerR family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 97 aa  67.8  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.760593 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1436  transcriptional regulator, MerR family  37.78 
 
 		 140 aa  67.8  0.00000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0024  transcriptional regulator, MerR family  40.66 
 
 		 131 aa  67.4  0.00000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0526  putative transcriptional regulator, MerR family  47.19 
 
 		 115 aa  67  0.00000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10358  heat shock protein transcriptional repressor HspR  41.67 
 
 		 126 aa  66.6  0.0000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0164673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0084  transcriptional regulator, MerR family  46.15 
 
 		 156 aa  66.2  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3805  MerR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 140 aa  66.2  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1234  transcriptional regulator, MerR family  38.2 
 
 		 134 aa  65.9  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000829315  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0787  MerR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 136 aa  65.9  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.877996  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0352  transcriptional regulator, MerR family  48.89 
 
 		 180 aa  65.5  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.638949 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0235  transcriptional regulator, MerR family  47.06 
 
 		 152 aa  65.5  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6946  transcriptional regulator, MerR family  44.44 
 
 		 143 aa  64.7  0.0000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0382  transcriptional regulator, MerR family  40 
 
 		 96 aa  64.3  0.0000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_18780  predicted transcriptional regulator  44.21 
 
 		 183 aa  64.3  0.0000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.010382  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0455  MerR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 116 aa  63.9  0.0000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0503  MerR family transcriptional regulator  60 
 
 		 60 aa  64.3  0.0000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.564864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2116  transcriptional regulator, MerR family  38.55 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3618  transcriptional regulator, MerR family  41.56 
 
 		 141 aa  63.9  0.0000000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2835  MerR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 97 aa  63.9  0.0000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0730655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0555  MerR family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0443  transcriptional regulator, MerR family  48.24 
 
 		 140 aa  63.5  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1310  glutamine synthetase repressor  43.53 
 
 		 195 aa  63.2  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0787163  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4355  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5215  transcriptional regulator, MerR family  48.65 
 
 		 156 aa  62.4  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4804  transcriptional regulator, MerR family  47.62 
 
 		 152 aa  60.8  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04450  predicted transcriptional regulator  44.44 
 
 		 156 aa  60.8  0.000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.139659 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4230  putative transcriptional regulator, MerR family  41.76 
 
 		 140 aa  60.5  0.000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0585976  normal  0.95064 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5468  transcriptional regulator, MerR family  42.86 
 
 		 161 aa  60.5  0.000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.678944 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1367  MerR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 122 aa  60.5  0.000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0398915  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1393  glutamine synthetase repressor  36.62 
 
 		 122 aa  60.5  0.000000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.155382  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1215  transcriptional regulator, MerR family  45.59 
 
 		 101 aa  60.1  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1752  glutamine synthetase transcriptional regulator  41.79 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000396501  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0230  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 169 aa  58.9  0.00000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.279469 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3072  MerR family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 341 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0875  glutamine synthetase repressor  36.62 
 
 		 121 aa  58.5  0.00000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1279  transcriptional regulator, MerR family  40.48 
 
 		 198 aa  58.5  0.00000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0115  MerR family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 146 aa  57.8  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000173938 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1572  transcriptional regulator, MerR family  36.84 
 
 		 128 aa  57.4  0.00000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0116  MerR family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 146 aa  57  0.00000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.608961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0199  regulatory protein, MerR  41.86 
 
 		 147 aa  57  0.00000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.0000263681  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0360  MerR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 145 aa  57  0.00000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000000341554  normal  0.726839 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1764  transcriptional regulator GlnR  37.31 
 
 		 123 aa  56.6  0.0000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.105299  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3706  transcriptional regulator, MerR family  42.05 
 
 		 144 aa  56.6  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.489837 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1577  transcriptional regulator, MerR family  41.33 
 
 		 343 aa  55.8  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5131  MerR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 166 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.533425  normal  0.589756 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4386  MerR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 340 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5067  MerR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 351 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.424066  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1768  MerR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 166 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5793  MerR family transcriptional regulator  49.21 
 
 		 351 aa  55.5  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.998817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1854  MerR family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 166 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.674161  normal  0.0887351 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>