More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3886 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4854  branched-chain amino acid aminotransferase  85.64 
 
 		 370 aa  635    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2520  branched-chain amino acid aminotransferase  84.82 
 
 		 370 aa  650    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.11259 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4175  branched-chain amino acid aminotransferase  89.76 
 
 		 371 aa  682    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.121006  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1388  branched-chain amino acid aminotransferase  88.62 
 
 		 370 aa  681    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.632887  normal  0.497435 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3886  branched-chain amino acid aminotransferase  100 
 
 		 370 aa  753    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.184711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3139  branched-chain amino acid aminotransferase  86.99 
 
 		 370 aa  672    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1739  branched-chain amino acid aminotransferase  86.24 
 
 		 359 aa  615  1e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829629  normal  0.133325 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1240  branched-chain amino acid aminotransferase  66.48 
 
 		 365 aa  501  1e-141  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.550522 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0778  branched-chain amino acid aminotransferase  67.13 
 
 		 359 aa  488  1e-137  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4107  branched-chain amino acid aminotransferase  67.61 
 
 		 366 aa  488  1e-137  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.456695 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4219  branched-chain amino acid aminotransferase  67.61 
 
 		 366 aa  488  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3425  branched-chain amino acid aminotransferase  68.64 
 
 		 365 aa  481  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0726  branched-chain amino acid aminotransferase  65.57 
 
 		 364 aa  480  1e-134  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.275399 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5588  branched-chain amino acid aminotransferase  64.53 
 
 		 362 aa  478  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0289083  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1393  Branched-chain amino acid aminotransferase/4-amino-4-deoxychorismate lyase protein  62.36 
 
 		 367 aa  473  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1130  branched-chain amino acid aminotransferase  66.2 
 
 		 365 aa  474  1e-132  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.4266  hitchhiker  0.000123663 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4084  branched-chain amino acid aminotransferase  66.57 
 
 		 359 aa  468  1.0000000000000001e-131  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4282  branched-chain amino acid aminotransferase  62.57 
 
 		 364 aa  462  1e-129  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.342544  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5661  branched-chain amino acid aminotransferase  65.27 
 
 		 365 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3725  branched-chain amino acid aminotransferase  65.27 
 
 		 365 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.20757  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4643  branched-chain amino acid aminotransferase  65.27 
 
 		 365 aa  454  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0047  branched-chain amino acid aminotransferase  63.35 
 
 		 361 aa  449  1e-125  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.311118 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4288  branched-chain amino acid aminotransferase  58.07 
 
 		 365 aa  447  1.0000000000000001e-124  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1327  branched-chain amino acid aminotransferase  60.22 
 
 		 354 aa  433  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1358  branched-chain amino acid aminotransferase  60.22 
 
 		 354 aa  433  1e-120  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2671  branched-chain amino acid aminotransferase  59.61 
 
 		 367 aa  428  1e-119  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2487  branched-chain amino acid aminotransferase  60.67 
 
 		 366 aa  426  1e-118  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.151305 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2742  branched-chain amino acid aminotransferase  60.11 
 
 		 366 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.466544 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0616  branched-chain amino acid aminotransferase  56.51 
 
 		 373 aa  415  9.999999999999999e-116  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2811  branched-chain amino acid aminotransferase  57.78 
 
 		 363 aa  415  9.999999999999999e-116  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.642497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3957  branched-chain amino acid aminotransferase  57.31 
 
 		 379 aa  414  9.999999999999999e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0711  branched chain amino acid aminotransferase  57.1 
 
 		 361 aa  417  9.999999999999999e-116  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.473859  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1353  branched-chain amino acid aminotransferase  58.94 
 
 		 374 aa  404  1.0000000000000001e-112  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.393805  normal  0.55733 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3543  branched-chain amino acid aminotransferase  54.82 
 
 		 367 aa  405  1.0000000000000001e-112  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.417874  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0176  branched-chain amino acid aminotransferase  55.71 
 
 		 371 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.473738 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7786  branched-chain amino acid aminotransferase  52.89 
 
 		 365 aa  407  1.0000000000000001e-112  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.297856 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2919  branched chain amino acid aminotransferase  55.68 
 
 		 366 aa  402  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.742816  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6535  branched-chain amino acid aminotransferase  52.78 
 
 		 372 aa  399  9.999999999999999e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1356  branched-chain amino acid aminotransferase  53.06 
 
 		 367 aa  397  1e-109  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8041  branched-chain amino acid aminotransferase  53.76 
 
 		 364 aa  393  1e-108  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1524  branched-chain amino acid aminotransferase  54.52 
 
 		 367 aa  392  1e-108  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2529  branched chain amino acid aminotransferase  55.1 
 
 		 370 aa  391  1e-108  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00227274  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0708  branched-chain amino acid aminotransferase  53.95 
 
 		 364 aa  390  1e-107  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.315028 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2267  branched-chain amino acid aminotransferase  54.55 
 
 		 370 aa  388  1e-106  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000097897 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12238  branched-chain amino acid aminotransferase  53.76 
 
 		 368 aa  385  1e-106  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0127743  normal  0.533205 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2940  branched-chain amino acid aminotransferase  52.34 
 
 		 367 aa  386  1e-106  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3573  branched-chain amino acid aminotransferase  52.62 
 
 		 367 aa  382  1e-105  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0805126  normal  0.118426 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10560  branched chain amino acid aminotransferase  56.67 
 
 		 367 aa  383  1e-105  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.114756 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1869  branched-chain amino acid aminotransferase  55 
 
 		 363 aa  384  1e-105  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.229178  hitchhiker  0.00819501 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04566  branched-chain amino acid aminotransferase  53.07 
 
 		 359 aa  381  1e-104  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1703  branched-chain amino acid aminotransferase  53.91 
 
 		 375 aa  380  1e-104  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.0434544 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09890  branched chain amino acid aminotransferase  51.23 
 
 		 373 aa  380  1e-104  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.03528 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3069  branched-chain amino acid aminotransferase  52.32 
 
 		 371 aa  379  1e-104  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.702338  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0747  branched-chain amino acid aminotransferase  49.44 
 
 		 368 aa  379  1e-104  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.031248  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2588  branched-chain amino acid aminotransferase  50.14 
 
 		 354 aa  374  1e-102  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000807633  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3367  branched chain amino acid aminotransferase  52.79 
 
 		 357 aa  373  1e-102  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.215737  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0975  branched-chain amino acid aminotransferase  50.99 
 
 		 362 aa  369  1e-101  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.568362  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0857  branched-chain amino acid aminotransferase  50.42 
 
 		 362 aa  365  1e-100  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3308  branched-chain amino acid aminotransferase  53.2 
 
 		 368 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2382  branched-chain amino acid aminotransferase  53.7 
 
 		 377 aa  365  1e-100  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3319  branched-chain amino acid aminotransferase  53.2 
 
 		 368 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0933798 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3370  branched-chain amino acid aminotransferase  53.2 
 
 		 368 aa  367  1e-100  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0514803  normal  0.142913 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6410  branched-chain amino acid aminotransferase  52.09 
 
 		 374 aa  364  1e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.569805  normal  0.545027 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6122  branched-chain amino acid aminotransferase  54.3 
 
 		 354 aa  363  4e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10790  branched chain amino acid aminotransferase  54.62 
 
 		 374 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0858  branched-chain-amino-acid transaminase  48.6 
 
 		 389 aa  352  5e-96  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1418  branched-chain amino acid aminotransferase  52.94 
 
 		 377 aa  349  5e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.935473 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0586  branched-chain amino acid aminotransferase  47.9 
 
 		 375 aa  347  2e-94  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0585  branched-chain amino acid aminotransferase  48.57 
 
 		 356 aa  345  8e-94  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00279686 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3951  branched-chain amino acid aminotransferase  50.3 
 
 		 357 aa  343  2e-93  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000422235  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0572  branched-chain amino acid aminotransferase  48.29 
 
 		 356 aa  342  4e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.0000149445  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1168  branched-chain amino acid aminotransferase  56.3 
 
 		 368 aa  342  5.999999999999999e-93  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.882569  normal  0.0790533 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0656  branched-chain amino acid aminotransferase  50.58 
 
 		 357 aa  340  2.9999999999999998e-92  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0622258  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2144  branched-chain amino acid aminotransferase  51.8 
 
 		 358 aa  339  4e-92  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2638  branched-chain amino acid aminotransferase  47.34 
 
 		 359 aa  337  9.999999999999999e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.000340961  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2853  branched-chain amino acid aminotransferase  49.1 
 
 		 357 aa  333  3e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000542483  hitchhiker  0.0000000111677 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08600  branched chain amino acid aminotransferase  50.97 
 
 		 363 aa  326  4.0000000000000003e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.367777  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1335  branched-chain amino acid aminotransferase  47.62 
 
 		 357 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.467391  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1877  branched-chain amino acid aminotransferase  47.21 
 
 		 356 aa  319  5e-86  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.335464  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2596  branched-chain amino acid aminotransferase  46.99 
 
 		 362 aa  317  3e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.564603  normal  0.20838 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0856  branched chain amino acid aminotransferase  47.06 
 
 		 356 aa  312  4.999999999999999e-84  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0537  branched-chain amino acid aminotransferase  45.56 
 
 		 356 aa  309  4e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0280854  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2663  branched-chain amino acid aminotransferase  46.55 
 
 		 353 aa  302  5.000000000000001e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.741695  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3098  branched-chain amino acid aminotransferase  44.69 
 
 		 357 aa  295  7e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.409471 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0195  branched-chain amino acid aminotransferase  46.41 
 
 		 358 aa  292  7e-78  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.202114  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18760  branched chain amino acid aminotransferase  45.96 
 
 		 363 aa  291  2e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.103024  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0591  branched-chain amino acid aminotransferase  47.13 
 
 		 358 aa  288  1e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0577  branched-chain amino acid aminotransferase  47.13 
 
 		 358 aa  288  1e-76  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3428  branched-chain amino acid aminotransferase  45.72 
 
 		 353 aa  283  5.000000000000001e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.82358  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3509  branched-chain amino acid aminotransferase  45.88 
 
 		 353 aa  273  3e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3577  branched-chain amino acid aminotransferase  45.29 
 
 		 353 aa  272  6e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0259  branched-chain amino acid aminotransferase  41.34 
 
 		 354 aa  270  4e-71  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.581012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0889  branched chain amino acid aminotransferase  41.19 
 
 		 355 aa  262  8.999999999999999e-69  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.159236 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2817  branched chain amino acid aminotransferase  38.44 
 
 		 358 aa  257  2e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.218798  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1098  branched-chain amino acid aminotransferase  41.62 
 
 		 356 aa  254  2.0000000000000002e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0823676  normal  0.148942 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1601  branched-chain amino acid aminotransferase  40.55 
 
 		 350 aa  249  6e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3299  branched-chain amino acid aminotransferase  39 
 
 		 361 aa  248  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.216025 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31397  predicted protein  41.57 
 
 		 336 aa  245  9e-64  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.635842  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3303  branched-chain amino acid aminotransferase  40.18 
 
 		 355 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0327  branched-chain amino acid aminotransferase  39.17 
 
 		 363 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>