50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2279 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_2279  hypothetical protein  100 
 
 		 134 aa  270  7e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.196831 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3060  ParB domain protein nuclease  81.58 
 
 		 714 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.658709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3031  nuclease  80.26 
 
 		 712 aa  126  8.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578661  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3513  nuclease  78.95 
 
 		 706 aa  125  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.557046 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1222  nuclease  78.95 
 
 		 706 aa  125  2.0000000000000002e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1541  parB-like partition proteins  80.26 
 
 		 708 aa  125  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.79146  normal  0.0178306 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0730  nuclease  80.26 
 
 		 734 aa  123  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.232794  normal  0.968585 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7403  putative chromosome partitioning protein parB  77.92 
 
 		 133 aa  120  6e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.933804 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0771  nuclease  77.63 
 
 		 708 aa  117  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0538  ParB family protein  73.68 
 
 		 714 aa  117  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4025  parB-like partition protein  73.68 
 
 		 687 aa  116  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.934499  normal  0.037787 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0571  parB-like partition protein  72.37 
 
 		 687 aa  115  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.462321  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4579  parB-like partition protein  72.37 
 
 		 687 aa  114  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.914169  normal  0.147919 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2781  ParB domain protein nuclease  72.37 
 
 		 714 aa  114  6.9999999999999995e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6187  ParB domain protein nuclease  71.05 
 
 		 711 aa  110  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00276297 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1468  putative plasmid stabilization protein  69.74 
 
 		 129 aa  108  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.449955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2858  nuclease  72.97 
 
 		 709 aa  108  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0970138 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1059  ParB domain protein nuclease  65.79 
 
 		 685 aa  107  6e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3327  putative plasmid stabilization protein  68.42 
 
 		 129 aa  106  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2347  ParB-like nuclease  67.95 
 
 		 156 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.107377  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3920  ParB-like nuclease  69.86 
 
 		 703 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3567  ParB-like nuclease  69.86 
 
 		 703 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0380  ParB family protein  67.11 
 
 		 713 aa  101  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6053  nuclease  68.83 
 
 		 694 aa  101  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4146  ParB-like nuclease  61.84 
 
 		 717 aa  100  9e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0488845  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2659  hypothetical protein  63.16 
 
 		 713 aa  99.4  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.603455  normal  0.436395 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4923  parB-like partition protein  64.47 
 
 		 706 aa  98.2  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.953106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8287  ParB domain protein nuclease  65.75 
 
 		 709 aa  97.8  5e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.246382  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2520  ParB-like nuclease  61.84 
 
 		 694 aa  97.4  6e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.216239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4594  putative plasmid stabilization protein  59.74 
 
 		 696 aa  92.8  2e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.473967  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4956  nuclease  59.72 
 
 		 172 aa  91.7  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.457337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5564  ParB domain protein nuclease  60 
 
 		 759 aa  90.5  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0978774 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2123  hypothetical protein  55.84 
 
 		 717 aa  87.8  4e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0192  ParB family protein  60 
 
 		 703 aa  85.5  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7705  hypothetical protein  54.55 
 
 		 133 aa  84.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.101496 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3819  hypothetical protein  51.35 
 
 		 723 aa  69.7  0.00000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3151  hypothetical protein  45.78 
 
 		 716 aa  68.2  0.00000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.258373  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3925  parB-like partition protein  47.54 
 
 		 690 aa  50.8  0.000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7316  putative ParB-like nuclease  36.84 
 
 		 146 aa  50.1  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3808  nuclease  48.33 
 
 		 694 aa  47.8  0.00005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.310263 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2198  ParB family protein  44.44 
 
 		 662 aa  47.8  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0776578  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2465  ParB-like nuclease  47.54 
 
 		 658 aa  48.1  0.00005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0428  parB-like partition proteins  44.44 
 
 		 662 aa  46.6  0.0001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.62662  normal  0.628869 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3193  parB-like partition proteins  37.7 
 
 		 597 aa  44.7  0.0005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.101554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0550  parB-like partition protein  41.79 
 
 		 615 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2612  ParB domain protein nuclease  44.44 
 
 		 679 aa  41.6  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0406  nuclease  45.33 
 
 		 325 aa  41.2  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.75021  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2859  ParB-like nuclease  43.33 
 
 		 726 aa  40.4  0.008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2733  nuclease  41.27 
 
 		 688 aa  40  0.01  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.905416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3033  ParB family protein  41.27 
 
 		 688 aa  40  0.01  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.391676 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>