More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4685 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_5295  major facilitator superfamily MFS_1  84.35 
 
 		 428 aa  725    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4685  major facilitator transporter  100 
 
 		 428 aa  837    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4395  major facilitator transporter  91.59 
 
 		 434 aa  759    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.301682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0687  major facilitator superfamily permease  74.82 
 
 		 436 aa  607  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7255  major facilitator superfamily MFS_1  42.72 
 
 		 448 aa  333  5e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1722  major facilitator transporter  41.75 
 
 		 433 aa  311  1e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0389181  normal  0.259403 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4313  major facilitator transporter  44.33 
 
 		 431 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3156  major facilitator transporter  42.72 
 
 		 438 aa  296  7e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2715  major facilitator superfamily metabolite/H(+) symporter  42.89 
 
 		 429 aa  292  6e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.618209 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5940  major facilitator transporter  40.84 
 
 		 433 aa  285  8e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.054012 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2040  major facilitator family transporter  40.05 
 
 		 431 aa  280  3e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3702  major facilitator transporter  40.05 
 
 		 431 aa  279  7e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0165127  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0541  major facilitator transporter  40 
 
 		 444 aa  278  2e-73  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.24945  hitchhiker  0.0000121127 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3887  major facilitator transporter  40.86 
 
 		 432 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.84675  normal  0.218515 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1970  major facilitator transporter  39.17 
 
 		 440 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.782134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2482  major facilitator transporter  40.14 
 
 		 432 aa  271  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1720  major facilitator transporter  37.02 
 
 		 474 aa  263  4.999999999999999e-69  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4524  major facilitator transporter  35.29 
 
 		 441 aa  248  1e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.281062  normal  0.261408 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5586  major facilitator superfamily permease  33.58 
 
 		 441 aa  203  5e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.14863  normal  0.124854 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0221  major facilitator transporter  34.58 
 
 		 431 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1539  probable glucarate transporter  25.28 
 
 		 453 aa  144  3e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.21091  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0945  major facilitator superfamily MFS_1  25.49 
 
 		 453 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.912804  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2852  major facilitator transporter  28.6 
 
 		 438 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.437146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5151  d-galactonate transporter  26.87 
 
 		 451 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.831894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2236  general substrate transporter  26.08 
 
 		 449 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1710  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  25.25 
 
 		 446 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0437115 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4010  major facilitator transporter  25.25 
 
 		 446 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.835742  normal  0.379616 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5058  major facilitator superfamily MFS_1  26.42 
 
 		 425 aa  126  6e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.796866 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2158  major facilitator transporter  27.09 
 
 		 447 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2651  major facilitator family transporter  27.83 
 
 		 447 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4122  D-galactonate transporter  26.56 
 
 		 436 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0101407  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3988  major facilitator superfamily MFS_1  24.16 
 
 		 442 aa  125  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.74321  normal  0.0290381 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2945  major facilitator transporter  28.27 
 
 		 436 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.11349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4111  d-galactonate transporter  25.39 
 
 		 432 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.748063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4160  d-galactonate transporter  25.39 
 
 		 432 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4218  d-galactonate transporter  25.39 
 
 		 432 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2837  major facilitator family transporter  27.87 
 
 		 436 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00238614  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3154  major facilitator transporter  27.83 
 
 		 447 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1990  D-galactonate transporter  25.97 
 
 		 436 aa  123  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0023647  normal  0.0470104 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6033  major facilitator transporter  27.39 
 
 		 467 aa  123  8e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.296948 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0828  putative glucarate transporter (D-glucarate permease) transmembrane protein  25.55 
 
 		 450 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.667348  normal  0.455207 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4121  major facilitator transporter  28.89 
 
 		 455 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801811 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5154  major facilitator transporter  27.69 
 
 		 428 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.379393  normal  0.385289 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03574  D-galactonate transporter  25 
 
 		 430 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0012  d-galactonate transporter  25.07 
 
 		 430 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0012  d-galactonate transporter  25.07 
 
 		 430 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4199  d-galactonate transporter  25.07 
 
 		 445 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0068  major facilitator transporter  25.28 
 
 		 447 aa  122  1.9999999999999998e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1094  d-galactonate transporter  24.87 
 
 		 430 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03518  hypothetical protein  25 
 
 		 430 aa  122  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3903  d-galactonate transporter  25.07 
 
 		 445 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4055  d-galactonate transporter  25.07 
 
 		 430 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0236  major facilitator transporter  26.72 
 
 		 446 aa  122  1.9999999999999998e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5765  d-galactonate transporter  28.25 
 
 		 454 aa  121  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3412  major facilitator transporter  24.49 
 
 		 431 aa  120  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.06823  hitchhiker  0.00118762 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4863  d-galactonate transporter  25.3 
 
 		 450 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0267254 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0666  d-galactonate transporter  25.74 
 
 		 447 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0432694 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4592  major facilitator transporter  29.72 
 
 		 440 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.947939 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0010  d-galactonate transporter  24.81 
 
 		 430 aa  119  7.999999999999999e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.661181  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3829  D-galactonate transporter  27.72 
 
 		 454 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4127  major facilitator superfamily MFS_1  25.45 
 
 		 432 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.560354  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4539  d-galactonate transporter  27.72 
 
 		 454 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.327531  normal  0.0349681 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1467  major facilitator superfamily MFS_1  29.32 
 
 		 443 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4772  major facilitator transporter  27.32 
 
 		 463 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2612  major facilitator transporter  25.63 
 
 		 433 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.209857  normal  0.81136 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3395  major facilitator transporter  27.32 
 
 		 463 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2776  major facilitator transporter  27.58 
 
 		 461 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02992  predicted (D)-galactarate transporter  26.35 
 
 		 444 aa  117  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0578  d-galactonate transporter  26.35 
 
 		 444 aa  117  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02943  hypothetical protein  26.35 
 
 		 444 aa  117  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3422  galactarate permease GarP  26.35 
 
 		 444 aa  117  5e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0573  d-galactonate transporter  26.35 
 
 		 444 aa  117  5e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4735  galactarate transporter  26.65 
 
 		 453 aa  117  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.388057  normal  0.513803 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3316  galactarate permease GarP  26.35 
 
 		 444 aa  117  5e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5174  major facilitator transporter  27.58 
 
 		 469 aa  117  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4439  galactarate permease GarP  26.35 
 
 		 444 aa  117  5e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.333242 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3605  galactarate permease GarP  26.35 
 
 		 444 aa  117  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1306  major facilitator transporter  27.93 
 
 		 454 aa  117  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.599836 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6485  major facilitator superfamily D-glucarate permease  24.63 
 
 		 445 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.848435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1803  major facilitator superfamily D-galactonate transporter  25.42 
 
 		 450 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0303385  hitchhiker  0.00231881 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3336  major facilitator transporter  27.58 
 
 		 464 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4121  major facilitator transporter  27.06 
 
 		 463 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.503182 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5194  major facilitator transporter  25.9 
 
 		 479 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4680  d-galactonate transporter  26.88 
 
 		 485 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5207  d-galactonate transporter  26.39 
 
 		 485 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.045527 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3421  major facilitator transporter  25.32 
 
 		 444 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.229013  normal  0.137893 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7622  major facilitator transporter  27.97 
 
 		 439 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.388014  normal  0.362364 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4584  d-galactonate transporter  26.01 
 
 		 450 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.960578  normal  0.440179 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4428  major facilitator transporter  24.43 
 
 		 428 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00672186  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4450  d-galactonate transporter  26.01 
 
 		 450 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.821723 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2495  major facilitator superfamily MFS_1  25.11 
 
 		 442 aa  114  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00806465  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2180  MFS transporter, phthalate permease family  26.23 
 
 		 478 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.256774  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2811  major facilitator superfamily MFS_1  25.9 
 
 		 419 aa  114  5e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.501035  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2056  major facilitator superfamily transporter phthalate permease  25.45 
 
 		 448 aa  113  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3569  d-galactonate transporter  25.31 
 
 		 444 aa  113  7.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.576776 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1011  major facilitator transporter  24.93 
 
 		 434 aa  112  9e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1655  membrane transport protein  25.85 
 
 		 428 aa  112  9e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.809863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1793  membrane transport protein  25.6 
 
 		 428 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.626262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1627  membrane transport protein  25.6 
 
 		 428 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1714  membrane transport protein  25.6 
 
 		 428 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>