55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4487 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_4487  hypothetical protein  100 
 
 		 332 aa  662    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.264247  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0992  hypothetical protein  89.16 
 
 		 339 aa  577  1e-164  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4337  hypothetical protein  90.09 
 
 		 333 aa  574  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0593676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3541  hypothetical protein  75 
 
 		 353 aa  483  1e-135  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6938  hypothetical protein  77.11 
 
 		 330 aa  473  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0801  hypothetical protein  78.99 
 
 		 335 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.61408 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2743  hypothetical protein  72.97 
 
 		 358 aa  449  1e-125  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.171341 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0847  hypothetical protein  56.93 
 
 		 359 aa  299  4e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.164957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2664  hypothetical protein  49.85 
 
 		 368 aa  280  3e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636064  normal  0.726493 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4542  hypothetical protein  50.16 
 
 		 328 aa  279  4e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0926622  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3343  hypothetical protein  50.88 
 
 		 353 aa  279  4e-74  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.41153  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2159  hypothetical protein  52.58 
 
 		 324 aa  278  1e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3074  hypothetical protein  50.31 
 
 		 328 aa  278  1e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23107  normal  0.02597 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5364  hypothetical protein  48.3 
 
 		 328 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.725258  decreased coverage  0.00123752 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2317  hypothetical protein  50.15 
 
 		 330 aa  269  4e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0554801  normal  0.125751 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2361  hypothetical protein  48.96 
 
 		 334 aa  269  4e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.261278 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2638  hypothetical protein  49.85 
 
 		 331 aa  269  5e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.721893  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3187  hypothetical protein  52.62 
 
 		 337 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.91365  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3255  hypothetical protein  51.91 
 
 		 367 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.179225 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3552  hypothetical protein  50.61 
 
 		 368 aa  252  8.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.455054  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1713  hypothetical protein  54.6 
 
 		 349 aa  250  2e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1204  hypothetical protein  51.69 
 
 		 349 aa  242  7.999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1074  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  46.95 
 
 		 442 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0210036  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3671  hypothetical protein  49.85 
 
 		 337 aa  239  5.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.673224  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2099  hypothetical protein  52.03 
 
 		 320 aa  238  1e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.157749  hitchhiker  0.00162908 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1503  putative MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  44.24 
 
 		 362 aa  216  4e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.40508 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1709  hypothetical protein  47.95 
 
 		 377 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.288619  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3368  MotA  42.86 
 
 		 359 aa  197  3e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2585  hypothetical protein  35.08 
 
 		 330 aa  195  1e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0323  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  50 
 
 		 242 aa  184  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2209  hypothetical protein  44.11 
 
 		 391 aa  184  3e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2096  hypothetical protein  42.91 
 
 		 392 aa  182  8.000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2262  MotA/TolQ/ExbB proton channel family  58.79 
 
 		 381 aa  181  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2830  hypothetical protein  38.27 
 
 		 328 aa  179  4.999999999999999e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00712159  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2941  hypothetical protein  44.75 
 
 		 427 aa  174  9.999999999999999e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0937923 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0964  hypothetical protein  42.86 
 
 		 391 aa  166  5e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0530307  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2288  hypothetical protein  42.86 
 
 		 391 aa  165  8e-40  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.485616  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1039  hypothetical protein  40.79 
 
 		 399 aa  163  4.0000000000000004e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1405  hypothetical protein  42.59 
 
 		 569 aa  141  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.388068 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0231  hypothetical protein  23.56 
 
 		 476 aa  57.8  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0230  hypothetical protein  23.32 
 
 		 476 aa  57.4  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.132063  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0504  hypothetical protein  34 
 
 		 723 aa  55.5  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1193  MotA/TolQ/ExbB proton channel  31.97 
 
 		 362 aa  55.8  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1706  hypothetical protein  25.65 
 
 		 563 aa  54.3  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2438  hypothetical protein  30.23 
 
 		 445 aa  53.9  0.000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2737  hypothetical protein  33.58 
 
 		 495 aa  53.1  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.414891  normal  0.112498 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4508  putative integral membrane protein  23.38 
 
 		 462 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.48653  normal  0.86135 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4289  hypothetical protein  36 
 
 		 549 aa  50.1  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.910751  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4603  putative integral membrane protein  24.76 
 
 		 462 aa  49.7  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.156774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4653  putative methyl-accepting chemotaxis protein  24.76 
 
 		 462 aa  49.3  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0572045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4517  putative integral membrane protein  24.76 
 
 		 462 aa  49.3  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4602  hypothetical protein  24.76 
 
 		 462 aa  49.3  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1849  hypothetical protein  32.65 
 
 		 524 aa  44.3  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.677137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3906  hypothetical protein  38.16 
 
 		 1045 aa  43.5  0.005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.175039  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1161  hypothetical protein  30.87 
 
 		 430 aa  42.4  0.01  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0401335  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>