57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3541 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3541  hypothetical protein  100 
 
 
353 aa  707    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2743  hypothetical protein  87.08 
 
 
358 aa  577  1e-164  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171341 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4337  hypothetical protein  77.18 
 
 
333 aa  502  1e-141  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0593676  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6938  hypothetical protein  79.15 
 
 
330 aa  494  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0992  hypothetical protein  76.19 
 
 
339 aa  497  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0801  hypothetical protein  78.64 
 
 
335 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.61408 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4487  hypothetical protein  75 
 
 
332 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.264247  normal  0.494269 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0847  hypothetical protein  55.94 
 
 
359 aa  309  5.9999999999999995e-83  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.164957  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2664  hypothetical protein  48.41 
 
 
368 aa  283  3.0000000000000004e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636064  normal  0.726493 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3074  hypothetical protein  49.85 
 
 
328 aa  277  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23107  normal  0.02597 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2159  hypothetical protein  51.57 
 
 
324 aa  276  4e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3343  hypothetical protein  51.05 
 
 
353 aa  275  1.0000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.41153  normal  0.199051 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2361  hypothetical protein  49.25 
 
 
334 aa  268  8e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.261278 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2638  hypothetical protein  49.25 
 
 
331 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.721893  normal  0.120516 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3187  hypothetical protein  53.75 
 
 
337 aa  268  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.91365  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2317  hypothetical protein  48.65 
 
 
330 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0554801  normal  0.125751 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4542  hypothetical protein  47.68 
 
 
328 aa  264  1e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0926622  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5364  hypothetical protein  48.28 
 
 
328 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.725258  decreased coverage  0.00123752 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3255  hypothetical protein  50.78 
 
 
367 aa  256  5e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.179225 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3552  hypothetical protein  50 
 
 
368 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.455054  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2099  hypothetical protein  51.57 
 
 
320 aa  246  4e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.157749  hitchhiker  0.00162908 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3671  hypothetical protein  47.58 
 
 
337 aa  246  6e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.673224  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1713  hypothetical protein  52 
 
 
349 aa  245  8e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1204  hypothetical protein  52.7 
 
 
349 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1074  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  42.9 
 
 
442 aa  227  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0210036  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1709  hypothetical protein  42.9 
 
 
377 aa  227  3e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.288619  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1503  putative MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  43.33 
 
 
362 aa  220  3e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.40508 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3368  MotA  43.14 
 
 
359 aa  196  5.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2585  hypothetical protein  38.68 
 
 
330 aa  189  5e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0323  MotA/TolQ/ExbB proton channel family protein  50.88 
 
 
242 aa  185  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2209  hypothetical protein  48.99 
 
 
391 aa  181  2e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2262  MotA/TolQ/ExbB proton channel family  51.77 
 
 
381 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2830  hypothetical protein  44.8 
 
 
328 aa  175  9e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00712159  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2096  hypothetical protein  36.33 
 
 
392 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2941  hypothetical protein  44.44 
 
 
427 aa  170  3e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0937923 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0964  hypothetical protein  36.68 
 
 
391 aa  159  8e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0530307  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2288  hypothetical protein  37.85 
 
 
391 aa  159  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.485616  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1039  hypothetical protein  39.52 
 
 
399 aa  155  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1405  hypothetical protein  43.21 
 
 
569 aa  147  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.388068 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1706  hypothetical protein  25.6 
 
 
563 aa  60.1  0.00000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1193  MotA/TolQ/ExbB proton channel  25.93 
 
 
362 aa  57.8  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0504  hypothetical protein  32.35 
 
 
723 aa  57.4  0.0000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2438  hypothetical protein  30.45 
 
 
445 aa  56.2  0.0000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0230  hypothetical protein  23.2 
 
 
476 aa  54.7  0.000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.132063  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0231  hypothetical protein  24.21 
 
 
476 aa  55.5  0.000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2737  hypothetical protein  32.61 
 
 
495 aa  54.3  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.414891  normal  0.112498 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4289  hypothetical protein  37 
 
 
549 aa  53.5  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.910751  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4653  putative methyl-accepting chemotaxis protein  31.63 
 
 
462 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0572045  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4517  putative integral membrane protein  31.63 
 
 
462 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4508  putative integral membrane protein  31.63 
 
 
462 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.48653  normal  0.86135 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4602  hypothetical protein  31.63 
 
 
462 aa  50.4  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4603  putative integral membrane protein  31.63 
 
 
462 aa  50.8  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.156774  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1849  hypothetical protein  32.46 
 
 
524 aa  50.4  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.677137  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3906  hypothetical protein  33.01 
 
 
1045 aa  47  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.175039  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3028  hypothetical protein  26.98 
 
 
690 aa  45.8  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1868  MotA/TolQ/ExbB proton channel  22.29 
 
 
474 aa  43.5  0.006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5081  hypothetical protein  28.12 
 
 
1031 aa  43.1  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.254827 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>