More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0131 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 		 326 aa  643    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  86.5 
 
 		 326 aa  537  1e-151  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.74 
 
 		 327 aa  431  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.62 
 
 		 338 aa  415  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.04 
 
 		 325 aa  377  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.26218  normal  0.0546823 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.67 
 
 		 323 aa  369  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7557  putative dipeptide ABC transporter (permease protein)  47.98 
 
 		 323 aa  293  3e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.33 
 
 		 340 aa  289  4e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5234  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.2 
 
 		 323 aa  286  2.9999999999999996e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.54 
 
 		 324 aa  285  5e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.366309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.37 
 
 		 322 aa  285  5e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.3137  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.68 
 
 		 340 aa  281  1e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00450006  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 		 340 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3132  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.3 
 
 		 340 aa  276  3e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.214587 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1508  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.49 
 
 		 323 aa  275  9e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.929546  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3220  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.73 
 
 		 323 aa  272  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.259028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.25 
 
 		 325 aa  272  7e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.15877 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1650  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.85 
 
 		 323 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.950445 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0746  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.95 
 
 		 333 aa  270  2.9999999999999997e-71  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.28 
 
 		 336 aa  268  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.144815  normal  0.108193 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4328  putative ABC transporter, permease protein  45.22 
 
 		 325 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2568  ABC transporter permease  45.1 
 
 		 328 aa  266  2.9999999999999995e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.577987  normal  0.256762 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.96 
 
 		 325 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0648374  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2013  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.96 
 
 		 326 aa  265  1e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1040  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  46.1 
 
 		 325 aa  264  2e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.314534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  42.86 
 
 		 321 aa  261  8e-69  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0562  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.41 
 
 		 322 aa  261  8.999999999999999e-69  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618484  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 		 327 aa  259  3e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1620  peptide ABC transporter, permease protein  41.61 
 
 		 321 aa  255  8e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.911317 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5655  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.89 
 
 		 328 aa  253  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 		 321 aa  252  5.000000000000001e-66  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3905  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.43 
 
 		 334 aa  251  1e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3827  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4009  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3841  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3949  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.788898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  43.73 
 
 		 336 aa  250  2e-65  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0185  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  251  2e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.446355  normal  0.432086 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03394  dipeptide transporter  39.76 
 
 		 339 aa  249  3e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0169  Alkaline phosphatase  39.76 
 
 		 339 aa  249  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3862  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  249  3e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0172  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  249  3e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3742  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  249  3e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4035  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  249  3e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3988  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 339 aa  249  3e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03345  hypothetical protein  39.76 
 
 		 339 aa  249  3e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  40.95 
 
 		 336 aa  249  4e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4911  dipeptide transporter permease DppB  39.76 
 
 		 381 aa  249  4e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  38.46 
 
 		 339 aa  249  4e-65  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.84 
 
 		 323 aa  249  6e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.372701  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 		 308 aa  248  9e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  43.73 
 
 		 306 aa  248  1e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4074  dipeptide transporter permease DppB  39.17 
 
 		 339 aa  248  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 		 321 aa  248  1e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0139  dipeptide transporter permease DppB  40.65 
 
 		 351 aa  248  1e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  39.17 
 
 		 339 aa  248  1e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 		 313 aa  248  1e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  43.73 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  43.73 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0050  dipeptide transporter permease DppB  39.47 
 
 		 339 aa  247  2e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.969756  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.37 
 
 		 321 aa  247  2e-64  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0692911 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.75 
 
 		 306 aa  247  2e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  44.03 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  44.03 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 		 336 aa  246  4e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.532586  normal  0.117752 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0045  dipeptide transporter permease DppB  39.47 
 
 		 339 aa  246  4e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7182  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  44.81 
 
 		 329 aa  246  4.9999999999999997e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1978  putative ABC transporter  44.87 
 
 		 321 aa  245  6e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.878457  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  39.47 
 
 		 339 aa  245  8e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.38 
 
 		 334 aa  245  8e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000955673 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 		 335 aa  245  9e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58440  ABC transporter permease  43.22 
 
 		 336 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.514083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.34 
 
 		 314 aa  244  9.999999999999999e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0785  peptide ABC transporter, permease protein  40.12 
 
 		 332 aa  243  1.9999999999999999e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.334762  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 		 336 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2357  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.14 
 
 		 336 aa  242  5e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0452163  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  43.48 
 
 		 336 aa  242  7e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.78 
 
 		 328 aa  242  7.999999999999999e-63  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.892452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5117  ABC transporter permease  43.22 
 
 		 336 aa  241  7.999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  41.25 
 
 		 335 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.25 
 
 		 335 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3967  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.95 
 
 		 333 aa  241  1e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.979958  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0141  peptide/opine/nickel ABC transporter inner membrane protein  44.41 
 
 		 326 aa  241  1e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.805537 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1564  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.55 
 
 		 326 aa  241  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1583  alkaline phosphatase  38.87 
 
 		 335 aa  241  2e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.354079  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4097  dipeptide transporter permease DppB  39.17 
 
 		 339 aa  240  2e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.710265  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1808  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 		 328 aa  241  2e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 		 336 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  42.86 
 
 		 336 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.9 
 
 		 334 aa  240  2.9999999999999997e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.186843  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1869  ABC-type transport system protein  40.06 
 
 		 324 aa  239  4e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2971  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 		 322 aa  239  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0636999  normal  0.258787 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5137  putative peptide ABC transporter protein, permease protein  44.26 
 
 		 339 aa  239  4e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0417349 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  39.7 
 
 		 335 aa  239  4e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4861  putative ABC transporter, permease protein  45.86 
 
 		 328 aa  239  5.999999999999999e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.373975  normal  0.482234 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0736  peptide ABC transporter, permease protein  39.51 
 
 		 327 aa  239  5.999999999999999e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0615  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.99 
 
 		 321 aa  239  5.999999999999999e-62  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.793124  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3964  hypothetical protein  40.65 
 
 		 335 aa  238  6.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.1929 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>