154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3427 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3427  phage transcriptional regulator, AlpA  100 
 
 		 70 aa  145  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3429  DNA-binding protein, putative  68.18 
 
 		 80 aa  98.6  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.000259221  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1156  phage transcriptional regulator, AlpA  44.83 
 
 		 71 aa  70.1  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0316  phage DNA binding protein  50 
 
 		 86 aa  65.5  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.370656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4842  phage transcriptional regulator, AlpA  46.43 
 
 		 86 aa  65.1  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.257562 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1058  phage transcriptional regulator, AlpA  48.08 
 
 		 88 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4006  AlpA family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 88 aa  65.1  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2960  phage DNA binding protein  48.08 
 
 		 88 aa  64.7  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.630956  hitchhiker  0.00000157452 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3106  phage transcriptional regulator, AlpA  50.98 
 
 		 88 aa  64.7  0.0000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.19989 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0048  phage transcriptional regulator, AlpA  48.08 
 
 		 88 aa  64.7  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1424  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 		 61 aa  64.3  0.0000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.435044  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3413  phage transcriptional regulator, AlpA  49.09 
 
 		 71 aa  64.3  0.0000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533865 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4521  phage transcriptional regulator, AlpA  51.92 
 
 		 71 aa  64.3  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.243833 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0443  phage transcriptional regulator, AlpA  51.92 
 
 		 66 aa  63.5  0.0000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.614779 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0336  phage transcriptional regulator, AlpA  49.06 
 
 		 66 aa  63.5  0.0000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0434  putative prophage CP4-57 regulatory protein  51.79 
 
 		 72 aa  62.8  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0988805  normal  0.918772 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6373  phage transcriptional regulator, AlpA  51.92 
 
 		 71 aa  63.2  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0267057  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0962  putative bacteriophage DNA-binding transcription regulator protein  43.4 
 
 		 88 aa  62.4  0.000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.907406 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2153  phage transcriptional regulator, AlpA  48 
 
 		 81 aa  62  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0482  phage transcriptional regulator, AlpA  48.08 
 
 		 56 aa  62  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0716  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 		 86 aa  61.6  0.000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3216  phage transcriptional regulator, AlpA  46.43 
 
 		 68 aa  61.2  0.000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0150  phage transcriptional regulator, AlpA  48.08 
 
 		 71 aa  61.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0993  phage transcriptional regulator, AlpA  47.17 
 
 		 68 aa  61.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000350598  decreased coverage  0.00000494305 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04065  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 		 80 aa  61.2  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2277  prophage CP4-57 regulatory  50 
 
 		 71 aa  61.2  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.19411 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0381  phage transcriptional regulator, AlpA  44.26 
 
 		 66 aa  60.8  0.000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000563179 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1777  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 		 73 aa  60.5  0.000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.235945 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1687  phage transcriptional regulator, AlpA  52 
 
 		 64 aa  60.8  0.000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1260  phage transcriptional regulator, AlpA  44 
 
 		 67 aa  60.8  0.000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1143  phage transcriptional regulator, AlpA  48.08 
 
 		 68 aa  60.8  0.000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.21173  hitchhiker  0.0000168687 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0241  phage transcriptional regulator, AlpA  45.76 
 
 		 73 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3522  phage transcriptional regulator, AlpA  40.98 
 
 		 65 aa  59.7  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17010  Prophage CP4-57 regulatory, AlpA-like protein  50 
 
 		 95 aa  60.1  0.00000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3275  phage transcriptional regulator, AlpA  41.27 
 
 		 86 aa  59.3  0.00000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0273  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 		 71 aa  59.3  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334205  normal  0.0643219 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2652  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 		 71 aa  59.3  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3697  phage transcriptional regulator, AlpA  49.02 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0664555  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3709  phage transcriptional regulator, AlpA  49.02 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3550  phage transcriptional regulator, AlpA  49.02 
 
 		 67 aa  58.5  0.00000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004310  phage transcriptional regulator AlpA  38 
 
 		 66 aa  58.2  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.207831  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0653  phage transcriptional regulator, AlpA  49.06 
 
 		 75 aa  58.2  0.00000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0437376  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1496  phage transcriptional regulator, AlpA  50 
 
 		 64 aa  58.2  0.00000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2907  hypothetical protein  49.12 
 
 		 69 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00184004 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1542  phage transcriptional regulator, AlpA  47.06 
 
 		 76 aa  57.8  0.00000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.417665 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2784  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 66 aa  57.8  0.00000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.834885  normal  0.857348 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2950  hypothetical protein  38 
 
 		 103 aa  57.8  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.058037  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6511  phage transcriptional regulator, AlpA  38.57 
 
 		 77 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1159  phage transcriptional regulator, AlpA  41.38 
 
 		 62 aa  57.4  0.00000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0925485  normal  0.345427 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2193  prophage CP4-57 regulatory  43.4 
 
 		 87 aa  57.4  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3994  phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 		 78 aa  57  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.273173 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0882  phage transcriptional regulator, AlpA  33.85 
 
 		 75 aa  56.2  0.0000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1730  phage transcriptional regulator, AlpA  45.28 
 
 		 72 aa  56.2  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.907409  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2749  phage transcriptional regulator, AlpA  42.37 
 
 		 67 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.496617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1700  phage transcriptional regulator, AlpA  40.38 
 
 		 64 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.843747  normal  0.0591517 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2334  hypothetical protein  43.14 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.31954  hitchhiker  0.0000000198775 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0154  phage transcriptional regulator, AlpA  45.61 
 
 		 80 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.77914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1611  phage transcriptional regulator, AlpA  36.07 
 
 		 74 aa  54.7  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0193561  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2904  phage transcriptional regulator, AlpA  44.44 
 
 		 68 aa  54.7  0.0000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.438187 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1406  putative transcriptional regulator  41.18 
 
 		 76 aa  54.7  0.0000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2092  hypothetical protein  43.14 
 
 		 72 aa  55.1  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0384  phage transcriptional regulator, AlpA  42 
 
 		 65 aa  54.3  0.0000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000580996 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0102  phage transcriptional regulator, AlpA  42.31 
 
 		 71 aa  54.3  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.11769 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1696  phage transcriptional regulator, AlpA  43.4 
 
 		 68 aa  54.3  0.0000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.470891  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1382  transcriptional regulator  34 
 
 		 68 aa  53.9  0.0000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3120  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 86 aa  53.9  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2662  Phage transcriptional regulator, AlpA  44.9 
 
 		 78 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687834  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02082  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 70 aa  53.5  0.0000009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.376453  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4520  phage transcriptional regulator, AlpA  39.29 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2006  prophage regulatory protein AlpA family protein  37.04 
 
 		 72 aa  53.1  0.000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0927823  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0440  Phage transcriptional regulator, AlpA  42.37 
 
 		 80 aa  52.8  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4755  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 60 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0412  Phage transcriptional regulator, AlpA  46.15 
 
 		 75 aa  52  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.338686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1062  phage transcriptional regulator, AlpA  35.29 
 
 		 75 aa  52.4  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.979085  normal  0.790745 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1597  phage transcriptional regulator, AlpA  42.31 
 
 		 72 aa  52.8  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2683  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 77 aa  52.8  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000806139  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40550  prophage CP4-57 regulatory protein  42.31 
 
 		 74 aa  52  0.000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2182  phage transcriptional regulator, AlpA  43.75 
 
 		 83 aa  51.2  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0966831  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2033  phage transcriptional regulator, AlpA  37.5 
 
 		 68 aa  51.2  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.917064  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2812  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 72 aa  51.2  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.652167  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0567  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 75 aa  51.2  0.000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1258  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 61 aa  50.8  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.496683 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1363  AlpA family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 66 aa  50.8  0.000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.129507  hitchhiker  0.00109178 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2332  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 72 aa  50.4  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2390  prophage CP4-57 regulatory protein (AlpA)  38.46 
 
 		 78 aa  50.4  0.000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179728  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0893  AlpA family protein  42.86 
 
 		 66 aa  50.1  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3863  AlpA family protein  42.86 
 
 		 66 aa  50.1  0.000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0520497  hitchhiker  0.0087856 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0948  phage transcriptional regulator, AlpA  42.86 
 
 		 66 aa  50.1  0.000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1051  phage transcriptional regulator, AlpA  40.35 
 
 		 70 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.698345  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2372  prophage CP4-57 regulatory  38 
 
 		 67 aa  49.7  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296006  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1751  Phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 79 aa  49.7  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.416635 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1000  phage transcriptional regulator, AlpA  41.18 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2255  phage transcriptional regulator, AlpA  38.78 
 
 		 88 aa  50.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.379253  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0635  phage transcriptional regulator, AlpA  39.22 
 
 		 72 aa  50.1  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.1566  normal  0.0401138 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0683  phage transcriptional regulator, AlpA  38 
 
 		 69 aa  49.7  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3167  phage transcriptional regulator, AlpA  41.51 
 
 		 72 aa  49.3  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.786341  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1667  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 70 aa  48.9  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.215931  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4349  phage transcriptional regulator, AlpA  36 
 
 		 74 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000832793 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0243  phage transcriptional regulator, AlpA  40 
 
 		 74 aa  48.1  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.95474  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12531  transcriptional regulator  51.35 
 
 		 46 aa  48.1  0.00004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.443841  hitchhiker  0.00223297 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>