More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1459 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  632  1e-180  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  82.82 
 
 		 292 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  46.82 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  45.67 
 
 		 311 aa  244  1.9999999999999999e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  47.86 
 
 		 313 aa  240  2e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 300 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 302 aa  236  3e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  43.1 
 
 		 300 aa  233  3e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  43.62 
 
 		 299 aa  231  1e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 300 aa  229  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 306 aa  227  2e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 		 306 aa  226  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 299 aa  214  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 329 aa  195  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 312 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  33.22 
 
 		 331 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 332 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 324 aa  159  5e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 336 aa  155  8e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 341 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  34.59 
 
 		 320 aa  152  5e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 320 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  34.59 
 
 		 320 aa  151  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  35.13 
 
 		 319 aa  149  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 325 aa  149  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 345 aa  147  2.0000000000000003e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.44 
 
 		 307 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 316 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 335 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 328 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 329 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 316 aa  138  8.999999999999999e-32  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.25 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 319 aa  136  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 312 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.16 
 
 		 312 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  32.24 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 328 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  30.92 
 
 		 318 aa  132  7.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 323 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  32.62 
 
 		 302 aa  132  9e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 306 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 313 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.53 
 
 		 295 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 309 aa  128  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0503  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  31.45 
 
 		 308 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  27.91 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5882  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 325 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  28.3 
 
 		 339 aa  123  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1719  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 332 aa  123  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4023  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 309 aa  122  7e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.34925  normal  0.83755 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 324 aa  122  7e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  35.8 
 
 		 324 aa  122  8e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 309 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.1 
 
 		 313 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.69 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 323 aa  119  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  32.73 
 
 		 299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 314 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 327 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  29.92 
 
 		 301 aa  119  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2940  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0170064  decreased coverage  0.0000113665 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0586  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.364179  decreased coverage  0.000128837 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 310 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 320 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  30.68 
 
 		 316 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.28 
 
 		 305 aa  116  6e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  31.28 
 
 		 305 aa  116  6e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 300 aa  116  6e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  31.28 
 
 		 305 aa  116  6e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.28 
 
 		 307 aa  116  6e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.28 
 
 		 305 aa  116  6e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>