More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4053 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4053  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 277 aa  566  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2938  AraC family transcriptional regulator  55.27 
 
 		 279 aa  310  2e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.487848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7157  transcriptional regulator, AraC family  52.54 
 
 		 277 aa  298  6e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0261  AraC family transcriptional regulator  50.9 
 
 		 281 aa  296  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6275  AraC family transcriptional regulator  51.65 
 
 		 279 aa  287  1e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2797  transcription activator effector binding  45.32 
 
 		 279 aa  257  2e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.338998 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3715  transcriptional regulator, AraC family  42.45 
 
 		 279 aa  236  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.424878 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3417  transcriptional regulator, AraC family  41.73 
 
 		 279 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.27768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1952  AraC family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 271 aa  197  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0598764  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4077  transcription activator effector binding  46.63 
 
 		 178 aa  178  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4332  transcription activator, effector binding  41.45 
 
 		 164 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.500299  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1216  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1271  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1170  transcriptional regulator, AraC family  30.24 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00906983  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4171  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1021  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1014  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 300 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.210728  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1013  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.126228  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1036  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.139629  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1114  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1194  transcriptional regulator, AraC family  29.21 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.926126 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06300  methylphosphotriester-DNA alkyltransferase  26.78 
 
 		 302 aa  113  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5265  transcriptional regulator, AraC family  28.87 
 
 		 281 aa  108  1e-22  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0771  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 288 aa  107  3e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.472166 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3503  transcription activator, effector binding  30.36 
 
 		 294 aa  106  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00111619  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0011  transcriptional regulator, AraC family  26.55 
 
 		 285 aa  105  6e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871788  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3983  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 291 aa  105  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4724  AraC family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 290 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440387  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5086  AraC family transcriptional regulator  24.07 
 
 		 290 aa  102  6e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4582  AraC family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 290 aa  102  8e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.763033  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4566  AraC family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 290 aa  102  9e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.017881  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0990  AraC family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 281 aa  101  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0278  transcriptional regulator, AraC family  24.75 
 
 		 290 aa  101  1e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4947  transcriptional regulator, AraC family  24.07 
 
 		 290 aa  101  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0568  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.117041  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4986  AraC family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 290 aa  99.4  5e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003322  hypothetical protein  26.91 
 
 		 310 aa  99  8e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.757084  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1790  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 282 aa  99  8e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.191731  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4957  transcriptional regulator, AraC family  23.73 
 
 		 290 aa  98.6  9e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0424  transcriptional regulator, AraC family  27.4 
 
 		 281 aa  98.6  9e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0205  transcriptional activator, AraC family  27.84 
 
 		 281 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000524418 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0223  transcriptional activator, AraC family  27.84 
 
 		 281 aa  98.2  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000178737 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3174  AraC family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 280 aa  97.8  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.626893  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4973  transcriptional regulator, AraC family  23.05 
 
 		 290 aa  97.4  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0853  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 284 aa  97.4  2e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4672  AraC family transcriptional regulator  23.73 
 
 		 290 aa  96.3  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1802  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 286 aa  96.3  5e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3846  transcriptional regulator, AraC family  27.18 
 
 		 287 aa  96.3  5e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1784  AraC family transcriptional regulator  26.18 
 
 		 280 aa  95.9  6e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000275244  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3673  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 295 aa  95.9  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0076  transcription activator, effector binding  29.41 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3867  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000535009  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2556  AraC family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 290 aa  92.8  5e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000235949  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3099  AraC family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 326 aa  93.2  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1922  transcriptional regulator, AraC family  25.34 
 
 		 291 aa  91.7  1e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.890213  normal  0.89853 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3425  transcription activator, effector binding  29.35 
 
 		 288 aa  91.7  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3356  transcription activator, effector binding  29.71 
 
 		 288 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1474  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 286 aa  90.9  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3431  transcription activator, effector binding  29.35 
 
 		 288 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1224  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 288 aa  90.1  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0494811  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0557  AraC family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3138  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 281 aa  90.1  4e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3564  transcriptional regulator, AraC family  23.45 
 
 		 285 aa  89.7  4e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04272  DNA-binding transcriptional activator  26.5 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3601  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4946  right origin-binding protein  26.5 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.96055 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04237  hypothetical protein  26.5 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5910  right origin-binding protein  26.5 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4994  right origin-binding protein  26.5 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3660  AraC family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4632  right origin-binding protein  26.5 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4943  right origin-binding protein  26.5 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0529  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 288 aa  89.4  6e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0910  HTH-type transcription regulator, AraC-family  25.6 
 
 		 298 aa  89.4  7e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.576456  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0679  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 289 aa  88.6  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0014238  normal  0.551474 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0028  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 279 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64500  putative transcriptional regulator  32.89 
 
 		 270 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3526  transcription activator, effector binding  29.09 
 
 		 288 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3609  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 288 aa  86.7  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0814  right origin-binding protein  26.67 
 
 		 288 aa  86.7  4e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3481  right origin-binding protein  26.67 
 
 		 288 aa  86.7  4e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1217  transcription activator, effector binding  27.76 
 
 		 288 aa  86.7  4e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3702  transcriptional regulator, AraC type  27.31 
 
 		 308 aa  86.3  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3142  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 301 aa  86.3  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0009  helix-turn-helix domain-containing protein  24.5 
 
 		 306 aa  86.3  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000070115 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4944  right origin-binding protein  24.91 
 
 		 289 aa  85.9  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4996  right origin-binding protein  24.91 
 
 		 289 aa  85.9  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4998  right origin-binding protein  24.91 
 
 		 289 aa  85.9  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4910  right origin-binding protein  24.91 
 
 		 289 aa  85.9  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2759  AraC family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 292 aa  86.3  6e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4837  right origin-binding protein  24.91 
 
 		 289 aa  85.9  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0165  AraC family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 298 aa  84  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0132  transcription regulator protein  29.26 
 
 		 265 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03191  transcription regulator protein  30.53 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3306  AraC family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 292 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2323  transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.614848  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2780  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 285 aa  83.2  0.000000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0531003  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5600  putative transcriptional regulator  30.14 
 
 		 270 aa  83.2  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2107  AraC family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.342925  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>