68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3190 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3190  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 226 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0211783 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3998  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  35.78 
 
 		 241 aa  158  8e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3921  extracellular solute-binding protein family 3  35.32 
 
 		 241 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4114  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  35.78 
 
 		 241 aa  157  2e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4021  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  35.32 
 
 		 241 aa  156  3e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3276  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  35.43 
 
 		 247 aa  149  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3247  extracellular solute-binding protein  34.23 
 
 		 285 aa  145  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3146  extracellular solute-binding protein  34.8 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0876  extracellular solute-binding protein  34.8 
 
 		 285 aa  143  2e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1044  extracellular solute-binding protein  32.89 
 
 		 286 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.523341 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1011  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 		 285 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2979  extracellular solute-binding protein  34.23 
 
 		 285 aa  139  3e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1032  extracellular solute-binding protein family 3  31.58 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.267396 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3307  extracellular solute-binding protein  33.63 
 
 		 286 aa  136  3.0000000000000003e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3328  extracellular solute-binding protein  32.02 
 
 		 286 aa  135  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2915  extracellular solute-binding protein  35.56 
 
 		 270 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.418761 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1807  extracellular solute-binding protein  32.89 
 
 		 260 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3196  hypothetical protein  35.65 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.144092 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3620  amino acid ABC transporter periplasmic protein  31.94 
 
 		 278 aa  113  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03935  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  32.41 
 
 		 229 aa  109  3e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0850  hypothetical protein  31.03 
 
 		 275 aa  105  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000173614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0627  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  28.84 
 
 		 280 aa  104  1e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.225445  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0704  putative amino acid-binding protein  29.07 
 
 		 257 aa  103  2e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.440677  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2793  putative amino acid-binding protein  30.17 
 
 		 231 aa  102  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.287982  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  30.17 
 
 		 2213 aa  95.5  5e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0551  hypothetical protein  29.19 
 
 		 257 aa  91.3  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.831394  decreased coverage  0.00317207 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1048  ABC-type amino acid transport/signal transduction systems  27.83 
 
 		 260 aa  88.6  8e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1591  amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.35 
 
 		 230 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.115336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3267  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  27.91 
 
 		 260 aa  76.6  0.0000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3920  putative amino acid-binding protein  28.83 
 
 		 246 aa  75.1  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3588  hypothetical protein  23.08 
 
 		 247 aa  73.9  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.623219  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2369  ABC-type amino acid transport/signal transduction system  25.33 
 
 		 233 aa  60.8  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1080  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 		 241 aa  55.5  0.0000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.950195  normal  0.541205 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0486  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 		 262 aa  55.1  0.0000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0410  putative cation efflux protein  23.25 
 
 		 251 aa  54.7  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0293861  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0260  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  25.69 
 
 		 243 aa  54.3  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.906193  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1164  extracellular solute-binding protein  23.73 
 
 		 252 aa  53.1  0.000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.065416  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2367  extracellular solute-binding protein family 3  27.39 
 
 		 246 aa  50.8  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0556  amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  27.95 
 
 		 253 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05910  putative periplasmic transport system  26.64 
 
 		 243 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.760752 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3673  putative cation efflux protein  26.7 
 
 		 263 aa  49.7  0.00004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0067  extracellular solute-binding protein  22.78 
 
 		 252 aa  49.3  0.00005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.571905  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3512  extracellular solute-binding protein family 3  20.26 
 
 		 256 aa  47.4  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.249774  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1148  extracellular solute-binding protein  24.42 
 
 		 283 aa  47  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3355  extracellular solute-binding protein family 3  20.69 
 
 		 261 aa  47.4  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3053  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 244 aa  47  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000807518  normal  0.0316275 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0919  extracellular solute-binding protein  24.89 
 
 		 244 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.994657 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0754  extracellular solute-binding protein  21.89 
 
 		 252 aa  47  0.0002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  decreased coverage  0.00633321  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2600  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 		 252 aa  47  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0325  extracellular solute-binding protein  27.59 
 
 		 256 aa  46.6  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0882  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 		 244 aa  46.2  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00121366  normal  0.225798 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0592  amino acid ABC transporter, permease/substrate-binding lipoprotein  22.98 
 
 		 252 aa  45.4  0.0006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000143889  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1044  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.46 
 
 		 244 aa  45.4  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2950  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.45 
 
 		 710 aa  45.1  0.0008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13330  amino acid-binding protein  21.63 
 
 		 291 aa  44.7  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1143  extracellular solute-binding protein  26.26 
 
 		 291 aa  44.7  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00243654  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1802  histidine kinase  25.11 
 
 		 540 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.963501  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0387  extracellular solute-binding protein family 3  24.05 
 
 		 259 aa  43.5  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0965219 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0131  glutamine transport system substrate-binding protein  20.54 
 
 		 285 aa  43.1  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.210199  normal  0.0525108 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1275  extracellular solute-binding protein  20.65 
 
 		 285 aa  43.1  0.003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000731969  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1231  extracellular solute-binding protein  20.65 
 
 		 285 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000126239  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0802  hypothetical protein  23.21 
 
 		 285 aa  43.1  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3038  extracellular solute-binding protein  24.9 
 
 		 250 aa  42.7  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0684  extracellular solute-binding protein family 3  23.36 
 
 		 228 aa  42.7  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1476  extracellular solute-binding protein family 3  25.54 
 
 		 286 aa  41.6  0.009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1233  CjaC  21.46 
 
 		 241 aa  41.6  0.009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3082  extracellular solute-binding protein family 3  20.24 
 
 		 285 aa  41.6  0.01  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00109919  hitchhiker  0.00184496 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5028  extracellular solute-binding protein  26.52 
 
 		 262 aa  41.6  0.01  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>