More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3060 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3060  aminotransferase, class V  100 
 
 		 407 aa  803    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.349128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1092  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  74.38 
 
 		 430 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1527  cysteine sulfinate desulfinase  73.82 
 
 		 401 aa  599  1e-170  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.937729  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1529  cysteine sulfinate desulfinase  75.06 
 
 		 401 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.126316  normal  0.13044 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1138  aminotransferase class V  75.06 
 
 		 401 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.787846 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4195  aminotransferase, class V  74.81 
 
 		 401 aa  592  1e-168  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.836408  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1335  aminotransferase, class V  72.39 
 
 		 413 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.11336 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4090  aminotransferase class V  74.81 
 
 		 401 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1472  putative pyridoxal-phosphate dependent enzyme  73.57 
 
 		 401 aa  580  1e-164  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16930  putative pyridoxal-phosphate dependent enzyme  72.82 
 
 		 401 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00364141  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39100  cysteine desulfurase, sufS  74.88 
 
 		 449 aa  567  1e-160  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0233253  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1896  aminotransferase, class V  45.2 
 
 		 404 aa  351  1e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0975  aminotransferase class 5 protein; selenocysteine lyase  43.56 
 
 		 419 aa  349  4e-95  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.18075  normal  0.925491 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1319  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.75 
 
 		 413 aa  343  2.9999999999999997e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0340803  normal  0.349427 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2777  aminotransferase, class V  46.67 
 
 		 409 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3154  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.83 
 
 		 417 aa  341  1e-92  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4272  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.75 
 
 		 451 aa  341  2e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002694  cysteine desulfurase  42.18 
 
 		 403 aa  340  2.9999999999999998e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2036  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  42.68 
 
 		 408 aa  339  5e-92  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0117  cysteine desulfurase SufS  44.28 
 
 		 406 aa  338  7e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4690  aminotransferase, class V; cysteine desulfhydrase  44.28 
 
 		 406 aa  338  7e-92  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5086  cysteine desulfurase SufS  44.28 
 
 		 406 aa  338  7e-92  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5123  cysteine desulfurase SufS  44.28 
 
 		 406 aa  338  7e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0415456  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3577  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.28 
 
 		 406 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5118  aminotransferase, class V  44.28 
 
 		 406 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4849  aminotransferase, class V  44.28 
 
 		 406 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4705  aminotransferase, class V, cysteine desulfhydrase  44.28 
 
 		 406 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01360  Selenocysteine lyase/Cysteine desulfurase  43.95 
 
 		 405 aa  338  9.999999999999999e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0772728  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0582  SufS subfamily cysteine desulfurase  42.93 
 
 		 404 aa  337  1.9999999999999998e-91  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0897789  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0859  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.19 
 
 		 403 aa  337  2.9999999999999997e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5121  cysteine desulfurase SufS  44.03 
 
 		 406 aa  336  5e-91  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.835968  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4803  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.03 
 
 		 406 aa  335  7.999999999999999e-91  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5215  aminotransferase, class V  44.03 
 
 		 406 aa  334  2e-90  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4450  aminotransferase class V  46.05 
 
 		 405 aa  333  3e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.728371  hitchhiker  0.000499767 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0735  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.75 
 
 		 403 aa  332  5e-90  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0892  cysteine desulfurase, SufS subfamily  45.98 
 
 		 429 aa  332  6e-90  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5780  cysteine desulfurase, SufS subfamily  40.2 
 
 		 408 aa  332  9e-90  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.649929  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  45.73 
 
 		 429 aa  331  1e-89  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.825531  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1762  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.99 
 
 		 572 aa  329  4e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0536  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.84 
 
 		 416 aa  330  4e-89  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1778  SufS subfamily cysteine desulfurase  41.81 
 
 		 413 aa  329  5.0000000000000004e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.169204  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0925  cysteine sulfinate desulfinase  45.66 
 
 		 401 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.002092  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1236  SufS subfamily cysteine desulfurase  45 
 
 		 413 aa  328  9e-89  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321654  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0995  hypothetical protein  45.38 
 
 		 412 aa  328  1.0000000000000001e-88  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.20271 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0846  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.48 
 
 		 429 aa  328  1.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.411085  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3507  cysteine desulfurase, SufS subfamily  43.94 
 
 		 445 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0906  SufS subfamily cysteine desulfurase  45.34 
 
 		 425 aa  328  1.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.601083 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0743  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.19 
 
 		 445 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3281  cysteine desulfurase, SufS subfamily  43.07 
 
 		 429 aa  327  3e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.30955  normal  0.0478783 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1347  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.61 
 
 		 405 aa  326  5e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  hitchhiker  0.000000000139909 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2996  cysteine sulfinate desulfinase  45.32 
 
 		 401 aa  326  5e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0644  cysteine desulfurases, SufS subfamily protein  40.49 
 
 		 420 aa  325  6e-88  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3789  aminotransferase, class V  43.81 
 
 		 456 aa  325  9e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16690  Cysteine desulfurase, SufS-like protein  44.53 
 
 		 604 aa  325  9e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21000  Cysteine desulfurase, SufS-like protein  44.53 
 
 		 604 aa  325  1e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.382512  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3698  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.69 
 
 		 445 aa  325  1e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.348771 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3131  cysteine desulfurase  44.36 
 
 		 415 aa  325  1e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2183  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.28 
 
 		 406 aa  325  1e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000179204  hitchhiker  0.0000283455 
 
 
-
 
NC_004310  BR0934  aminotransferase, class V  41.29 
 
 		 414 aa  324  2e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.603819  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3575  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.69 
 
 		 445 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0928  aminotransferase, class V  41.29 
 
 		 414 aa  324  2e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.870705  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0854  aminotransferase, class V  42.25 
 
 		 403 aa  324  2e-87  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0698  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.86 
 
 		 414 aa  324  2e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.13787  normal  0.199911 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0836  cysteine desulfurase  44.36 
 
 		 415 aa  323  2e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0754  SufS subfamily cysteine desulfurase  42.75 
 
 		 608 aa  323  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.633954 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0166  cysteine desulfurase, SufS subfamily  40.69 
 
 		 412 aa  323  4e-87  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000000385676  unclonable  0.00000000000000152095 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2440  aminotransferase  42.82 
 
 		 416 aa  323  5e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3072  cysteine desulfurase, SufS subfamily  43.64 
 
 		 406 aa  323  5e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1552  cysteine desulphurases, SufS  42.39 
 
 		 682 aa  323  5e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3227  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.56 
 
 		 662 aa  323  5e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.545837  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0690  cysteine desulfurase  40.5 
 
 		 405 aa  322  6e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144442  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3259  SufS subfamily cysteine desulfurase  41.18 
 
 		 414 aa  322  8e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.797453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0840  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.69 
 
 		 437 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.550163  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1745  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  44.67 
 
 		 406 aa  321  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000031207  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0418  cysteine desulfurase, SufS subfamily  40.62 
 
 		 419 aa  321  9.999999999999999e-87  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  41.96 
 
 		 413 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00682669 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2593  SufS subfamily cysteine desulfurase  44.28 
 
 		 408 aa  321  9.999999999999999e-87  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.266337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0808  cysteine desulfurase  43.96 
 
 		 415 aa  322  9.999999999999999e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0429  cysteine desulfurase, SufS subfamily  40.38 
 
 		 419 aa  320  1.9999999999999998e-86  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4001  SufS subfamily cysteine desulfurase  42.64 
 
 		 666 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.077192 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1608  cysteine desulfurase, SufS subfamily  43.64 
 
 		 657 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1851  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  44.67 
 
 		 406 aa  321  1.9999999999999998e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00184689  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1112  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  41.44 
 
 		 417 aa  321  1.9999999999999998e-86  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.966588  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2103  cysteine desulfurase, SufS subfamily  41.71 
 
 		 413 aa  320  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.105912 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3517  SufS subfamily cysteine desulfurase  42.89 
 
 		 650 aa  320  3e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1896  cysteine desulfurase, SufS subfamily  46.1 
 
 		 427 aa  320  3.9999999999999996e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3379  cysteine sulfinate desulfinase  44.67 
 
 		 401 aa  319  5e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0767  SufS subfamily cysteine desulfurase  43.14 
 
 		 403 aa  319  5e-86  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1178  SufS subfamily cysteine desulfurase  38.9 
 
 		 404 aa  319  5e-86  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.99383  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1894  cysteine desulfurase, SufS subfamily  40.86 
 
 		 630 aa  319  5e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2590  bifunctional cysteine desulfurase/selenocysteine lyase  44.42 
 
 		 406 aa  319  6e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2622  cysteine desulphurases, SufS  42.64 
 
 		 666 aa  319  6e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.795615 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3637  SufS subfamily cysteine desulfurase  41.37 
 
 		 678 aa  319  6e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.51832  normal  0.140258 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1505  cysteine desulfurases, SufS subfamily protein  40.15 
 
 		 425 aa  319  6e-86  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0740826  normal  0.129164 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1512  cysteine desulfurase SufS  41.56 
 
 		 405 aa  318  7.999999999999999e-86  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1445  cysteine desulfurase  41.31 
 
 		 405 aa  318  7.999999999999999e-86  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0124  cysteine desulphurases, SufS  41.88 
 
 		 688 aa  318  1e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0220  aminotransferase (class V), putative  42.6 
 
 		 410 aa  318  1e-85  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5106  SufS subfamily cysteine desulfurase  42.78 
 
 		 413 aa  318  1e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0201229 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2025  cysteine desulfurase, SufS subfamily  41.83 
 
 		 418 aa  317  2e-85  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>