More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2722 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2722  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  618  1e-176  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5279  LysR family transcriptional regulator  80.33 
 
 		 305 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4987  LysR family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 295 aa  311  9e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4415  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 299 aa  309  4e-83  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0267331 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4934  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 299 aa  309  4e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.449295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6661  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 299 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6259  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 299 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.541957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6426  LysR family transcriptional regulator  54.14 
 
 		 299 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5874  LysR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 304 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4774  LysR family transcriptional regulator  53.42 
 
 		 296 aa  300  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1453  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 303 aa  224  2e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2700  LysR family transcriptional regulator  57.63 
 
 		 195 aa  212  7e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3307  transcriptional regulator, LysR family  40.27 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4269  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 297 aa  209  4e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0403  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 305 aa  201  9e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.177749 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0733  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 323 aa  192  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3266  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 293 aa  187  2e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.817799 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6070  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.755346  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5412  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0258  transcriptional regulator, LysR family  39.24 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.535692 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1542  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 296 aa  176  5e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.222997  normal  0.870899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0715  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 321 aa  175  7e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2615  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.138805  normal  0.54461 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.14 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6137  transcriptional regulator, LysR family  39.58 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.955342  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2089  LysR substrate-binding  38.23 
 
 		 314 aa  170  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.127405 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2364  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 314 aa  170  4e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0308026 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3352  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0562  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 300 aa  169  5e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0570195  normal  0.184351 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.79 
 
 		 303 aa  169  5e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.14 
 
 		 303 aa  169  7e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6901  transcriptional regulator, LysR family  34.38 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.49 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.14 
 
 		 303 aa  166  5e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.14 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.14 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.14 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.14 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.14 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  36.14 
 
 		 303 aa  165  9e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4869  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 310 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0265768  normal  0.313334 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 305 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 		 303 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.79 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.44 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 301 aa  162  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.44 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.09 
 
 		 303 aa  162  7e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 295 aa  162  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.84 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 318 aa  160  2e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.84 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0844  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 295 aa  161  2e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.546579  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 305 aa  159  4e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1431  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 306 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.53118  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6398  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 306 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.737732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.49 
 
 		 294 aa  158  8e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  34.71 
 
 		 302 aa  158  9e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0212  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  decreased coverage  0.0028482  normal  0.250883 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04893  transcriptional regulator  34.03 
 
 		 289 aa  157  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3606  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.613812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5311  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 296 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.256019  normal  0.0494064 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1699  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 311 aa  156  4e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00239277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 294 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.39 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2879  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 305 aa  155  8e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.105069 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  33.91 
 
 		 302 aa  155  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0495  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.98 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000126497  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0491  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  154  2e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.978551 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3787  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5169  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.569755  normal  0.0670669 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.74 
 
 		 293 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5259  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2586  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0519  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0691  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.38 
 
 		 302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.652779  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 317 aa  152  8e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4083  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 315 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  34.15 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3000  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0381  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 327 aa  150  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.54152  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 310 aa  150  3e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4116  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 300 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.11 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 301 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2723  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 310 aa  149  6e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5641  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.3 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>