More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2468 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2468  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
254 aa  503  1e-141  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3743  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  87.8 
 
 
254 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1651  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  86.61 
 
 
254 aa  437  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.44826  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3127  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.2 
 
 
253 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.984455  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  75.59 
 
 
253 aa  383  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.534255 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3906  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  67.61 
 
 
253 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.476334 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2683  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.89 
 
 
250 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.138806  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.48 
 
 
250 aa  282  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2698  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.48 
 
 
250 aa  282  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.604698  normal  0.0177772 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2457  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
265 aa  171  6.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.56 
 
 
247 aa  169  6e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2412  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
248 aa  166  4e-40  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.253805  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1771  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
252 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2194  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.21 
 
 
255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000131904  normal  0.0140674 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.76 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.36 
 
 
246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0214  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
256 aa  160  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2517  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.13 
 
 
257 aa  160  2e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.401645  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.82 
 
 
253 aa  157  1e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000282185  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0594  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
251 aa  157  2e-37  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000426585  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0608  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
251 aa  157  2e-37  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.236394  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1803  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.91 
 
 
262 aa  156  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1972  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.06 
 
 
247 aa  157  2e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2751  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.27 
 
 
252 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.995251  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2848  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.76 
 
 
246 aa  157  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
257 aa  155  4e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2788  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.39 
 
 
254 aa  155  5.0000000000000005e-37  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.743418 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
256 aa  155  8e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1526  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
254 aa  154  9e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.48 
 
 
257 aa  154  1e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1782  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.5 
 
 
244 aa  154  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.788783  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
251 aa  154  2e-36  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
255 aa  153  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0012  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.89 
 
 
248 aa  154  2e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2921  dehydrogenase  38.8 
 
 
261 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.932836 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4814  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.97 
 
 
257 aa  152  4e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.19857  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2700  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.26 
 
 
268 aa  152  5.9999999999999996e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.657901 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0958  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.15 
 
 
247 aa  152  7e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.29 
 
 
283 aa  151  8.999999999999999e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2119  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
257 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
254 aa  150  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.393683 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1662  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.59 
 
 
245 aa  151  1e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7696  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
251 aa  150  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.984897  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0268  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.93 
 
 
250 aa  151  1e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1178  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
262 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1837  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
258 aa  150  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00311801  normal  0.334735 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3207  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.3 
 
 
246 aa  150  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.819769  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2452  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
256 aa  150  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.358595  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.73 
 
 
291 aa  149  3e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.60014  normal  0.0881916 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1385  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.96 
 
 
248 aa  149  4e-35  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3764  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.71 
 
 
251 aa  149  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000212417  normal  0.0482294 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4257  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
262 aa  149  5e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0797349  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
270 aa  149  5e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.2513  normal  0.363007 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0131  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.14 
 
 
245 aa  149  6e-35  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.120855  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.82 
 
 
265 aa  148  7e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1863  glucose 1-dehydrogenase  37.16 
 
 
269 aa  148  7e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3434  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.99 
 
 
263 aa  148  7e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.101369  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.43 
 
 
274 aa  148  8e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.686827  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0167  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.45 
 
 
245 aa  148  8e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.619009  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1081  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.99 
 
 
246 aa  148  9e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46401  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0834  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.87 
 
 
299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.391136 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1709  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1760  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.27 
 
 
250 aa  148  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.141854 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1754  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
267 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1686  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
257 aa  147  1.0000000000000001e-34  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3801  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.2 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0429275  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
250 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.15 
 
 
254 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.43127  normal  0.598293 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
249 aa  146  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1241  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
260 aa  146  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0407787  normal  0.415093 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
251 aa  146  4.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  decreased coverage  0.00162277  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0684  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.4 
 
 
245 aa  146  4.0000000000000006e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.015461  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0818  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.25 
 
 
252 aa  146  4.0000000000000006e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.100065 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.15 
 
 
250 aa  146  4.0000000000000006e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.182399  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3132  glucose-1-dehydrogenase  37.2 
 
 
261 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1283  2-deoxy-D-gluconate 3-dehydrogenase  36.48 
 
 
258 aa  145  5e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000166105  normal  0.890214 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2492  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  35.1 
 
 
245 aa  145  5e-34  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2790  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.6 
 
 
269 aa  145  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4858  glucose-1-dehydrogenase  36.11 
 
 
261 aa  145  6e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
263 aa  145  6e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4881  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.25 
 
 
263 aa  145  6e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3742  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.75 
 
 
260 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.071685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6893  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.82 
 
 
266 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.00227102  normal  0.0503904 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6105  short-chain dehydrogenase/reductase  36.76 
 
 
265 aa  145  7.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.542291  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1849  short chain dehydrogenase  40 
 
 
255 aa  145  7.0000000000000006e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.838313 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4826  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
244 aa  145  7.0000000000000006e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  normal  0.806753 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05081  3-oxoacyl-[acyl-carrier protein] reductase  35.48 
 
 
250 aa  145  7.0000000000000006e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.162194 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1156  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.92 
 
 
248 aa  145  8.000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000536759  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0533  short chain dehydrogenase  39.04 
 
 
257 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0435  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  39.59 
 
 
250 aa  145  8.000000000000001e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.137022  normal  0.193907 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1874  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  38.37 
 
 
245 aa  145  8.000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00756891  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.11 
 
 
251 aa  144  9e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2067  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.89 
 
 
246 aa  144  9e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
252 aa  145  9e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1193  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  40.82 
 
 
252 aa  144  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2759  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.66 
 
 
261 aa  144  1e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1514  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
252 aa  144  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.411347  normal  0.744647 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1300  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.17 
 
 
262 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>