More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2438 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2438  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  0.132387 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5132  LysR family transcriptional regulator  56.04 
 
 		 302 aa  352  4e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.052958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2040  LysR family transcriptional regulator  55.93 
 
 		 301 aa  352  5e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.141509  normal  0.369183 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0871  LysR family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 313 aa  347  2e-94  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.00440392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3431  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 309 aa  333  3e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1295  LysR family transcriptional regulator  51.51 
 
 		 340 aa  330  1e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0939  transcriptional regulator, LysR family  53.72 
 
 		 304 aa  327  1.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5139  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 304 aa  323  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357677  normal  0.250764 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1360  LysR family transcriptional regulator  53.87 
 
 		 303 aa  320  9.999999999999999e-87  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00813315 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1024  LysR family transcriptional regulator  52.7 
 
 		 304 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.443892 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2560  transcriptional regulator, LysR family  50.51 
 
 		 304 aa  318  5e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.118056  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0322  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 305 aa  314  9e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.472309  normal  0.844631 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2138  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 302 aa  308  8e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1380  LysR family transcriptional regulator  53.06 
 
 		 297 aa  307  1.0000000000000001e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09910  putative transcriptional regulator  50.34 
 
 		 307 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0280275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0065  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 302 aa  305  7e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.26548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2880  LysR family transcriptional regulator  47.47 
 
 		 303 aa  303  2.0000000000000002e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.957922  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3098  transcriptional regulator, LysR family  48.81 
 
 		 303 aa  302  5.000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.870472  normal  0.210962 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0760  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 306 aa  302  5.000000000000001e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0674  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 		 315 aa  301  7.000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2017  LysR family transcriptional regulator  48.99 
 
 		 308 aa  300  1e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.304165  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3355  transcriptional regulator, LysR family  48.81 
 
 		 303 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.35672  normal  0.0333388 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6256  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 304 aa  298  8e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5951  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 305 aa  295  7e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2368  LysR family transcriptional regulator  46.31 
 
 		 313 aa  292  4e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.048116 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5274  LysR family transcriptional regulator  46.98 
 
 		 321 aa  290  2e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.165995 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5596  transcriptional regulator, LysR family  46.46 
 
 		 308 aa  287  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5481  transcriptional regulator LysR family  43.69 
 
 		 303 aa  286  2.9999999999999996e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0288918  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 314 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  46.1 
 
 		 314 aa  281  1e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1356  transcriptional regulator, LysR family  45.3 
 
 		 314 aa  277  2e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  46.98 
 
 		 305 aa  275  6e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.265455  normal  0.503358 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  43.54 
 
 		 334 aa  275  6e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0850  transcriptional regulator, LysR family  45.58 
 
 		 310 aa  275  7e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.840067  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  44.41 
 
 		 315 aa  272  5.000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4532  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 		 334 aa  271  1e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3953  transcriptional regulator, LysR family  47.62 
 
 		 297 aa  270  2e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3583  transcriptional regulator, LysR family  46.46 
 
 		 300 aa  270  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.23323  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6355  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.111156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1473  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0127163  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5821  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.166944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4632  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 334 aa  269  5e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0243433  normal  0.186568 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5698  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 303 aa  268  7e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00167817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4606  LysR family transcriptional regulator  46.26 
 
 		 303 aa  268  7e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.127451  hitchhiker  0.00707127 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7021  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 305 aa  268  8e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0416892  normal  0.0705694 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1235  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 303 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0320843  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 334 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 334 aa  268  1e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 334 aa  267  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5604  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 305 aa  267  1e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1665  transcriptional regulator, LysR family  43.48 
 
 		 305 aa  267  2e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0884032  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2751  transcriptional regulator, LysR family  47.26 
 
 		 305 aa  266  2e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.13929  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 		 298 aa  267  2e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 334 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1790  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 338 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3762  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 303 aa  265  5e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133928  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31780  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 303 aa  265  8e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 		 334 aa  263  3e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 334 aa  263  3e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26880  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 297 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.427626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2889  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 342 aa  263  4e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.782631 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4036  LysR family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 303 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.560639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 323 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 334 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 334 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 334 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 334 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0641  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 322 aa  261  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 334 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 334 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 323 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 324 aa  260  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4494  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 		 303 aa  259  3e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 334 aa  259  4e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 334 aa  259  4e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2277  putative transcriptional regulator  43.1 
 
 		 297 aa  258  9e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.777908  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42060  LysR family regulatory protein  45.12 
 
 		 295 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 324 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 324 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  41.16 
 
 		 324 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4040  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 303 aa  256  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.466403 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4955  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 305 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.846935  normal  0.648001 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5335  transcriptional regulator, LysR family  44.97 
 
 		 301 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2532  transcriptional regulator, LysR family  42.76 
 
 		 314 aa  252  5.000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1430  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 299 aa  252  6e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 324 aa  251  7e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3100  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 302 aa  251  9.000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.394543  normal  0.218062 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3831  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 335 aa  251  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.267692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2660  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 		 300 aa  251  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.11047 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  40.48 
 
 		 435 aa  251  1e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3913  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 304 aa  251  1e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3321  transcriptional regulator, LysR family  41.08 
 
 		 306 aa  251  1e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 428 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 415 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1564  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 299 aa  250  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4768  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 298 aa  249  3e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 324 aa  249  3e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0632  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 299 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.335341  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2464  LysR family transcriptional regulator  41.22 
 
 		 300 aa  249  4e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.624531 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1461  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 299 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.580178  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>