More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5023 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_5023  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
316 aa  640    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  48.38 
 
 
310 aa  260  2e-68  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.75 
 
 
313 aa  232  7.000000000000001e-60  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.38 
 
 
306 aa  224  1e-57  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0759  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.09 
 
 
311 aa  224  2e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0121716  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2395  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.69 
 
 
313 aa  221  9e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3108  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.88 
 
 
328 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  45.07 
 
 
325 aa  218  1e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1144  dTDP-glucose 4,6-dehydratase  42.95 
 
 
298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43 
 
 
310 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.67 
 
 
309 aa  210  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.02 
 
 
310 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.02 
 
 
310 aa  209  3e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.02 
 
 
310 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.41 
 
 
307 aa  209  4e-53  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3084  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.16 
 
 
314 aa  209  6e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3000  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.86 
 
 
388 aa  203  3e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.73 
 
 
331 aa  203  3e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  42.35 
 
 
309 aa  203  4e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.86 
 
 
306 aa  202  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.74 
 
 
312 aa  202  5e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.9 
 
 
314 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  43.57 
 
 
309 aa  202  8e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0907  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.21 
 
 
321 aa  201  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0934  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.21 
 
 
321 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.53 
 
 
316 aa  200  3e-50  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.68178  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.1 
 
 
310 aa  199  5e-50  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.211774  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1033  putative epimerase  46.65 
 
 
309 aa  197  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0700  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.95 
 
 
309 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.182018  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  42.02 
 
 
322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2132  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.26 
 
 
304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.491781  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11260  putative epimerase  45.93 
 
 
309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0168  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.94 
 
 
308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000799266 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  44.84 
 
 
312 aa  196  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2855  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.29 
 
 
313 aa  197  3e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0833  UDP-galactose-4-epimerase  35.85 
 
 
319 aa  192  7e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.030089  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0029  NAD-dependent epimerase/dehydratase  40.07 
 
 
308 aa  189  5e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.497032 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.42 
 
 
315 aa  189  5.999999999999999e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3068  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.12 
 
 
343 aa  186  7e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0021  UDP-glucose 4-epimerase  37.34 
 
 
308 aa  180  2e-44  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0249065  hitchhiker  0.00904837 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.78 
 
 
309 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4420  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.66 
 
 
343 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0119  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.1 
 
 
323 aa  178  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0114  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.1 
 
 
323 aa  178  1e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0109  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.49 
 
 
340 aa  177  2e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1202  NAD-dependent epimerase/dehydratase  41.07 
 
 
368 aa  176  4e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0828492  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.48 
 
 
309 aa  175  7e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.27 
 
 
311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.35 
 
 
333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.49 
 
 
310 aa  172  5e-42  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2037  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.58 
 
 
299 aa  172  7.999999999999999e-42  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.87 
 
 
313 aa  170  2e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2324  VI polysaccharide biosynthesis protein vipB/tviC  35.65 
 
 
343 aa  170  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2662  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.22 
 
 
341 aa  170  3e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0099  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.83 
 
 
342 aa  168  1e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.251032 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.83 
 
 
306 aa  167  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  36.42 
 
 
318 aa  166  5e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2440  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.46 
 
 
362 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0359  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.09 
 
 
327 aa  165  9e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3189  polysaccharide biosynthesis protein  34.91 
 
 
340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4615  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.96 
 
 
343 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0337048 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1040  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.62 
 
 
308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.56373  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2538  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.24 
 
 
373 aa  164  3e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000014544 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.27 
 
 
303 aa  163  3e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.06 
 
 
302 aa  163  3e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.1 
 
 
309 aa  162  5.0000000000000005e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.95 
 
 
309 aa  162  7e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1464  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.15 
 
 
339 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.863846  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5776  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.54 
 
 
324 aa  162  8.000000000000001e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.1 
 
 
309 aa  162  9e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01011  nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  32.15 
 
 
324 aa  161  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.533116 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0248  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.49 
 
 
340 aa  161  2e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.250219 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3706  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.34 
 
 
317 aa  160  2e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.336095  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2280  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.99 
 
 
342 aa  159  6e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5210  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.87 
 
 
341 aa  159  7e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.88 
 
 
305 aa  159  9e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.75 
 
 
328 aa  158  1e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1683  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.66 
 
 
373 aa  158  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0436408  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2190  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.99 
 
 
312 aa  158  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29920  NAD-dependent epimerase protein  37.27 
 
 
367 aa  157  2e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0374178  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4705  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.89 
 
 
343 aa  157  2e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.674809  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0358  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  36.51 
 
 
341 aa  157  2e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.33 
 
 
314 aa  157  2e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6416  NAD-dependent epimerase/dehydratase  34.67 
 
 
323 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.955033  normal  0.769273 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5374  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase:dTDP-4-dehydrorhamnose reductase:nucleotide sugar epimerase  36.14 
 
 
377 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001772  UDP-glucose 4-epimerase  34.81 
 
 
340 aa  156  5.0000000000000005e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0340  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.59 
 
 
299 aa  155  6e-37  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3897  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.76 
 
 
330 aa  155  8e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4059  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.23 
 
 
331 aa  155  9e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0963  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.59 
 
 
330 aa  154  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.409004  normal  0.187686 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1063  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
329 aa  155  1e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1733  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.74 
 
 
324 aa  154  2e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1270  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.87 
 
 
323 aa  154  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.473487  normal  0.360955 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0739  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.65 
 
 
326 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.109872  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6220  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35 
 
 
324 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690036  normal  0.179961 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
310 aa  153  4e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6506  UDP-glucose 4-epimerase  38.19 
 
 
326 aa  152  5e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1343  NAD-dependent epimerase/dehydratase  36.56 
 
 
322 aa  153  5e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.94 
 
 
310 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.94 
 
 
310 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>