More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4096 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4096  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 184 aa  374  1e-103  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2621  two component transcriptional regulator  81.01 
 
 		 237 aa  304  5.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.75303  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1279  two component transcriptional regulator  81.01 
 
 		 237 aa  304  5.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.461363  normal  0.257738 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1508  cell cycle transcriptional regulator ctrA  82.12 
 
 		 237 aa  304  6e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.469708  normal  0.710734 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1903  two component transcriptional regulator  80.45 
 
 		 237 aa  303  8.000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1399  two component transcriptional regulator  80.45 
 
 		 239 aa  302  2.0000000000000002e-81  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.365128 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2505  two component transcriptional regulator  75.98 
 
 		 238 aa  286  2e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.791438  normal  0.178168 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2605  two component transcriptional regulator  74.3 
 
 		 233 aa  283  1.0000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3336  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.3 
 
 		 233 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.523001 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3079  two component transcriptional regulator, winged helix family  74.3 
 
 		 233 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.457382 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3527  two component response regulator  73.74 
 
 		 233 aa  281  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2213  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  73.18 
 
 		 249 aa  279  1e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.88155  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1599  cell cycle transcriptional regulator CtrA  73.18 
 
 		 232 aa  277  7e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0123641  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0303  two component transcriptional regulator  70.39 
 
 		 233 aa  277  7e-74  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1542  cell cycle transcriptional regulator CtrA  73.18 
 
 		 232 aa  277  7e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.774151  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1569  two component transcriptional regulator  73.18 
 
 		 232 aa  277  7e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6533  cell cycle transcriptional regulator CtrA  72.07 
 
 		 233 aa  276  1e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.1191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4233  two component transcriptional regulator  72.63 
 
 		 233 aa  276  1e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0736222  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1822  two component transcriptional regulator, winged helix family  72.63 
 
 		 233 aa  276  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.077619  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3912  two component transcriptional regulator  72.63 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3672  winged helix family two component transcriptional regulator  72.63 
 
 		 233 aa  276  2e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0525  transcriptional regulatory protein  72.07 
 
 		 233 aa  275  4e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.369528  normal  0.420949 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3371  two component transcriptional regulator  72.07 
 
 		 233 aa  274  4e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.442318  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1019  cell cycle transcriptional regulator CtrA  70.39 
 
 		 233 aa  273  9e-73  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.736916  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4854  two component transcriptional regulator  70.39 
 
 		 231 aa  271  3e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5573  two component transcriptional regulator  70.39 
 
 		 233 aa  271  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.30933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3488  two component transcriptional regulator  69.83 
 
 		 233 aa  271  4.0000000000000004e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.487721  normal  0.120653 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0563  two component transcriptional regulator  69.27 
 
 		 235 aa  270  6e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.621979  normal  0.422433 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6127  two component transcriptional regulator  69.83 
 
 		 233 aa  270  8.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0669  transcription regulator CtrA  69.83 
 
 		 231 aa  270  8.000000000000001e-72  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.7626  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0824  response regulator receiver  69.83 
 
 		 233 aa  269  2e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.788002  normal  0.224481 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0747  two component transcriptional regulator, winged helix family  69.83 
 
 		 233 aa  269  2e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.485257  normal  0.934966 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0784  two component transcriptional regulator, winged helix family  69.83 
 
 		 233 aa  269  2e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.182528 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3946  two component transcriptional regulator  69.83 
 
 		 233 aa  268  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.26309  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3622  two component transcriptional regulator, winged helix family  69.83 
 
 		 233 aa  269  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0114155  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0344  two component transcriptional regulator  69.83 
 
 		 233 aa  268  2.9999999999999997e-71  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.348132 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1026  two component transcriptional regulator  67.04 
 
 		 231 aa  268  4e-71  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2174  two component transcriptional regulator  70.95 
 
 		 235 aa  267  5e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.77199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2529  two component transcriptional regulator, winged helix family  69.83 
 
 		 233 aa  265  2.9999999999999995e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5319  cell cycle transcriptional regulator CtrA  62.57 
 
 		 233 aa  248  3e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0983847 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0525  two component transcriptional regulator / cell cycle transcriptional regulator CtrA  61.45 
 
 		 239 aa  238  2.9999999999999997e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0732  cell cycle transcriptional regulator  47.87 
 
 		 256 aa  177  1e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1202  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.72 
 
 		 244 aa  172  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0817  response regulator receiver: C terminal  44.51 
 
 		 266 aa  164  5e-40  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0415499  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1012  DNA-binding response regulator  44.51 
 
 		 265 aa  164  5e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0213425  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1969  response regulator receiver domain-containing protein  42.46 
 
 		 219 aa  148  4e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.478098  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1478  two component transcriptional regulator  43.02 
 
 		 240 aa  146  1.0000000000000001e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000111909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  38.55 
 
 		 224 aa  142  4e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  40.78 
 
 		 229 aa  141  5e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  39.66 
 
 		 227 aa  141  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  41.9 
 
 		 224 aa  141  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  39.11 
 
 		 226 aa  140  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  38.55 
 
 		 231 aa  140  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1841  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 216 aa  140  8e-33  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0207334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3669  two component transcriptional regulator  41.34 
 
 		 224 aa  140  9e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3017  two component transcriptional regulator  42.7 
 
 		 225 aa  140  9.999999999999999e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4141  two component transcriptional regulator  40.78 
 
 		 224 aa  139  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0723203  normal  0.19792 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1505  response regulator receiver  42.13 
 
 		 219 aa  139  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.404603  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1476  two component transcriptional regulator  42.13 
 
 		 219 aa  139  1.9999999999999998e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  39.66 
 
 		 231 aa  138  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  41.34 
 
 		 257 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  41.34 
 
 		 224 aa  139  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 227 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 227 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  37.57 
 
 		 224 aa  138  4.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  40.22 
 
 		 224 aa  137  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 227 aa  137  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0280  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.43 
 
 		 225 aa  137  6e-32  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1764  two component transcriptional regulator  40.22 
 
 		 226 aa  137  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.807336  hitchhiker  0.00538862 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  40.78 
 
 		 223 aa  137  7.999999999999999e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  38.55 
 
 		 231 aa  137  7.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1435  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.46 
 
 		 233 aa  137  8.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  42.54 
 
 		 227 aa  137  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0130  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.33 
 
 		 224 aa  136  2e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00147609  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  42.54 
 
 		 225 aa  136  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3270  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 224 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.424776  normal  0.538433 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4119  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 224 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0386662  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.22 
 
 		 224 aa  135  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4247  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 224 aa  135  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29812  normal  0.0988817 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  40.22 
 
 		 221 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  40.88 
 
 		 220 aa  135  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  39.66 
 
 		 222 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3859  two component transcriptional regulator  40.78 
 
 		 235 aa  135  3.0000000000000003e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0389848  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  40.22 
 
 		 221 aa  135  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3380  two component transcriptional regulator  40.22 
 
 		 230 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000549651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4163  two component transcriptional regulator  37.99 
 
 		 223 aa  134  8e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  39.66 
 
 		 223 aa  133  9.999999999999999e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0238  multi-component transcriptional regulator  40.11 
 
 		 1629 aa  133  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0114  DNA-binding response regulator TctD  41.28 
 
 		 252 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2277  DNA-binding response regulator TctD  41.28 
 
 		 287 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1037  transcriptional regulatory protein TctD  41.28 
 
 		 252 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4261  two component transcriptional regulator, winged helix family  38.55 
 
 		 224 aa  133  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.906422  normal  0.0109867 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1501  DNA-binding response regulator TctD  41.28 
 
 		 252 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.412982  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0952  DNA-binding response regulator TctD  41.28 
 
 		 252 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  40.66 
 
 		 223 aa  133  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2324  two component transcriptional regulator, winged helix family  39.66 
 
 		 223 aa  134  9.999999999999999e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.237639  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2752  multi-component transcriptional regulator, winged helix family  37.99 
 
 		 799 aa  132  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3349  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.99 
 
 		 223 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5186  two component heavy metal response transcriptional regulator  37.43 
 
 		 223 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0142  DNA-binding response regulator  39.44 
 
 		 231 aa  132  1.9999999999999998e-30  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>