56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2245 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2245  hypothetical protein  100 
 
 		 214 aa  430  1e-120  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0103239  normal  0.10945 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1313  NADH dehydrogenase subunit E  50.54 
 
 		 402 aa  86.3  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0324148  normal  0.032376 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1177  hypothetical protein  51.25 
 
 		 250 aa  80.5  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0930686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1314  hypothetical protein  46.74 
 
 		 239 aa  79.3  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0719888  normal  0.0263324 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1358  putative protein in NADH-ubiquinone oxidoreductase complex  40.97 
 
 		 226 aa  77.8  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.754294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3059  hypothetical protein  43.52 
 
 		 626 aa  73.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0746  NADH dehydrogenase subunit E  45.05 
 
 		 398 aa  70.9  0.00000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.331264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2782  hypothetical protein  47.37 
 
 		 193 aa  68.9  0.00000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.742585  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1176  NADH dehydrogenase subunit E  57.58 
 
 		 395 aa  68.9  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.194411  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1266  hypothetical protein  46.74 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1114  ABC transporter related  49.41 
 
 		 453 aa  67.8  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0650865  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1789  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  36.75 
 
 		 440 aa  66.2  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1723  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  36.75 
 
 		 446 aa  66.2  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3637  hypothetical protein  50 
 
 		 234 aa  65.5  0.0000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0977304  normal  0.917064 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0895  putative NADH dehydrogenase I chain E  52.78 
 
 		 220 aa  65.1  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.256372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2280  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  44.44 
 
 		 258 aa  64.3  0.000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.372527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3150  hypothetical protein  44.16 
 
 		 167 aa  63.2  0.000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3827  hypothetical protein  45.98 
 
 		 253 aa  62  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.290909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1264  NADH dehydrogenase subunit E  45.88 
 
 		 388 aa  61.6  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1731  hypothetical protein  36.73 
 
 		 163 aa  58.9  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.282062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0777  hypothetical protein  46.38 
 
 		 517 aa  58.2  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2419  NADH dehydrogenase subunit E  40 
 
 		 385 aa  57.8  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.511689  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3103  hypothetical protein  40.54 
 
 		 187 aa  57.4  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.298396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1356  NADH dehydrogenase subunit E  43.53 
 
 		 388 aa  56.6  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1460  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  46.27 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0369658 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09026  hypothetical protein  40.32 
 
 		 182 aa  55.5  0.0000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0409768  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5828  hypothetical protein  42.03 
 
 		 535 aa  55.1  0.0000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.647484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2056  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  48.44 
 
 		 457 aa  55.1  0.0000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.233758  normal  0.650549 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1719  hypothetical protein  40 
 
 		 243 aa  54.3  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1015  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  39.81 
 
 		 412 aa  53.9  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.735537  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1197  hypothetical protein  35.11 
 
 		 209 aa  53.1  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2643  hypothetical protein  39.24 
 
 		 219 aa  52.8  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1732  hypothetical protein  40.62 
 
 		 237 aa  51.6  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.248863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1831  alpha amylase catalytic subunit  37.93 
 
 		 1253 aa  51.6  0.000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.944012 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2223  30S ribosomal protein S2  45.59 
 
 		 361 aa  50.4  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1117  NADH dehydrogenase I chain E  51.61 
 
 		 211 aa  50.1  0.00002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.160144  normal  0.345455 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1694  30S ribosomal protein S2  39.29 
 
 		 349 aa  49.7  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.754731 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1698  30S ribosomal protein S2  39.39 
 
 		 349 aa  49.3  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01305  molybdopterin oxidoredutase membrane subunit  36.36 
 
 		 593 aa  49.3  0.00005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2784  50S ribosomal protein L21/unknown domain fusion protein  34.43 
 
 		 223 aa  49.3  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0566987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1081  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  49.18 
 
 		 412 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.320932 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1210  NADH-quinone oxidoreductase, E subunit  49.18 
 
 		 412 aa  48.9  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3450  30S ribosomal protein S2  43.75 
 
 		 355 aa  48.1  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0387566  normal  0.644555 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1567  hypothetical protein  34.34 
 
 		 431 aa  47.4  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2510  hypothetical protein  31.58 
 
 		 251 aa  47  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.255653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4827  30S ribosomal protein S2  37.27 
 
 		 349 aa  46.2  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.356192  normal  0.0170734 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2347  30S ribosomal protein S2  42.19 
 
 		 355 aa  44.3  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.473707 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2073  30S ribosomal protein S2  42.19 
 
 		 355 aa  44.3  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.193389  normal  0.160852 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4439  30S ribosomal protein S2  40 
 
 		 334 aa  44.7  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000842833 
 
 
-
 
NC_004310  BR0642  hypothetical protein  40.62 
 
 		 224 aa  43.5  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4863  hypothetical protein  34.02 
 
 		 190 aa  43.9  0.002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0637  hypothetical protein  36.49 
 
 		 224 aa  43.5  0.002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2033  30S ribosomal protein S2  42.19 
 
 		 354 aa  42  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0655537 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5200  hypothetical protein  37.7 
 
 		 172 aa  42  0.007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.540164 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2652  hypothetical protein  37.66 
 
 		 437 aa  42  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1465  50S ribosomal protein L21  32.1 
 
 		 208 aa  41.6  0.008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>