263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0540 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_3416  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  54.42 
 
 		 696 aa  638    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.269984  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0583  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.1 
 
 		 704 aa  672    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.496315 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0538  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.85 
 
 		 727 aa  670    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.533831  normal  0.300886 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  73.74 
 
 		 697 aa  982    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.250134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2586  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.03 
 
 		 727 aa  694    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.577877  normal  0.134975 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1858  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  73.74 
 
 		 697 aa  984    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2402  glycyl-tRNA synthetase beta chain  67.92 
 
 		 720 aa  941    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0966728  normal  0.754916 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4369  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  56.39 
 
 		 701 aa  709    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3329  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  51.77 
 
 		 733 aa  673    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.10801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0644  glycine--tRNA ligase  76.95 
 
 		 758 aa  754    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.121642  normal  0.442369 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2731  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  66.73 
 
 		 739 aa  691    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0985358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4348  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.41 
 
 		 728 aa  687    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.314297  hitchhiker  0.00562302 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2310  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  71.32 
 
 		 687 aa  958    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.75706 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2759  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  54.8 
 
 		 704 aa  661    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0714  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  51.96 
 
 		 789 aa  694    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0413  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.01 
 
 		 777 aa  635    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3096  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  52.94 
 
 		 726 aa  641    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0466  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.14 
 
 		 721 aa  669    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0540  glycine--tRNA ligase  100 
 
 		 685 aa  1362    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.228601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2357  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  52.84 
 
 		 701 aa  681    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.306896  normal  0.223006 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0728  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.8 
 
 		 741 aa  648    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0404  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.88 
 
 		 777 aa  634  1e-180  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0522  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  49.35 
 
 		 764 aa  634  1e-180  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1138  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  54.13 
 
 		 699 aa  632  1e-180  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0956  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.87 
 
 		 764 aa  627  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0380  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.14 
 
 		 740 aa  625  1e-178  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2175  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.72 
 
 		 728 aa  624  1e-177  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.754598  normal  0.117585 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  52.13 
 
 		 724 aa  622  1e-177  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0726267  normal  0.258667 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2111  glycine--tRNA ligase  48.46 
 
 		 738 aa  606  9.999999999999999e-173  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.541212  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2955  glycine--tRNA ligase  49.02 
 
 		 721 aa  605  1.0000000000000001e-171  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1611  glycine--tRNA ligase  49.59 
 
 		 723 aa  603  1.0000000000000001e-171  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0785205 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2178  glycine--tRNA ligase  48.93 
 
 		 738 aa  596  1e-169  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1109  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.93 
 
 		 737 aa  597  1e-169  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1239  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.89 
 
 		 760 aa  561  1e-158  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4858  glycine--tRNA ligase  47.71 
 
 		 677 aa  554  1e-156  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1221  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  55.23 
 
 		 822 aa  555  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.64374 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1095  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  54.84 
 
 		 760 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.729278  normal  0.459772 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  53.42 
 
 		 764 aa  519  1e-146  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.58245  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2126  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  52.86 
 
 		 821 aa  508  9.999999999999999e-143  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0577  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  47.78 
 
 		 686 aa  501  1e-140  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0505087  hitchhiker  0.0000000000000536601 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2185  glycine--tRNA ligase  44.2 
 
 		 723 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1441  glycine--tRNA ligase  38.09 
 
 		 700 aa  416  9.999999999999999e-116  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.764176  normal  0.147312 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.52 
 
 		 688 aa  408  1.0000000000000001e-112  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  39.01 
 
 		 693 aa  407  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2472  glycine--tRNA ligase  35.14 
 
 		 695 aa  403  1e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0180526  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3059  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.29 
 
 		 687 aa  405  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0155  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  33.38 
 
 		 705 aa  396  1e-109  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.117933  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.08 
 
 		 684 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1022  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.09 
 
 		 687 aa  397  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.208045  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.46 
 
 		 683 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  36.64 
 
 		 684 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.66 
 
 		 692 aa  394  1e-108  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.31 
 
 		 683 aa  393  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  34.71 
 
 		 690 aa  394  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.12 
 
 		 684 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.52 
 
 		 684 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0579  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.05 
 
 		 687 aa  390  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.26 
 
 		 684 aa  392  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0599  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.48 
 
 		 688 aa  390  1e-107  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000487119  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.2 
 
 		 693 aa  389  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0656  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.71 
 
 		 687 aa  387  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.70031e-23 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  35.57 
 
 		 691 aa  389  1e-106  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2941  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.18 
 
 		 686 aa  387  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.125162  hitchhiker  0.000287233 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.86 
 
 		 693 aa  385  1e-105  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  35.1 
 
 		 690 aa  384  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3047  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.04 
 
 		 698 aa  382  1e-104  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.228214  normal  0.0284837 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.99 
 
 		 692 aa  379  1e-104  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.12 
 
 		 685 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3372  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.01 
 
 		 705 aa  376  1e-103  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.173732  normal  0.25449 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.81 
 
 		 689 aa  377  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  37.81 
 
 		 685 aa  378  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1686  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  37.54 
 
 		 696 aa  378  1e-103  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.78284  normal  0.0276337 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  36.38 
 
 		 696 aa  379  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.08 
 
 		 689 aa  379  1e-103  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.24 
 
 		 697 aa  376  1e-103  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0004  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  28.57 
 
 		 701 aa  374  1e-102  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0642  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.77 
 
 		 687 aa  375  1e-102  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.91532  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.9 
 
 		 684 aa  375  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2445  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.71 
 
 		 694 aa  372  1e-102  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0604  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  35.94 
 
 		 694 aa  369  1e-101  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1195  glycine--tRNA ligase, beta subunit  35.77 
 
 		 729 aa  369  1e-101  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.62 
 
 		 688 aa  371  1e-101  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.74 
 
 		 684 aa  369  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1193  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  32.81 
 
 		 685 aa  371  1e-101  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3672  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  35.14 
 
 		 688 aa  368  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0142363  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0024  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  27.89 
 
 		 703 aa  369  1e-100  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.700385  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1515  glycine--tRNA ligase  34.76 
 
 		 688 aa  369  1e-100  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  36.18 
 
 		 689 aa  369  1e-100  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.9 
 
 		 689 aa  365  1e-99  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  34.81 
 
 		 688 aa  365  2e-99  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0701  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.26 
 
 		 699 aa  363  4e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.26 
 
 		 699 aa  363  6e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.59966  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  33.86 
 
 		 688 aa  363  8e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  34.47 
 
 		 689 aa  363  8e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0716  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.23 
 
 		 699 aa  362  9e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.26 
 
 		 699 aa  362  1e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2350  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.26 
 
 		 699 aa  362  1e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2430  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.26 
 
 		 699 aa  362  1e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.726931  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  38.26 
 
 		 699 aa  362  1e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  32.96 
 
 		 697 aa  360  3e-98  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>