More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1740 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1740  nucleotidyltransferase/DNA polymerase  100 
 
 		 393 aa  777    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0517  DNA-directed DNA polymerase  49.22 
 
 		 417 aa  351  2e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0500  UMUC domain protein DNA-repair protein  48.45 
 
 		 417 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0928  DNA-directed DNA polymerase  35.06 
 
 		 393 aa  205  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3235  DNA-directed DNA polymerase  27.72 
 
 		 380 aa  169  6e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_10  DNA polymerase IV (Y-family)  27.6 
 
 		 391 aa  166  9e-40  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0010  DNA-directed DNA polymerase  26.82 
 
 		 390 aa  162  9e-39  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1679  DNA polymerase IV  27.37 
 
 		 385 aa  160  5e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.452401  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0011  DNA polymerase IV, putative  27.08 
 
 		 390 aa  159  6e-38  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6871  DNA-directed DNA polymerase  28.94 
 
 		 404 aa  158  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0631256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4919  DNA-directed DNA polymerase  25.19 
 
 		 416 aa  147  3e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.17095 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1370  DNA-directed DNA polymerase  26.12 
 
 		 385 aa  146  6e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.67195 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3568  DNA-directed DNA polymerase  26.58 
 
 		 393 aa  145  2e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1773  DNA-directed DNA polymerase  33.25 
 
 		 397 aa  142  8e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.49151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0236  DNA-directed DNA polymerase  32.9 
 
 		 401 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1547  DNA-directed DNA polymerase  26.11 
 
 		 425 aa  139  7.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.153092  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0738  DNA-directed DNA polymerase  28.97 
 
 		 425 aa  138  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.59258  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2528  DNA polymerase IV  29.82 
 
 		 414 aa  138  2e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3768  DNA-directed DNA polymerase  25.79 
 
 		 394 aa  137  3.0000000000000003e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2331  DNA-directed DNA polymerase  27.92 
 
 		 408 aa  136  5e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.632571  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1815  DNA-directed DNA polymerase  29.06 
 
 		 412 aa  134  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000272693  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1616  ImpB/MucB/SamB family protein  27.76 
 
 		 409 aa  133  6e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1559  DNA-directed DNA polymerase  26.79 
 
 		 408 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.195396  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6682  DNA polymerase IV  30.79 
 
 		 435 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0758  DNA polymerase IV  31.09 
 
 		 395 aa  125  9e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22910  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  30.89 
 
 		 414 aa  125  2e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0450607 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1314  UMUC domain protein DNA-repair protein  25.45 
 
 		 399 aa  124  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000131963  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3129  damage-inducible protein DinP  27.51 
 
 		 399 aa  124  3e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1132  DNA-directed DNA polymerase  28.82 
 
 		 408 aa  124  4e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1767  DNA polymerase IV  25.91 
 
 		 414 aa  124  4e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3175  DNA-directed DNA polymerase  27.98 
 
 		 392 aa  124  4e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1560  DNA-directed DNA polymerase  27.25 
 
 		 408 aa  124  4e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1229  DNA polymerase IV  31.48 
 
 		 400 aa  121  1.9999999999999998e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4214  DNA polymerase IV  25.13 
 
 		 412 aa  119  7e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000424274  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2840  DNA polymerase IV  24.87 
 
 		 412 aa  119  7.999999999999999e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.527026  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0145  DNA-directed DNA polymerase  33.15 
 
 		 399 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0301883  normal  0.226149 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0882  DNA-directed DNA polymerase  26.72 
 
 		 417 aa  119  9.999999999999999e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0229  DNA-directed DNA polymerase  27.6 
 
 		 384 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1393  DNA-directed DNA polymerase  27.06 
 
 		 410 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0677634  normal  0.0363654 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3983  DNA polymerase IV  24.81 
 
 		 412 aa  116  6e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2727  DNA-directed DNA polymerase  25.66 
 
 		 400 aa  116  6e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0115509  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0927  DNA polymerase IV  27.3 
 
 		 352 aa  116  6.9999999999999995e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0383  ImpB/MucB/SamB family protein  28.36 
 
 		 357 aa  116  7.999999999999999e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00108419  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4277  DNA polymerase IV  25.32 
 
 		 412 aa  115  8.999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.727972  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7420  DNA polymerase IV  31.94 
 
 		 429 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.108606  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4051  DNA polymerase IV  24.87 
 
 		 412 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3889  DNA polymerase IV  24.87 
 
 		 412 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4366  DNA polymerase IV  24.87 
 
 		 412 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4166  DNA polymerase IV  24.87 
 
 		 412 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7175  DNA-directed DNA polymerase  28.3 
 
 		 371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4256  DNA polymerase IV  24.87 
 
 		 412 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0566938  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3897  DNA polymerase IV  24.87 
 
 		 412 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1756  UMUC domain protein DNA-repair protein  25.83 
 
 		 409 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000481583  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1538  DNA polymerase IV  26.62 
 
 		 359 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.142291  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2856  DNA-directed DNA polymerase  27.63 
 
 		 406 aa  114  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.107741  normal  0.171619 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2940  DNA-directed DNA polymerase  28.31 
 
 		 422 aa  114  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000325025  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0370  DNA-directed DNA polymerase  28.42 
 
 		 423 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2844  DNA polymerase IV  28.72 
 
 		 411 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.900402  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0979  DNA polymerase IV  24.67 
 
 		 412 aa  113  6e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5260  DNA polymerase IV  29.5 
 
 		 415 aa  113  7.000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3438  DNA polymerase IV  27.38 
 
 		 352 aa  113  7.000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1654  DNA polymerase IV  29.17 
 
 		 407 aa  112  8.000000000000001e-24  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.263851  normal  0.0394567 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1362  DNA-directed DNA polymerase  23.62 
 
 		 393 aa  112  9e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03139  DNA polymerase IV  30.13 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1270  DNA-directed DNA polymerase  29.43 
 
 		 430 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.725906  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3092  DNA polymerase IV  27.19 
 
 		 358 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3277  DNA-directed DNA polymerase  30.21 
 
 		 402 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5890  DNA-directed DNA polymerase  30.51 
 
 		 409 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.315723  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1818  DNA polymerase IV  26.87 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.432608  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2316  DNA-directed DNA polymerase  26.28 
 
 		 411 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2492  DNA-directed DNA polymerase  25.58 
 
 		 409 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2890  DNA-directed DNA polymerase  28.87 
 
 		 386 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08990  DNA-directed DNA polymerase  25.82 
 
 		 385 aa  110  6e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0961  DNA polymerase IV  28.07 
 
 		 359 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.215034  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3291  DNA polymerase IV  26.79 
 
 		 352 aa  109  7.000000000000001e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1070  DNA-directed DNA polymerase  25.06 
 
 		 409 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3604  DNA polymerase IV  26.02 
 
 		 364 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.85941  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4922  DNA-directed DNA polymerase  28.74 
 
 		 410 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0212665 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_16030  DNA repair nucleotidyltransferase/DNA polymerase  27.03 
 
 		 407 aa  108  1e-22  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.218569  normal  0.0704551 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0483  DNA polymerase family protein  22.13 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.0359018  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0962  DNA polymerase IV  30.47 
 
 		 353 aa  108  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1867  DNA-directed DNA polymerase  28.25 
 
 		 356 aa  108  2e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2024  DNA-directed DNA polymerase  26.95 
 
 		 373 aa  107  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5188  DNA polymerase IV  29.32 
 
 		 425 aa  107  4e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.951102 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1574  DNA-directed DNA polymerase  26.98 
 
 		 410 aa  106  6e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0144  DNA-directed DNA polymerase  24.16 
 
 		 354 aa  106  7e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3296  DNA polymerase IV  31.6 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_37100  DNA polymerase IV  32.66 
 
 		 353 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3157  DNA polymerase IV  31.6 
 
 		 352 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0883  DNA-directed DNA polymerase  25 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1670  DNA-directed DNA polymerase  25.58 
 
 		 419 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000999976  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1923  DNA-directed DNA polymerase  25 
 
 		 369 aa  105  1e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.000000000722148  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1904  DNA-directed DNA polymerase  25.56 
 
 		 411 aa  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4721  DNA polymerase IV  28.86 
 
 		 425 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.469065 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2772  DNA polymerase IV  26.41 
 
 		 395 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.317028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3041  DNA polymerase IV  25.07 
 
 		 429 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.678009  normal  0.273789 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3308  DNA polymerase IV  29.5 
 
 		 352 aa  105  2e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00714145  hitchhiker  0.00000429031 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3236  DNA-directed DNA polymerase  29.84 
 
 		 419 aa  105  2e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.516429  decreased coverage  0.00986036 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0762  DNA polymerase IV  27.89 
 
 		 352 aa  104  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3422  DNA polymerase IV  25.73 
 
 		 360 aa  104  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>