More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1944 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_1944  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 
149 aa  301  2.0000000000000002e-81  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0761  cytochrome c oxidase subunit II  43.42 
 
 
146 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.254887  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0320  cytochrome c oxidase, subunit II  41.61 
 
 
147 aa  115  3e-25  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0229  cytochrome c oxidase, subunit II  48.48 
 
 
316 aa  106  9.000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0502681  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1522  cytochrome c oxidase, subunit II  42.55 
 
 
330 aa  99  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2706  cytochrome c oxidase, subunit II  40.95 
 
 
389 aa  98.2  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.363999 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1348  cytochrome c, monohaem  49.45 
 
 
426 aa  98.2  3e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.195405  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1826  cytochrome c oxidase, subunit II, putative  48.96 
 
 
408 aa  98.2  4e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.086817  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0803  cytochrome c oxidase, subunit II  40.74 
 
 
350 aa  97.1  7e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.192306  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0851  cytochrome c oxidase, subunit II  40.74 
 
 
350 aa  96.7  1e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0855  cytochrome c oxidase, subunit II  40.74 
 
 
350 aa  96.7  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0183  cytochrome c oxidase subunit II  48.48 
 
 
143 aa  95.9  2e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.13824 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1588  cytochrome c oxidase, subunit II  44.68 
 
 
342 aa  95.9  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0533  cytochrome c oxidase, subunit II  47.92 
 
 
405 aa  95.1  3e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.251737 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1538  cytochrome c oxidase, subunit II  42.27 
 
 
399 aa  93.6  8e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4435  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  40.2 
 
 
316 aa  92.4  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0428074  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1244  cytochrome c oxidase, subunit II  41.67 
 
 
211 aa  91.3  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0166  cytochrome c oxidase, subunit II  42.71 
 
 
362 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129501  normal  0.0168942 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0414  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  41 
 
 
311 aa  90.9  5e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0222  cytochrome c oxidase, subunit II  42.71 
 
 
362 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0145699  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0024  cytochrome c oxidase, subunit II  42.71 
 
 
362 aa  90.9  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.901821 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0848  cytochrome c oxidase subunit II  42.55 
 
 
351 aa  90.5  6e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2275  cytochrome c oxidase, subunit II  43.56 
 
 
337 aa  89.7  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.869151  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1600  cytochrome c oxidase, subunit II  43.16 
 
 
337 aa  89  2e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1676  cytochrome c oxidase, subunit II  43.16 
 
 
337 aa  88.6  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  37.5 
 
 
314 aa  89.4  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.548982  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0446  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  38.53 
 
 
324 aa  88.2  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.112901 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5948  cytochrome c oxidase, subunit II  34.06 
 
 
318 aa  86.7  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6886  cytochrome c oxidase, subunit II  38.54 
 
 
313 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2313  cytochrome c oxidase, subunit II  42.39 
 
 
244 aa  85.5  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.210732  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6229  cytochrome c oxidase, subunit II  37.5 
 
 
359 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.24435  normal  0.0456922 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2529  caa3-type cytochrome c oxidase, subunit II  40.21 
 
 
318 aa  85.1  3e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.176117  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1874  cytochrome c oxidase, subunit II  33.85 
 
 
256 aa  85.1  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0156  cytochrome c oxidase, subunit II  41.3 
 
 
232 aa  82.8  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5817  cytochrome c oxidase, subunit II  36.46 
 
 
310 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.156146  hitchhiker  0.00847969 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2266  cytochrome c, monohaem  40.66 
 
 
336 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.380948  normal  0.0167103 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5826  cytochrome c oxidase, subunit II  35.71 
 
 
330 aa  82  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  35.56 
 
 
329 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0922258 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11170  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit II  41.76 
 
 
315 aa  81.3  0.000000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.761021  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2641  cytochrome c oxidase subunit II  36.36 
 
 
321 aa  80.9  0.000000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.398022  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3849  cytochrome c oxidase, subunit II  40.86 
 
 
235 aa  80.5  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.26025  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0407  cytochrome c oxidase, subunit II  41.9 
 
 
435 aa  80.9  0.000000000000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1292  cytochrome c oxidase, subunit II  39.36 
 
 
354 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.493898  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2249  cytochrome c oxidase, subunit II  38.54 
 
 
329 aa  79.7  0.00000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2602  cytochrome c oxidase subunit II  37.89 
 
 
315 aa  79.3  0.00000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.405519 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3573  cytochrome c oxidase subunit II  32.41 
 
 
360 aa  79  0.00000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  32.47 
 
 
401 aa  79.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0785  cytochrome c oxidase, subunit II  39.42 
 
 
258 aa  79.3  0.00000000000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.358332  normal  0.86718 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2072  cytochrome c oxidase, subunit II  31.82 
 
 
425 aa  79  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.54281 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2996  cytochrome c oxidase, subunit II  33.7 
 
 
329 aa  79.3  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.941612  hitchhiker  0.00487692 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6539  cytochrome c, monohaem  37.89 
 
 
434 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.537411  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0222  cytochrome c oxidase, subunit II  40.82 
 
 
288 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  34.34 
 
 
321 aa  78.6  0.00000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.304556 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6146  cytochrome c oxidase, subunit II  37.23 
 
 
353 aa  78.6  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.870856  normal  0.304247 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0628  cytochrome c oxidase, subunit II  41.35 
 
 
351 aa  77.8  0.00000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.197881 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0528  cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  35.42 
 
 
355 aa  77.4  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0252  cytochrome c oxidase, subunit II  37.5 
 
 
302 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.433496  normal  0.0258846 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1449  cytochrome c oxidase, subunit II  40 
 
 
346 aa  77  0.00000000000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.015711 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1211  Cytochrome-c oxidase  35.79 
 
 
351 aa  77.4  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.553445  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2958  cytochrome c oxidase subunit II  35.59 
 
 
269 aa  77  0.00000000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6286  cytochrome c oxidase, subunit II  37.23 
 
 
352 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.257472  normal  0.0263748 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5502  cytochrome c oxidase, subunit II  38.04 
 
 
370 aa  76.6  0.00000000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.535121  normal  0.0572426 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2962  cytochrome c oxidase, subunit II  38.95 
 
 
401 aa  76.3  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2811  cytochrome c oxidase, subunit II  38.95 
 
 
401 aa  76.3  0.0000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5244  cytochrome c oxidase, subunit II  38.35 
 
 
326 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0788277  normal  0.868201 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0783  cytochrome c oxidase, subunit II  39.29 
 
 
372 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4792  cytochrome c oxidase, subunit II  41 
 
 
354 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0280165  normal  0.517537 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3379  cytochrome c oxidase, subunit II  37.8 
 
 
318 aa  76.3  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0045  cytochrome c oxidase, subunit II  38.89 
 
 
300 aa  76.3  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00101143 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6572  cytochrome c, monohaem  37.23 
 
 
352 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.381109  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3958  cytochrome c oxidase, subunit II  29.79 
 
 
336 aa  75.9  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0771  cytochrome c oxidase, subunit II  39.29 
 
 
381 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0315373  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0945  cytochrome oxidase subunit II  39.29 
 
 
372 aa  75.5  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.891376  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0062  cytochrome c oxidase, subunit II  34.78 
 
 
374 aa  74.7  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0885746  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0033  cytochrome c oxidase, subunit II  32.73 
 
 
279 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.511366 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_06421  putative cytochrome c oxidase, subunit 2  37.89 
 
 
274 aa  74.3  0.0000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0878998 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0118  cytochrome c oxidase, subunit IIC  35.64 
 
 
324 aa  73.9  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.134505  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1754  cytochrome c, monohaem  35.64 
 
 
324 aa  74.3  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0046  cytochrome c oxidase, subunit II  36.56 
 
 
301 aa  73.9  0.0000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3263  cytochrome c oxidase, subunit II  35.59 
 
 
279 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.571759  normal  0.256995 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3587  cytochrome c oxidase, subunit II  35.59 
 
 
279 aa  73.6  0.0000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.677515  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3459  cytochrome c oxidase, subunit II  34.75 
 
 
279 aa  73.6  0.0000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.927042  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1754  cytochrome c oxidase subunit II  35.79 
 
 
275 aa  73.6  0.0000000000009  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.636353  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0293  cytochrome c oxidase, subunit II  44.59 
 
 
311 aa  73.6  0.0000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.142345  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0567  cytochrome c oxidase, subunit II  35.42 
 
 
320 aa  73.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0584  cytochrome c oxidase, subunit II  35.42 
 
 
320 aa  73.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4071  cytochrome c oxidase, subunit II  36.79 
 
 
328 aa  73.6  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0167  putative cytochrome c oxidase subunit II  41 
 
 
371 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.26265  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1705  cytochrome c, monohaem  31.88 
 
 
324 aa  72.4  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.829367  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  32.23 
 
 
377 aa  72.8  0.000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0264  cytochrome c oxidase, subunit II  35.29 
 
 
343 aa  72  0.000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.138079  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2489  cytochrome c oxidase, subunit II  34.17 
 
 
243 aa  71.6  0.000000000004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.500427  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2026  cytochrome c oxidase, subunit II  35.79 
 
 
346 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000905775 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  43.94 
 
 
377 aa  70.9  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  43.94 
 
 
377 aa  70.9  0.000000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0104  cytochrome c oxidase subunit II  34.86 
 
 
359 aa  70.5  0.000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.100023  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4648  cytochrome c oxidase subunit II  33.33 
 
 
286 aa  70.5  0.000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5298  normal  0.167898 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3540  cytochrome c oxidase, subunit II  35.48 
 
 
311 aa  70.5  0.000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01475  chain II protein of putative cytochrome c oxidase  37.89 
 
 
234 aa  69.7  0.00000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0621  cytochrome c oxidase, subunit II  35.78 
 
 
255 aa  69.7  0.00000000001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345466  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>