104 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0341 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_0341  uroporphyrinogen III synthase HEM4  100 
 
 
240 aa  478  1e-134  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0227  uroporphyrinogen-III synthase  35.25 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0178  uroporphyrinogen-III synthase  34.02 
 
 
246 aa  112  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0118658  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2399  uroporphyrinogen-III synthase  33.61 
 
 
260 aa  108  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.659823  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00149  uroporphyrinogen-III synthetase  35.6 
 
 
243 aa  108  9.000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0073  uroporphyrinogen-III synthase  32.51 
 
 
253 aa  106  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3981  uroporphyrinogen-III synthase  31.56 
 
 
246 aa  105  5e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000864571  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0482  uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.38 
 
 
243 aa  105  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0219  uroporphyrinogen III synthase HemD  33.33 
 
 
248 aa  103  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4267  uroporphyrinogen-III synthase  31.97 
 
 
246 aa  102  6e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4219  uroporphyrinogen-III synthase  31.97 
 
 
246 aa  101  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.374545  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4326  uroporphyrinogen-III synthase  31.97 
 
 
246 aa  102  8e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.975314 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3988  uroporphyrinogen-III synthase  30.74 
 
 
246 aa  100  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4150  uroporphyrinogen-III synthase  31.56 
 
 
246 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4165  uroporphyrinogen-III synthase  31.56 
 
 
246 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000285608  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4172  uroporphyrinogen-III synthase  31.15 
 
 
246 aa  99.4  4e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0344779  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4175  Uroporphyrinogen-III synthase  31.56 
 
 
246 aa  97.8  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.272222  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3255  uroporphyrinogen-III synthase  33.2 
 
 
239 aa  97.1  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4203  uroporphyrinogen-III synthase  31.15 
 
 
246 aa  96.7  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.110892  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4024  uroporphyrinogen-III synthase  30.74 
 
 
246 aa  95.9  5e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00563247  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5242  uroporphyrinogen-III synthase  30.74 
 
 
246 aa  95.9  5e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4169  uroporphyrinogen-III synthase  30.74 
 
 
246 aa  95.5  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.534441 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03679  uroporphyrinogen-III synthetase  30.74 
 
 
246 aa  95.1  8e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.398858  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4319  uroporphyrinogen-III synthase  30.74 
 
 
246 aa  95.1  8e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0995416  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03628  hypothetical protein  30.74 
 
 
246 aa  95.1  8e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0197  uroporphyrinogen-III synthase  30.74 
 
 
249 aa  93.6  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00133341  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4134  uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.61 
 
 
244 aa  94  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0535  uroporphyrinogen-III synthase  30.74 
 
 
249 aa  93.6  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4017  uroporphyrinogen-III synthase  30.74 
 
 
249 aa  93.6  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.405149  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4263  uroporphyrinogen-III synthase  30.74 
 
 
246 aa  94.4  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0387  uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.83 
 
 
238 aa  92.8  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.999258  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2661  uroporphyrinogen-III synthetase  28.94 
 
 
250 aa  92  7e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2792  uroporphyrinogen-III synthetase  28.51 
 
 
250 aa  90.1  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0439  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.95 
 
 
239 aa  89  6e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0177  uroporphyrinogen-III synthase  29.92 
 
 
246 aa  87.4  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.033755  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0372  uroporphyrinogen III synthase HEM4  38.37 
 
 
243 aa  87.8  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4095  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.62 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.56612 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3902  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.76 
 
 
246 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3588  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.96 
 
 
246 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2173  uroporphyrinogen-III synthase  28.45 
 
 
268 aa  84  0.000000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3979  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.37 
 
 
246 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4001  uroporphyrinogen III synthase HEM4  36.69 
 
 
232 aa  82.8  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.655634  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0385  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.71 
 
 
232 aa  82  0.000000000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.108763  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3061  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  31.62 
 
 
672 aa  82  0.000000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0008  uroporphyrinogen-III synthase  28.03 
 
 
268 aa  81.6  0.00000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0960218  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0387  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.71 
 
 
232 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3639  uroporphyrinogen III synthase HEM4  35.71 
 
 
232 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.23023  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4314  uroporphyrinogen-III synthase  36.75 
 
 
246 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002105  uroporphyrinogen-III synthase  33.14 
 
 
242 aa  80.1  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.939405  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0011  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  33.74 
 
 
271 aa  79  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.458741 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0209  uroporphyrinogen-III synthase  31.87 
 
 
255 aa  78.6  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0187  uroporphyrinogen-III synthase  31.87 
 
 
255 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00315  uroporphyrinogen-III synthase  29.63 
 
 
242 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0212  uroporphyrinogen-III synthase  30.28 
 
 
255 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.475879  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0028  Uroporphyrinogen-III synthase  30.48 
 
 
272 aa  75.5  0.0000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0317  uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.2 
 
 
243 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3108  uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.31 
 
 
251 aa  71.6  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.917277  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69440  uroporphyrinogen-III synthase  27.83 
 
 
251 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6005  uroporphyrinogen-III synthase  28.21 
 
 
251 aa  70.5  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201687  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0045  uroporphyrinogen-III synthase  29.36 
 
 
222 aa  70.1  0.00000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0503  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.58 
 
 
265 aa  69.7  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5486  uroporphyrinogen-III synthase  28.99 
 
 
255 aa  68.6  0.00000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2689  uroporphyrinogen-III synthase  31.25 
 
 
260 aa  68.2  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0034  uroporphyrinogen-III synthase  28.16 
 
 
256 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0486  uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.82 
 
 
270 aa  68.2  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0062  uroporphyrinogen-III synthase  28.69 
 
 
246 aa  67  0.0000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1026  uroporphyrinogen III synthase HEM4  33.58 
 
 
264 aa  67.4  0.0000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.928762  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47590  uroporphyrinogen-III synthase  29.18 
 
 
262 aa  67.4  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0281  uroporphyrinogen-III synthase  30.13 
 
 
257 aa  66.6  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2897  Uroporphyrinogen-III synthase  27.59 
 
 
262 aa  66.2  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.116607  normal  0.0810585 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3299  uroporphyrinogen-III synthase  27.59 
 
 
262 aa  66.2  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.466839  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0257  uroporphyrinogen-III synthase  33.54 
 
 
255 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.884296  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3592  uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.64 
 
 
250 aa  65.1  0.000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0129  uroporphyrinogen-III synthetase  28.45 
 
 
258 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2162  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  33.33 
 
 
256 aa  61.2  0.00000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2567  uroporphyrinogen-III synthase  32.41 
 
 
252 aa  60.8  0.00000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.134092 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0061  uroporphyrinogen-III synthase  32.95 
 
 
257 aa  59.3  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3673  uroporphyrinogen-III synthase  32.32 
 
 
260 aa  58.5  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2333  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  26.12 
 
 
655 aa  58.2  0.0000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.623737 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2467  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  25.56 
 
 
655 aa  57  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0131  uroporphyrinogen-III synthase  31.79 
 
 
269 aa  56.2  0.0000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.239326 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2428  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  25.36 
 
 
656 aa  52  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.475486  normal  0.299485 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5751  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  25.84 
 
 
656 aa  51.6  0.00001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1812  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  25.36 
 
 
656 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.681171  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2424  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  25.36 
 
 
656 aa  51.6  0.00001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2012  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.46 
 
 
242 aa  50.8  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3641  uroporphyrinogen III synthase HEM4  33.73 
 
 
244 aa  50.1  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0870  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  24.9 
 
 
656 aa  50.4  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.787739 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2262  uroporphyrinogen-III synthase-like protein  30 
 
 
289 aa  49.7  0.00004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.405188  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2669  uroporphyrinogen-III synthase  27.69 
 
 
261 aa  48.5  0.0001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000490526 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2165  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  31.78 
 
 
665 aa  48.1  0.0001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.255779 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3410  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.2 
 
 
672 aa  47.4  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0113  uroporphyrinogen III methylase  31.54 
 
 
264 aa  46.2  0.0005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3666  Na+/H+ antiporter NhaA  25.89 
 
 
290 aa  44.7  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.232778  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2570  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  31.3 
 
 
702 aa  45.1  0.001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.866591 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3677  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  26.21 
 
 
255 aa  44.7  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1070  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  27 
 
 
672 aa  43.9  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04233  uroporphyrinogen-III synthase  41.38 
 
 
267 aa  44.3  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0501  Uroporphyrinogen-III synthase  31.5 
 
 
276 aa  43.9  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000190734  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0008  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.63 
 
 
246 aa  43.5  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.000296597  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>