172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_3255 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_3255  uroporphyrinogen-III synthase  100 
 
 
239 aa  480  1e-135  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4095  uroporphyrinogen III synthase HEM4  57.89 
 
 
246 aa  269  4e-71  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.56612 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3979  uroporphyrinogen III synthase HEM4  57.72 
 
 
246 aa  268  4e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4134  uroporphyrinogen III synthase HEM4  54.96 
 
 
244 aa  268  4e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3902  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  57.32 
 
 
246 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3588  uroporphyrinogen III synthase HEM4  56.91 
 
 
246 aa  265  5e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4314  uroporphyrinogen-III synthase  55.69 
 
 
246 aa  260  1e-68  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0372  uroporphyrinogen III synthase HEM4  55.37 
 
 
243 aa  260  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0439  uroporphyrinogen III synthase HEM4  54.55 
 
 
239 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0482  uroporphyrinogen III synthase HEM4  52.89 
 
 
243 aa  249  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0385  uroporphyrinogen III synthase HEM4  56.22 
 
 
232 aa  245  4e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.108763  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4001  uroporphyrinogen III synthase HEM4  56.47 
 
 
232 aa  245  4e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.655634  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3639  uroporphyrinogen III synthase HEM4  56.65 
 
 
232 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.23023  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0317  uroporphyrinogen III synthase HEM4  55.37 
 
 
243 aa  245  6e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0387  uroporphyrinogen III synthase HEM4  56.22 
 
 
232 aa  243  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0387  uroporphyrinogen III synthase HEM4  48.75 
 
 
238 aa  224  7e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.999258  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0178  uroporphyrinogen-III synthase  35.77 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0118658  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4172  uroporphyrinogen-III synthase  36.69 
 
 
246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0344779  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3981  uroporphyrinogen-III synthase  37.25 
 
 
246 aa  139  6e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000864571  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002105  uroporphyrinogen-III synthase  36.51 
 
 
242 aa  137  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.939405  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5242  uroporphyrinogen-III synthase  36.44 
 
 
246 aa  137  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4267  uroporphyrinogen-III synthase  36.33 
 
 
246 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4024  uroporphyrinogen-III synthase  36.44 
 
 
246 aa  137  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00563247  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03679  uroporphyrinogen-III synthetase  36.44 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.398858  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03628  hypothetical protein  36.44 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4169  uroporphyrinogen-III synthase  36.44 
 
 
246 aa  136  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.534441 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4326  uroporphyrinogen-III synthase  36.33 
 
 
246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.975314 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4165  uroporphyrinogen-III synthase  36.33 
 
 
246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000285608  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4150  uroporphyrinogen-III synthase  36.33 
 
 
246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4219  uroporphyrinogen-III synthase  36.33 
 
 
246 aa  135  7.000000000000001e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.374545  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0034  uroporphyrinogen-III synthase  38.17 
 
 
256 aa  135  8e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4203  uroporphyrinogen-III synthase  36.03 
 
 
246 aa  135  8e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.110892  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4319  uroporphyrinogen-III synthase  36.03 
 
 
246 aa  134  9e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0995416  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4175  Uroporphyrinogen-III synthase  35.63 
 
 
246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.272222  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3988  uroporphyrinogen-III synthase  36.59 
 
 
246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2399  uroporphyrinogen-III synthase  36.13 
 
 
260 aa  132  3.9999999999999996e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.659823  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4263  uroporphyrinogen-III synthase  35.63 
 
 
246 aa  132  5e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0073  uroporphyrinogen-III synthase  37.1 
 
 
253 aa  132  6e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0227  uroporphyrinogen-III synthase  35.77 
 
 
246 aa  132  6e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00315  uroporphyrinogen-III synthase  35.54 
 
 
242 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0219  uroporphyrinogen III synthase HemD  33.2 
 
 
248 aa  129  5.0000000000000004e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2567  uroporphyrinogen-III synthase  39.8 
 
 
252 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.134092 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0177  uroporphyrinogen-III synthase  36.03 
 
 
246 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.033755  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0045  uroporphyrinogen-III synthase  33 
 
 
222 aa  116  3e-25  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3061  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  36.36 
 
 
672 aa  115  5e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3673  uroporphyrinogen-III synthase  34.84 
 
 
260 aa  115  7.999999999999999e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0062  uroporphyrinogen-III synthase  30.04 
 
 
246 aa  113  3e-24  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0011  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  33.93 
 
 
271 aa  112  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.458741 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3592  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.73 
 
 
250 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0535  uroporphyrinogen-III synthase  34.15 
 
 
249 aa  109  3e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4017  uroporphyrinogen-III synthase  34.15 
 
 
249 aa  109  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.405149  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0197  uroporphyrinogen-III synthase  34.15 
 
 
249 aa  109  3e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00133341  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0028  Uroporphyrinogen-III synthase  34.98 
 
 
272 aa  109  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3641  uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.25 
 
 
244 aa  105  7e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0061  uroporphyrinogen-III synthase  35.19 
 
 
257 aa  103  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0257  uroporphyrinogen-III synthase  36.44 
 
 
255 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.884296  normal  0.835101 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0212  uroporphyrinogen-III synthase  34.55 
 
 
255 aa  103  2e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.475879  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0486  uroporphyrinogen III synthase HEM4  31.51 
 
 
270 aa  102  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0129  uroporphyrinogen-III synthetase  34.05 
 
 
258 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69440  uroporphyrinogen-III synthase  32.19 
 
 
251 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0281  uroporphyrinogen-III synthase  34.19 
 
 
257 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6005  uroporphyrinogen-III synthase  31.91 
 
 
251 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.201687  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0209  uroporphyrinogen-III synthase  35.08 
 
 
255 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47590  uroporphyrinogen-III synthase  32.48 
 
 
262 aa  98.6  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2689  uroporphyrinogen-III synthase  30.71 
 
 
260 aa  98.6  8e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1026  uroporphyrinogen III synthase HEM4  33.49 
 
 
264 aa  98.6  8e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.928762  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0187  uroporphyrinogen-III synthase  34.01 
 
 
255 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0341  uroporphyrinogen III synthase HEM4  33.2 
 
 
240 aa  97.1  2e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1438  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.79 
 
 
267 aa  92.8  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880003  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3666  Na+/H+ antiporter NhaA  28.15 
 
 
290 aa  92.4  5e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.232778  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0503  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.22 
 
 
265 aa  91.7  8e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5486  uroporphyrinogen-III synthase  32.62 
 
 
255 aa  91.3  1e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2173  uroporphyrinogen-III synthase  29.18 
 
 
268 aa  90.9  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0008  uroporphyrinogen-III synthase  28.79 
 
 
268 aa  89  6e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0960218  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2661  uroporphyrinogen-III synthetase  27.75 
 
 
250 aa  84.7  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0701  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  30.86 
 
 
689 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2162  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  34.2 
 
 
256 aa  84  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2570  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  32.27 
 
 
702 aa  84  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.866591 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2897  Uroporphyrinogen-III synthase  30.58 
 
 
262 aa  82.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.116607  normal  0.0810585 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3299  uroporphyrinogen-III synthase  30.58 
 
 
262 aa  82.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.466839  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3108  uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.16 
 
 
251 aa  80.9  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.917277  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2792  uroporphyrinogen-III synthetase  29.35 
 
 
250 aa  80.5  0.00000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2467  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.79 
 
 
655 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2356  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  31.08 
 
 
695 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.134951  normal  0.286784 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3410  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  30 
 
 
672 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2165  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  34.76 
 
 
665 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.255779 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5751  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.62 
 
 
656 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2748  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.81 
 
 
693 aa  77  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2333  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.4 
 
 
655 aa  75.5  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.623737 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2669  uroporphyrinogen-III synthase  28.25 
 
 
261 aa  75.5  0.0000000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000490526 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1070  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  30.23 
 
 
672 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0873  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.62 
 
 
659 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0731  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.62 
 
 
659 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1231  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.62 
 
 
659 aa  72  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2283  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.62 
 
 
659 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3001  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.62 
 
 
659 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1072  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.62 
 
 
659 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1078  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.62 
 
 
659 aa  72  0.000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1596  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.62 
 
 
659 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.447843  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2178  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.28 
 
 
686 aa  69.7  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.280216  hitchhiker  0.000563849 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>