152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tcr_0113 on replicon NC_007520
Organism: Thiomicrospira crunogena XCL-2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007520  Tcr_0113  uroporphyrinogen III methylase  100 
 
 
264 aa  548  1e-155  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2661  uroporphyrinogen-III synthetase  31.8 
 
 
250 aa  90.5  3e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2792  uroporphyrinogen-III synthetase  30.54 
 
 
250 aa  87.4  2e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0011  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.34 
 
 
271 aa  82  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.458741 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0387  uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.2 
 
 
238 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.999258  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0482  uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.07 
 
 
243 aa  80.5  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4134  uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.76 
 
 
244 aa  78.6  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1341  Uroporphyrinogen-III synthase  32.32 
 
 
266 aa  78.6  0.0000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4150  uroporphyrinogen-III synthase  28.35 
 
 
246 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4326  uroporphyrinogen-III synthase  28.35 
 
 
246 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.975314 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4219  uroporphyrinogen-III synthase  28.35 
 
 
246 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.374545  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4165  uroporphyrinogen-III synthase  28.35 
 
 
246 aa  76.6  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000285608  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4267  uroporphyrinogen-III synthase  28.35 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3061  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.13 
 
 
672 aa  75.1  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4095  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.08 
 
 
246 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.56612 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4314  uroporphyrinogen-III synthase  27.71 
 
 
246 aa  72.8  0.000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0439  uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.68 
 
 
239 aa  71.2  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0503  uroporphyrinogen III synthase HEM4  32.5 
 
 
265 aa  70.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4263  uroporphyrinogen-III synthase  27.17 
 
 
246 aa  70.1  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2669  uroporphyrinogen-III synthase  28.29 
 
 
261 aa  70.5  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000490526 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4169  uroporphyrinogen-III synthase  27.17 
 
 
246 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.534441 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03679  uroporphyrinogen-III synthetase  27.17 
 
 
246 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.398858  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03628  hypothetical protein  27.17 
 
 
246 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1026  uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.03 
 
 
264 aa  69.7  0.00000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.928762  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4319  uroporphyrinogen-III synthase  27.17 
 
 
246 aa  69.7  0.00000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0995416  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0372  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.26 
 
 
243 aa  69.7  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3588  uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.31 
 
 
246 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3902  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.29 
 
 
246 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5242  uroporphyrinogen-III synthase  27.17 
 
 
246 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4024  uroporphyrinogen-III synthase  27.17 
 
 
246 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00563247  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3592  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.27 
 
 
250 aa  68.6  0.00000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4172  uroporphyrinogen-III synthase  26.69 
 
 
246 aa  68.6  0.00000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0344779  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0227  uroporphyrinogen-III synthase  26.95 
 
 
246 aa  68.2  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0028  Uroporphyrinogen-III synthase  26.19 
 
 
272 aa  68.2  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0178  uroporphyrinogen-III synthase  27.91 
 
 
246 aa  68.2  0.0000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0118658  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3979  uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.89 
 
 
246 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4175  Uroporphyrinogen-III synthase  26.56 
 
 
246 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.272222  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4203  uroporphyrinogen-III synthase  26.79 
 
 
246 aa  67.4  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.110892  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1199  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.43 
 
 
274 aa  67  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.843372  normal  0.534703 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3981  uroporphyrinogen-III synthase  26.79 
 
 
246 aa  66.6  0.0000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000864571  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4001  uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.27 
 
 
232 aa  63.9  0.000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.655634  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0219  uroporphyrinogen III synthase HemD  29.12 
 
 
248 aa  63.9  0.000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0317  uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.25 
 
 
243 aa  63.9  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2399  uroporphyrinogen-III synthase  29.1 
 
 
260 aa  63.5  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.659823  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3988  uroporphyrinogen-III synthase  26.56 
 
 
246 aa  63.5  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.897528  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2767  uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.19 
 
 
503 aa  62.8  0.000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3666  Na+/H+ antiporter NhaA  31.22 
 
 
290 aa  62.8  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.232778  normal  0.349209 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0177  uroporphyrinogen-III synthase  27.91 
 
 
246 aa  62.4  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.033755  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3255  uroporphyrinogen-III synthase  26.91 
 
 
239 aa  62  0.000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.286341 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0387  uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.57 
 
 
232 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.8019  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0657  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.65 
 
 
274 aa  61.2  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1438  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  27.8 
 
 
267 aa  60.8  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.880003  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3639  uroporphyrinogen III synthase HEM4  29.02 
 
 
232 aa  60.1  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.23023  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0385  uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.51 
 
 
232 aa  60.1  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.108763  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0701  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.07 
 
 
689 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2579  Uroporphyrinogen-III synthase  29.89 
 
 
266 aa  59.3  0.00000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2236  uroporphyrin-III C-methyltransferase  30.25 
 
 
503 aa  58.9  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2467  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.51 
 
 
655 aa  58.9  0.00000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3673  uroporphyrinogen-III synthase  26.79 
 
 
260 aa  58.2  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0197  uroporphyrinogen-III synthase  27.31 
 
 
249 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00133341  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0535  uroporphyrinogen-III synthase  27.31 
 
 
249 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4017  uroporphyrinogen-III synthase  27.31 
 
 
249 aa  58.5  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.405149  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0736  uroporphyrinogen-III synthase  30.29 
 
 
259 aa  57.4  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.512163 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2748  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.43 
 
 
693 aa  57  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2333  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.51 
 
 
655 aa  56.6  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.623737 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2356  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.23 
 
 
695 aa  55.8  0.0000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.134951  normal  0.286784 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2689  uroporphyrinogen-III synthase  26.59 
 
 
260 aa  55.5  0.0000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1977  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrinogen-III synthase  30.49 
 
 
513 aa  54.3  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0017868  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00315  uroporphyrinogen-III synthase  27.84 
 
 
242 aa  54.7  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2378  uroporphyrinogen-III synthase  30.18 
 
 
272 aa  53.9  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3108  uroporphyrinogen III synthase HEM4  28.75 
 
 
251 aa  53.5  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.917277  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00149  uroporphyrinogen-III synthetase  26.74 
 
 
243 aa  53.1  0.000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2262  uroporphyrinogen-III synthase-like protein  24.71 
 
 
289 aa  53.5  0.000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.405188  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2178  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.47 
 
 
686 aa  53.1  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.280216  hitchhiker  0.000563849 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2837  uroporphyrinogen-III synthase / uroporphyrinogen-III C-methyltransferase  29.17 
 
 
503 aa  52.8  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.452302  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5486  uroporphyrinogen-III synthase  28.32 
 
 
255 aa  52.4  0.000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1482  putative uroporphyrinogen III synthase  26.49 
 
 
266 aa  52  0.000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.360624  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1248  uroporphyrinogen-III C-methyltransferase / uroporphyrinogen-III synthase  29.09 
 
 
520 aa  51.6  0.00001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.472521 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2891  uroporphyrinogen-III synthase  29.73 
 
 
272 aa  52  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.328432  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_01871  putative uroporphyrinogen III synthase  25.41 
 
 
261 aa  51.6  0.00001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.773561  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2570  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.06 
 
 
702 aa  52  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.866591 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1540  Uroporphyrinogen-III synthase  25.88 
 
 
249 aa  51.6  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.221664  hitchhiker  0.00271946 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2173  uroporphyrinogen-III synthase  25.28 
 
 
268 aa  52  0.00001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3353  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.93 
 
 
504 aa  51.6  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.422788  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0212  uroporphyrinogen-III synthase  29.88 
 
 
255 aa  52  0.00001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.475879  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0034  uroporphyrinogen-III synthase  27.95 
 
 
256 aa  51.2  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0486  uroporphyrinogen III synthase HEM4  22.99 
 
 
270 aa  51.2  0.00002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0090  uroporphyrinogen-III synthase  23.62 
 
 
327 aa  50.4  0.00003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5751  bifunctional uroporphyrinogen-III synthetase/uroporphyrin-III C-methyltransferase  29.1 
 
 
656 aa  50.4  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0062  uroporphyrinogen-III synthase  24.39 
 
 
246 aa  50.4  0.00003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2207  uroporphyrin-III C-methyltransferase  27.27 
 
 
507 aa  50.4  0.00003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.00880064  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0501  Uroporphyrinogen-III synthase  24.71 
 
 
276 aa  50.1  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000190734  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002105  uroporphyrinogen-III synthase  27.37 
 
 
242 aa  50.1  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.939405  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0873  Uroporphyrinogen III synthase HEM4  30.67 
 
 
255 aa  49.7  0.00005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1258  uroporphyrin-III C-methyltransferase  28.4 
 
 
508 aa  49.3  0.00006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323904  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0008  uroporphyrinogen-III synthase  24.91 
 
 
268 aa  49.3  0.00006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0960218  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69440  uroporphyrinogen-III synthase  27.89 
 
 
251 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0281  uroporphyrinogen-III synthase  29.17 
 
 
257 aa  48.9  0.00008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2562  uroporphyrinogen-III synthase  27.95 
 
 
272 aa  48.9  0.00009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.267194  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3286  uroporphyrinogen III synthase/methyltransferase  28.49 
 
 
515 aa  48.5  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>