43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2594 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2594  transcriptional regulatory protein NfxB  100 
 
 		 184 aa  374  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2284  transcriptional regulatory protein NfxB  81.11 
 
 		 196 aa  307  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000917221 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60860  transcriptional regulator NfxB  59.89 
 
 		 187 aa  228  4e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5241  transcriptional regulator NfxB  57.69 
 
 		 199 aa  214  5e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2755  LacI family transcription regulator  57.3 
 
 		 187 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0367179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2430  regulatory protein LacI  56.18 
 
 		 185 aa  205  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.633892  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2820  transcriptional regulator NfxB  54.35 
 
 		 185 aa  204  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2759  LacI family transcription regulator  52.51 
 
 		 198 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5237  transcriptional regulator NfxB  47.49 
 
 		 206 aa  155  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60810  putative transcriptional regulator NfxB  46.43 
 
 		 172 aa  151  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0287  TetR family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 181 aa  148  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5859  transcriptional regulatory protein NfxB  45.68 
 
 		 188 aa  139  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.731668  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2816  transcriptional regulator NfxB, putative  42.2 
 
 		 188 aa  110  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.308594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1734  transcriptional regulator NfxB  33.89 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.413986 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00232  hypothetical protein  28.57 
 
 		 192 aa  80.9  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0665  TetR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 179 aa  77  0.0000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.950622  normal  0.396489 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0240  TetR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 180 aa  71.6  0.000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.477242  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1275  transcriptional regulator, TetR family  29.78 
 
 		 193 aa  65.9  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0714777  normal  0.0115307 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5998  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 189 aa  64.7  0.0000000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000044097 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5597  TetR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 189 aa  64.7  0.0000000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0473  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0495  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.595524 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0484  TetR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 186 aa  63.5  0.000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5083  putative transcriptional regulator, TetR family  25.15 
 
 		 189 aa  59.3  0.00000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.636855 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4085  putative transcriptional regulator, TetR family  28.07 
 
 		 232 aa  58.9  0.00000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.750305  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0209  transcriptional regulator, TetR family  29.09 
 
 		 195 aa  54.7  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.234614  normal  0.228688 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3350  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 199 aa  51.2  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.170471  normal  1 
 
 
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NC_013595  Sros_6310  putative transcriptional regulator, TetR family  27.43 
 
 		 185 aa  48.9  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.523655  normal  0.0800729 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3445  TetR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 208 aa  47.8  0.0001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5092  transcriptional regulator, TetR family  28.76 
 
 		 209 aa  46.6  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.193405 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1327  transcriptional regulator, TetR family  26.39 
 
 		 198 aa  46.2  0.0003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188368  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0110  transcriptional regulator, TetR family  24.14 
 
 		 225 aa  45.1  0.0006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1889  transcriptional regulator, TetR family  24.02 
 
 		 194 aa  45.1  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.2019  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5697  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 220 aa  44.7  0.0007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.197583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8493  transcriptional regulator, TetR family  25.32 
 
 		 180 aa  44.7  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.996543 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7432  transcriptional regulator, TetR family  31.62 
 
 		 216 aa  44.7  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2000  transcriptional regulator, TetR family  27.91 
 
 		 201 aa  43.9  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.669557 
 
 
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NC_013595  Sros_0755  putative transcriptional regulator, TetR family  25.83 
 
 		 210 aa  43.1  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3457  transcriptional regulator, TetR family  23.46 
 
 		 194 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.53987  hitchhiker  4.55485e-18 
 
 
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NC_009441  Fjoh_4901  TetR family transcriptional regulator  20.5 
 
 		 209 aa  43.5  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0117  transcriptional regulator, TetR family  22.99 
 
 		 225 aa  42  0.005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.678219 
 
 
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NC_013093  Amir_2422  transcriptional regulator, TetR family  25.81 
 
 		 230 aa  42  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.789804  n/a   
 
 
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NC_013205  Aaci_0092  transcriptional regulator, TetR family  27.83 
 
 		 207 aa  41.2  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00302716  n/a   
 
 
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